当前蛋白身份：P05877
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1ACY CRYSTAL STRUCTURE OF THE PRINCIPAL NEUTRALIZING SITE OF HIV-1 提交 1994-02-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
306–328（23 aa）
片段：FRAGMENT (RESIDUES 308 - 332)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 1AI1 HIV-1 V3 LOOP MIMIC 提交 1996-11-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
306–328（23 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å |
| 1F58 IGG1 FAB FRAGMENT (58.2) COMPLEX WITH 24-RESIDUE PEPTIDE (RESIDUES 308-333 OF HIV-1 GP120 (MN ISOLATE) WITH ALA TO AIB SUBSTITUTION AT POSITION 323 提交 1998-10-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
306–328（23 aa）
片段：RESIDUES 308-332 FROM HIV-1 GP120
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.3；pH 6.3
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.256 |
| 1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 B
314–325（12 aa）
|
未记录 | SPH SPHINGOSINE × 60 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å |
| 1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
314–325（12 aa）
|
未记录 | SPH SPHINGOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å |
| 1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 B
314–325（12 aa）
|
未记录 | SPH SPHINGOSINE × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å |
| 1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 | Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 B
314–325（12 aa）
|
未记录 | SPH SPHINGOSINE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å |
| 1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 | Assembly 5 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
314–325（12 aa）
|
未记录 | SPH SPHINGOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å |
| 1K5M Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2 提交 2001-10-11 | Assembly 6 信息不足 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60） 与蛋白数一致 |
链 B
314–325（12 aa）
|
未记录 | SPH SPHINGOSINE × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å |
| 1NIZ NMR structure of a V3 (MN isolate) peptide bound to 447-52D, a human HIV-1 neutralizing antibody 提交 2002-12-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
309–324（16 aa）
片段：V3 loop (residues 309-324)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR测量条件
pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR测量条件
pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR样品组成
U-15N; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
U-15N,13C; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
U-15N,13C; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 99% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1NJ0 NMR structure of a V3 (MN isolate) peptide bound to 447-52D, a human HIV-1 neutralizing antibody 提交 2002-12-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
309–324（16 aa）
片段：V3 loop (residues 309-324)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR测量条件
pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR测量条件
pH 5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 ambient
NMR样品组成
U-15N; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
U-15N,13C; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
U-15N,13C; 10mM sodium acetate buffer pH=5 | 99% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2B0S Crystal structure analysis of anti-HIV-1 V3 Fab 2219 in complex with MN peptide 提交 2005-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
308–325（18 aa）
片段：residues 308-325
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% PEG 400, 0.2M potassium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.267 |
| 2QSC Crystal structure analysis of anti-HIV-1 V3-Fab F425-B4e8 in complex with a V3-peptide 提交 2007-07-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
309–323（15 aa）
片段：Residues 301-326
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.264 |
| 3GO1 Crystal structure of anti-HIV-1 Fab 268-D in complex with V3 peptide MN 提交 2009-03-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
309–322（14 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296.15 K；30% PEG 8000, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296.15K
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.213 |
| 3MLW Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 1006-15D in complex with an MN V3 peptide 提交 2010-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
306–328（23 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；20% PEG 3350, K dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.291 |
| 3MLW Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 1006-15D in complex with an MN V3 peptide 提交 2010-04-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Q
306–328（23 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；20% PEG 3350, K dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.291 |
| 3MLX Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 3074 in complex with an MN V3 peptide 提交 2010-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
306–328（23 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；20% PEG 3350, 0.2 M NH4 citrate dibasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 3MLX Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 3074 in complex with an MN V3 peptide 提交 2010-04-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Q
306–328（23 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；20% PEG 3350, 0.2 M NH4 citrate dibasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 3UJI Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 2558 in complex with MN peptide 提交 2011-11-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
306–328（23 aa）
片段：unp residues 306-328
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；296 K；85mM Hepes-Na, 15% Glycerol, 17% PEG 4k, 8.5% Isopropanol, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 296K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.194 |
| 6SH9 EngBF DARPin Fusion 4b D12 提交 2019-08-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
310–323（14 aa）
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未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277.15 K；PEG 20,000
MPD
MES
sodium chloride
manganese chloride
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分辨率 2.40 Å R-free 0.193 |
| 9OP1 Cryo-EM structure of Candida albicans fluoride channel FEX in complex with Fab fragment 提交 2025-05-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
670–686（17 aa）
片段：residues 76-389,residues 76-389
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.05 Å |