当前蛋白身份：P01213
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2N2F Solution NMR structure of Dynorphin 1-13 bound to Kappa Opioid Receptor 提交 2015-05-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
207–219（13 aa）
片段：residues 207-219
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.1；280 K；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-15N-GFLI] Dynorphin 1, 150 mM potassium chloride, 40 mM [U-2H] MES, 100 uM DSS, 10 uM KOR, 8 mM DDM, 1.6 mM CHS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-15N-GFLIR; U-13C-R] Dynorphin 1, 150 mM potassium chloride, 40 mM [U-2H] MES, 100 uM DSS, 10 uM KOR, 8 mM DDM, 1.6 mM CHS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8F7W Gi bound kappa-opioid receptor in complex with dynorphin 提交 2022-11-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 P
207–214（8 aa）
片段：UNP residues 207-214
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未记录 | CLR CHOLESTEROL × 3 PLM PALMITIC ACID × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.19 Å |
| 8VJU Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A13 peptide 提交 2024-01-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
207–219（13 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.218 |
| 8VJV Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A8(1-8) peptide 提交 2024-01-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
207–214（8 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.249 |
| 9CCE structure of DYNA_1b7 提交 2024-06-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
207–223（17 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 40 % v/v PEG 300
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.313 |
| 9CCE structure of DYNA_1b7 提交 2024-06-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
207–223（17 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 40 % v/v PEG 300
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.313 |
| 9CCF Crystal Structure of DA7-2 提交 2024-06-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
207–223（17 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6 and 25% (v/v) PEG 550 MME
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分辨率 4.00 Å R-free 0.296 |
| 9CCF Crystal Structure of DA7-2 提交 2024-06-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
207–223（17 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6 and 25% (v/v) PEG 550 MME
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分辨率 4.00 Å R-free 0.296 |
| 9L60 Gi-bound kappa opioid receptor in complex with dynorphin and positive allosteric modulator MPAM-15 提交 2024-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 P
207–219（13 aa）
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未记录 | CLR CHOLESTEROL × 2 A1D6C 9-[5-(3-chlorophenyl)furan-2-yl]-3,3,6,6-tetramethyl-4,5,7,9-tetrahydro-2~{H}-xanthene-1,8-dione × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.90 Å |