当前蛋白身份：P04004
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1OC0 plasminogen activator inhibitor-1 complex with somatomedin B domain of vitronectin 提交 2003-02-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
20–70（51 aa）
片段：SOMATOMEDIN B, RESIDUES 20-70
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；10MM NAOAC, 50MM NACL, 2-9% PEG12000,25% PEG400, 50MM HEPES, PH 7.4
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分辨率 2.28 Å R-free 0.252 |
| 1S4G Somatomedin-B Domain of human plasma vitronectin. 提交 2004-01-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–70（51 aa）
片段：Somatomedin B
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）low
NMR样品组成
Isolated from human plasma vitronectin by CNBr cleavage
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分辨率未提供 |
| 1SSU Structural and biochemical evidence for disulfide bond heterogeneity in active forms of the somatomedin B domain of human vitronectin 提交 2004-03-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–70（51 aa）
片段：somatomedin B domain of human vitronectin
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）180 mM；压力 1
NMR测量条件
pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）180 mM；压力 1
NMR样品组成
N15-labeled protein
20 mM sodium phosphate pH 7.5 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
unlabeled protein
20 mM sodium phosphate pH 7.5 | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2JQ8 Solution structure of the Somatomedin B domain from vitronectin produced in Pichia pastoris 提交 2007-05-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–66（47 aa）
片段：sequence database residues 20-66
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成
0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SMB, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.7 mM SMB, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 3BT1 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
21–60（40 aa）
片段：sometomedin-B domain
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；12% PEG 3350, 50mM HEPES pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.308 |
| 3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
21–60（40 aa）
片段：sometomedin-B domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.272 |
| 3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
21–60（40 aa）
片段：sometomedin-B domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.272 |
| 4K24 Structure of anti-uPAR Fab ATN-658 in complex with uPAR 提交 2013-04-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
21–60（40 aa）
片段：UNP residues 21-60
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未记录 | MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M HEPES pH 7.5, 55%(v/v) Tacsimate, 2%(v/v) 2-methyl-1,3-propanediol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
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分辨率 4.50 Å R-free 0.275 |
| 6O5E Crystal structure of the Vitronectin hemopexin-like domain 提交 2019-03-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
154–285（132 aa）
片段：hemopexin-like domain (UNP residues 154-285, 324-354, 435-474)
链 A
324–354（31 aa）
片段：hemopexin-like domain (UNP residues 154-285, 324-354, 435-474)
链 A
435–474（40 aa）
片段：hemopexin-like domain (UNP residues 154-285, 324-354, 435-474)
|
突变：C180S, C215S 突变：C180S, C215S 突变：C180S, C215S | NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1 uL protein solution + 1 uL precipitate solution [0.09 M imidazole/MES, pH 6.5, 27 mM sodium nitrate, 27 mM sodium phosphate dibasic, 27 mM ammonium sulfate, 11.25% v/v MPD, 11.25% w/v PEG1000, 11.25% w/v PEG3350, 3% w/v D-(+)-trehalose]
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.210 |
| 6O5E Crystal structure of the Vitronectin hemopexin-like domain 提交 2019-03-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
154–285（132 aa）
片段：hemopexin-like domain (UNP residues 154-285, 324-354, 435-474)
链 B
324–354（31 aa）
片段：hemopexin-like domain (UNP residues 154-285, 324-354, 435-474)
链 B
435–474（40 aa）
片段：hemopexin-like domain (UNP residues 154-285, 324-354, 435-474)
|
突变：C180S, C215S 突变：C180S, C215S 突变：C180S, C215S | NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NO3 NITRATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1 uL protein solution + 1 uL precipitate solution [0.09 M imidazole/MES, pH 6.5, 27 mM sodium nitrate, 27 mM sodium phosphate dibasic, 27 mM ammonium sulfate, 11.25% v/v MPD, 11.25% w/v PEG1000, 11.25% w/v PEG3350, 3% w/v D-(+)-trehalose]
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.210 |
| 7RJ9 Crystal structure of the Vitronectin hemopexin-like domain binding Calcium 提交 2021-07-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
154–474（321 aa）
片段：UNP RESIDUES 154-285, 324-354, 435-474
|
突变：C180S, C215S, delta 286-323, delta 355-434 | CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 UL PROTEIN SOLUTION + 1 UL
PRECIPITATE SOLUTION contaning 0.09 M IMIDAZOLE/MES, PH 6.5, 27 mM SODIUM
NITRATE, 27 mM SODIUM PHOSPHATE, 27 mM AMMONIUM SULFATE,
11.25% V/V MPD, 11.25% W/V PEG1000, 11.25% W/V PEG3350, 3% W/V D-
(+)-TREHALOSE. Crystals were soaked with the well solution containing 100 mM CaCl2 and missing SODIUM PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE, and IMIDAZOLE/MES
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.210 |
| 7RJ9 Crystal structure of the Vitronectin hemopexin-like domain binding Calcium 提交 2021-07-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
154–474（321 aa）
片段：UNP RESIDUES 154-285, 324-354, 435-474
|
突变：C180S, C215S, delta 286-323, delta 355-434 | CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 UL PROTEIN SOLUTION + 1 UL
PRECIPITATE SOLUTION contaning 0.09 M IMIDAZOLE/MES, PH 6.5, 27 mM SODIUM
NITRATE, 27 mM SODIUM PHOSPHATE, 27 mM AMMONIUM SULFATE,
11.25% V/V MPD, 11.25% W/V PEG1000, 11.25% W/V PEG3350, 3% W/V D-
(+)-TREHALOSE. Crystals were soaked with the well solution containing 100 mM CaCl2 and missing SODIUM PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE, and IMIDAZOLE/MES
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分辨率 1.70 Å R-free 0.210 |