当前蛋白身份：P06103
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3JAP Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2015-06-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 r
704–734（31 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 4.90 Å |
| 3NS5 Crystal structure of the RNA recognition motif of yeast eIF3b residues 76-161 提交 2010-07-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
76–161（86 aa）
片段：residues 76-161
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；33% PEG4000 and 0.1 M
Na-citrate (pH 5.6) in a sitting drop plate at 20 degrees. 1uL of protein at
the concentration of 17 mg/mL was mixed with 1 uL of reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.273 |
| 3NS5 Crystal structure of the RNA recognition motif of yeast eIF3b residues 76-161 提交 2010-07-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
76–161（86 aa）
片段：residues 76-161
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；33% PEG4000 and 0.1 M
Na-citrate (pH 5.6) in a sitting drop plate at 20 degrees. 1uL of protein at
the concentration of 17 mg/mL was mixed with 1 uL of reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.273 |
| 3NS6 Crystal structure of hte RNA recognition motif of yeast eIF3b residues 76-170 提交 2010-07-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
76–170（95 aa）
片段：residues 76-170
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；30% PEG4000, 200 mM Li2SO4 and 100 mM Hepes pH 8. The crystals were grown in a sitting drop at 20 degrees by
mixing 1uL of protein (11 mg/mL) with 1uL of reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.168 |
| 3NS6 Crystal structure of hte RNA recognition motif of yeast eIF3b residues 76-170 提交 2010-07-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
76–170（95 aa）
片段：residues 76-170
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；30% PEG4000, 200 mM Li2SO4 and 100 mM Hepes pH 8. The crystals were grown in a sitting drop at 20 degrees by
mixing 1uL of protein (11 mg/mL) with 1uL of reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.168 |
| 3NS6 Crystal structure of hte RNA recognition motif of yeast eIF3b residues 76-170 提交 2010-07-01 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
76–170（95 aa）
片段：residues 76-170
链 B
76–170（95 aa）
片段：residues 76-170
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；30% PEG4000, 200 mM Li2SO4 and 100 mM Hepes pH 8. The crystals were grown in a sitting drop at 20 degrees by
mixing 1uL of protein (11 mg/mL) with 1uL of reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.168 |
| 3ZWL Structure of eukaryotic translation initiation factor eIF3i complex with eIF3b C-terminus (655-700) 提交 2011-08-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
693–739（47 aa）
片段：RESIDUES 693-739
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.8；0.1 M TRIS PH 8.8, 0.1 M LI2SO4, 30% PEG4000, 8% DIAMINOPENTANE
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.247 |
| 3ZWL Structure of eukaryotic translation initiation factor eIF3i complex with eIF3b C-terminus (655-700) 提交 2011-08-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
693–739（47 aa）
片段：RESIDUES 693-739
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.8；0.1 M TRIS PH 8.8, 0.1 M LI2SO4, 30% PEG4000, 8% DIAMINOPENTANE
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.247 |
| 4U1E Crystal structure of the eIF3b-CTD/eIF3i/eIF3g-NTD translation initiation complex 提交 2014-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：Trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
694–737（44 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；292 K；PEG 20000, PEG MME 550, imidazole, MES
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分辨率 2.00 Å R-free 0.216 |
| 4U1F Crystal structure of middle domain of eukaryotic translation initiation factor eIF3b 提交 2014-07-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
172–665（494 aa）
链 B
172–665（494 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；PEG MME 5000, potassium thiocyanate, CHES
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分辨率 2.20 Å R-free 0.226 |
| 6FYX Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1) 提交 2018-03-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 p
1–763（763 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.50 Å |
| 6FYY Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2) 提交 2018-03-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 p
1–763（763 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 6GSM Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in open conformation. 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 p
77–737（661 aa）
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未记录 | 7NO [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] (2~{S})-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 82 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.15 Å |
| 6GSN Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 p
72–737（666 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.75 Å |
| 6ZCE Structure of a yeast ABCE1-bound 43S pre-initiation complex 提交 2020-06-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 p
1–763（763 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 5.30 Å |
| 6ZU9 Structure of a yeast ABCE1-bound 48S initiation complex 提交 2020-07-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：44-meric（44） 与全部聚合物一致 |
链 p
1–763（763 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |