当前蛋白身份：P02458
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1U5M Structure of a Chordin-like Cysteine-rich Repeat (VWC module) from Collagen IIA 提交 2004-07-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
25–97（73 aa）
片段：Exon2
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突变：T67A, T71A, S73A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM potassium phosphate；压力 ambient
NMR样品组成
0.8mM U-15N exon2; 50mM phosphate buffer; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.8mM U-15N exon2; 50mM phosphate buffer; 0.02% NaN3; 99.9% D2O | 99.9% D2O
NMR样品组成
0.8mM U-15N,13C exon2; 50mM phosphate buffer; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2FSE Crystallographic structure of a rheumatoid arthritis MHC susceptibility allele, HLA-DR1 (DRB1*0101), complexed with the immunodominant determinant of human type II collagen 提交 2006-01-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
392–405（14 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% polyethylene glycol 3,350 and 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 2FSE Crystallographic structure of a rheumatoid arthritis MHC susceptibility allele, HLA-DR1 (DRB1*0101), complexed with the immunodominant determinant of human type II collagen 提交 2006-01-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
392–405（14 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% polyethylene glycol 3,350 and 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 2SEB X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-DR4 COMPLEXED WITH A PEPTIDE FROM HUMAN COLLAGEN II 提交 1997-10-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1169–1178（10 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；0.1 M NA ACETATE PH 4.6 9 - 14% PEG 4000 0.2 M AMMONIUM ACETATE
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分辨率 2.50 Å R-free 0.280 |
| 5NIR Crystal structure of collagen 2A vWC domain 提交 2017-03-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
29–98（70 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 40% PEG 200
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分辨率 1.74 Å R-free 0.231 |
| 5NIR Crystal structure of collagen 2A vWC domain 提交 2017-03-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
29–98（70 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 40% PEG 200
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.231 |
| 6HG7 Crystal structure of a collagen II fragment containing the binding site of PEDF and COMP, (POG)4-LKG HRG FTG LQG-POG(4) 提交 2018-08-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1116–1153（38 aa）
片段：C-terminal PEDF/COMP binding region of collagen II
链 B
1116–1153（38 aa）
片段：C-terminal PEDF/COMP binding region of collagen II
链 C
1116–1153（38 aa）
片段：C-terminal PEDF/COMP binding region of collagen II
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7；298 K；1.5 M Ammonium sulphate and 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0
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分辨率 1.00 Å R-free 0.187 |
| 7NZE Crystal structure of HLA-DR4 in complex with a human collagen type II peptide 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 EEE
459–473（15 aa）
链 FFF
459–473（15 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；290 K；20% polyethylene glycol 3350 and 200 mM ammonium chloride
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分辨率 2.05 Å R-free 0.245 |