当前蛋白身份：P03007
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1J53 Structure of the N-terminal Exonuclease Domain of the Epsilon Subunit of E.coli DNA Polymerase III at pH 8.5 提交 2002-01-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–186（186 aa）
片段：N-terminal exonuclease domain (residues 1-186)
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未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, magnesium sulfate, cacodylate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.227 |
| 1J54 Structure of the N-terminal exonuclease domain of the epsilon subunit of E.coli DNA polymerase III at pH 5.8 提交 2002-01-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–186（186 aa）
片段：N-terminal exonuclease domain (residues 1-186)
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未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 8000, magnesium sulfate, cacodylate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 1.70 Å R-free 0.234 |
| 2GUI Structure and Function of Cyclized Versions of the Proofreading Exonuclease Subunit of E. coli DNA Polymerase III 提交 2006-04-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–186（185 aa）
片段：N-terminal exonuclease domain, residues 2-186
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未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；0.1 M Cacodylate Acid, 20% PEG-8K, 2.5 mM UMP, 5 mM MnSO4, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 1.60 Å R-free 0.197 |
| 2IDO Structure of the E. coli Pol III epsilon-Hot proofreading complex 提交 2006-09-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–186（186 aa）
片段：exonuclease domain
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未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；Crystals grown in .1M Tris, 5mM MnSO4, 5mM dTMP, and 22% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.244 |
| 2IDO Structure of the E. coli Pol III epsilon-Hot proofreading complex 提交 2006-09-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–186（186 aa）
片段：exonuclease domain
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未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 3 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；Crystals grown in .1M Tris, 5mM MnSO4, 5mM dTMP, and 22% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.244 |
| 2XY8 Paramagnetic-based NMR structure of the complex between the N- terminal epsilon domain and the theta domain of the DNA polymerase III 提交 2010-11-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–186（186 aa）
片段：EXONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 1-186
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未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.2；298 K；压力 1
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分辨率未提供 |
| 4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
209–243（35 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
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分辨率 1.70 Å R-free 0.246 |
| 4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
209–243（35 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.246 |
| 4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
209–243（35 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
|
突变：L66P,L66P | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.246 |
| 4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
209–243（35 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.246 |
| 4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
200–243（44 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
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分辨率 2.15 Å R-free 0.291 |
| 4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
200–243（44 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
|
突变：L66P,L66P | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.291 |
| 4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
200–243（44 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.291 |
| 4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
200–243（44 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
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分辨率 2.15 Å R-free 0.291 |
| 5FKU cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–243（243 aa）
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突变：YES | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 8.34 Å |
| 5FKV cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–243（243 aa）
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突变：YES | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 8.04 Å |
| 5FKW cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–243（243 aa）
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突变：YES | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 7.30 Å |
| 5M1S Cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase-clamp-exonuclase-theta complex bound to DNA in the editing mode 提交 2016-10-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–243（243 aa）
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突变：T183L M185L A186P F187L | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Prior to sample preparation 0.1 volumes of 0.05% Tween 20 were added to the sample 3 microliters were pipetted onto the grid and blotted for 4 seconds
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分辨率 6.70 Å |