当前蛋白身份：P03407
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3RBB HIV-1 NEF protein in complex with engineered HCK SH3 domain 提交 2011-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
45–210（166 aa）
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突变：I47M, T48A, C59S, C210A | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes, 8% ethylene glycol, 22% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.245 |
| 3RBB HIV-1 NEF protein in complex with engineered HCK SH3 domain 提交 2011-03-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
45–210（166 aa）
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突变：I47M, T48A, C59S, C210A | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes, 8% ethylene glycol, 22% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.245 |
| 3REA HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
45–210（166 aa）
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突变：I47M, T48A, C59S, C210A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Tris buffer, 5% ethylne glycol, 10% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 15 mM MnCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.205 |
| 3REA HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
45–210（166 aa）
|
突变：I47M, T48A, C59S, C210A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Tris buffer, 5% ethylne glycol, 10% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 15 mM MnCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.205 |
| 3REB HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
45–210（166 aa）
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突变：I47M, T48A, C59S, C210A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Hepes, 0.05 M sodium citrate, 15% isopropanol, 30% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
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分辨率 3.45 Å R-free 0.243 |
| 3REB HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
45–210（166 aa）
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突变：I47M, T48A, C59S, C210A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Hepes, 0.05 M sodium citrate, 15% isopropanol, 30% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.243 |
| 4ORZ HIV-1 Nef protein in complex with single domain antibody sdAb19 and an engineered Hck SH3 domain 提交 2014-02-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
45–210（166 aa）
片段：Nef protein, UNP residues 45-210
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突变：I47M, T48A, C59S, C210A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；About 0.1 micro L of protein solution at 10 mg/ml concentration was mixed with 0.1 micro L of reservoir solution from a 70 L reservoir in 96-well Hampton 3553 crystallization plates. Initial crystals of NefSF2 sdAb19 SH3B6 could be obtained in 0.2 M potassium formate and 20% polyethylene glycol (PEG) 3350. Crystal conditions were optimized to 0.2 M potassium formate, 17.5% polyethylene glycol (PEG) 3350 and 0.35 M ammonium chloride grown by hanging-drop vapor diffusion in Linbro crystallization plates. , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.236 |
| 4U5W Crystal Structure of HIV-1 Nef-SF2 Core Domain in Complex with the Src Family Kinase Hck SH3-SH2 Tandem Regulatory Domains 提交 2014-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
62–209（148 aa）
片段：UNP residues 62-209
链 C
62–209（148 aa）
片段：UNP residues 62-209
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未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 IOD IODIDE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.09 M ADA, pH 6.5, 10.8% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM NaI
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分辨率 1.86 Å R-free 0.195 |
| 6B72 A novel HIV-1 Nef dimer interface induced by a single octyl-glucoside molecule 提交 2017-10-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
57–207（151 aa）
片段：UNP residues 57-207
链 B
57–207（151 aa）
片段：UNP residues 57-207
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未记录 | BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；18%-20% PEG5000 MME, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.0, 5% glycerol
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.251 |
| 6B72 A novel HIV-1 Nef dimer interface induced by a single octyl-glucoside molecule 提交 2017-10-03 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
57–207（151 aa）
片段：UNP residues 57-207
链 E
57–207（151 aa）
片段：UNP residues 57-207
|
未记录 | BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；18%-20% PEG5000 MME, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.0, 5% glycerol
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.251 |
| 6B72 A novel HIV-1 Nef dimer interface induced by a single octyl-glucoside molecule 提交 2017-10-03 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
57–207（151 aa）
片段：UNP residues 57-207
链 F
57–207（151 aa）
片段：UNP residues 57-207
|
未记录 | BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；18%-20% PEG5000 MME, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.0, 5% glycerol
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.251 |
| 7D7S HIV-1 SF2 Nef in complex with the Fyn SH3 R96I mutant 提交 2020-10-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–209（209 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.300 |
| 7D7S HIV-1 SF2 Nef in complex with the Fyn SH3 R96I mutant 提交 2020-10-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–209（209 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.10 M calcium acetate hydrate, 0.10 M sodium acetate buffer (pH 4.5), 10% w/v PEG 4000
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.300 |
| 8F2P Nef SF2 dimerization mutant bound to Hck SH3 提交 2022-11-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
62–209（148 aa）
片段：Nef SF2 core domain (UNP residues 62-209)
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突变：L116D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 12% v/v MPD
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分辨率 2.63 Å R-free 0.252 |