当前蛋白身份：P05546
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1JMJ Crystal Structure of Native Heparin Cofactor II 提交 2001-07-18 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
20–499（480 aa）
链 B
20–499（480 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；MgCl2, Tris, PEG 4000, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.255 |
| 1JMO Crystal Structure of the Heparin Cofactor II-S195A Thrombin Complex 提交 2001-07-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
20–499（480 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；NH4Cl, PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
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分辨率 2.20 Å R-free 0.211 |
| 2NAT Structural insights into interaction of KYE28 and lipopolysachharide 提交 2016-01-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
192–219（28 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM entity-1, 1 mM TSP-2, 55.5 mM H2O-3, 61.3 mM D2O-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2NCU NMR structure of KYE21 in LPS micelles 提交 2016-04-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
192–212（21 aa）
片段：Glycosaminoglycan-binding site residues 192-212
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM protein, 1 mM DSS, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2NCV NMR structure of RWS21 structure in LPS micelles 提交 2016-04-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
192–212（21 aa）
片段：Glycosaminoglycan-binding site residues 192-212
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突变：L192R, Y193W, E194S | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM protein, 1 mM DSS, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2NCW NMR structure of WWWKYE21 structure in LPS micelles 提交 2016-04-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
189–212（24 aa）
片段：Glycosaminoglycan-binding site residues 189-212
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突变：L192R, Y193W, E194S | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM protein, 1 mM DSS, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 6J12 Three-dimensional Solution NMR Structure of KYE28-PEG48 in Microgel 提交 2018-12-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
192–219（28 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.52；298 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 9.8
NMR样品组成
1 mM KYE28-PEG48, 55.5 M Water, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 6KBO Three-dimensional LPS bound structure of VG16KRKP-KYE28. 提交 2019-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
192–219（28 aa）
片段：Helix-D
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.6；压力 1
NMR样品组成
0.3 mM 1H, Natural Abundance VG16KRKP, 0.3 mM 1H, Natural Abundance KYE28, 55.55 M 1H, Natural Abundance Water, 10 uM 1H, Natural Abundance Lipopolysaccharide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 6KBV Three-dimensional cytoplasmic membrane-bound structure of VG16KRKP-KYE28 提交 2019-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
192–219（28 aa）
片段：helix D
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.6；压力 1
NMR样品组成
0.3 uM 1H, natural abundance VG16KRKP, 0.3 uM 1H, natural abundance KYE28, 12 uM 1H, natural abundance 3:1 POPE/POPG vesicles, 55.55 M 1H, natural abundance water, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |