当前蛋白身份：P02299
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1KNA Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing dimethyllysine 9. 提交 2001-12-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
1–16（16 aa）
片段：Residues 1-16
|
突变：P16Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.0K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.259 |
| 1KNE Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing trimethyllysine 9 提交 2001-12-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
1–16（16 aa）
片段：Residues 1-16
|
突变：P16Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.267 |
| 2NQB Drosophila Nucleosome Structure 提交 2006-10-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–135（135 aa）
链 E
1–135（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.254 |
| 2PYO Drosophila nucleosome core 提交 2007-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystallization was carried out by equilibrating a droplet containing 3 mg/ml nucleosome core particle, 80-85 mM MnCl2, 50-80 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0) against a reservoir solution containing of 40-42.5 mM MnCl2, 25-40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.262 |
| 2YBA Crystal structure of Nurf55 in complex with histone H3 提交 2011-03-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
2–20（19 aa）
片段：N-TERMINAL TAIL, RESIDUES 2-19
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4; 200 MM AMMONIUM ACETATE; 23% PEG 3350.
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.222 |
| 2YBA Crystal structure of Nurf55 in complex with histone H3 提交 2011-03-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2–20（19 aa）
片段：N-TERMINAL TAIL, RESIDUES 2-19
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4; 200 MM AMMONIUM ACETATE; 23% PEG 3350.
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.222 |
| 4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.243 |
| 4U68 Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2014-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
5–15（11 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.206 |
| 4U68 Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2014-07-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
5–15（11 aa）
链 F
5–15（11 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.206 |
| 4UUZ MCM2-histone complex 提交 2014-08-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES PH7, 21% PEG3000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.230 |
| 4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
41–133（93 aa）
片段：UNP RESIDUES 41-133
链 E
41–133（93 aa）
片段：UNP RESIDUES 41-133
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 K
41–133（93 aa）
片段：UNP RESIDUES 41-133
链 O
41–133（93 aa）
片段：UNP RESIDUES 41-133
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
39–136（98 aa）
片段：UNP residues 39-136
链 E
39–136（98 aa）
片段：UNP residues 39-136
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)
|
分辨率 5.53 Å R-free 0.238 |
| 5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
39–136（98 aa）
片段：UNP residues 39-136
链 O
39–136（98 aa）
片段：UNP residues 39-136
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)
|
分辨率 5.53 Å R-free 0.238 |
| 6DZT Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment 提交 2018-07-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 6PWE Cryo-EM structure of nucleosome core particle 提交 2019-07-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.95 Å |
| 6PWF Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome 提交 2019-07-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.07 Å |
| 7VRF Crystal structure of Oxpecker chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2021-10-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
5–15（11 aa）
链 D
5–15（11 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.2M ammonium citrate, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7XYF Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome 提交 2022-06-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7XYG Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome 提交 2022-06-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9B1E Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure) 提交 2024-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–136（136 aa）
链 W
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 second blot time and blot force of 10.
|
分辨率 4.40 Å |
| 9MU4 Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome 提交 2025-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 a
37–136（100 aa）
链 e
37–136（100 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 9MU5 Structure of a native Drosophila melanogaster hexameric nucleosome 提交 2025-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 a
45–136（92 aa）
链 e
45–136（92 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 a
37–136（100 aa）
链 e
37–136（100 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.80 Å |
| 9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–136（136 aa）
链 F
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–136（136 aa）
链 F
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–136（136 aa）
链 F
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–136（136 aa）
链 F
1–136（136 aa）
|
突变：C111S 突变：C111S | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.37 Å |