当前蛋白身份：P06701
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2FL7 S. cerevisiae Sir3 BAH domain 提交 2006-01-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–228（228 aa）
片段：BAH domain, residues 1-229
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M HEPES, pH 6.5, 200 mM sodium chloride, 10% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.232 |
| 2FVU Structure of the yeast Sir3 BAH domain 提交 2006-01-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–218（218 aa）
片段：BAH domain
链 B
1–218（218 aa）
片段：BAH domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；290 K；4M sodium formate, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.308 |
| 3OWT Crystal structure of S. cerevisiae RAP1-Sir3 complex 提交 2010-09-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
456–481（26 aa）
片段：Rap1-interaction motif (UNP residues 456 to 481)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；277 K；100 mM sodium citrate pH 4.8, 30% PEG4K, 200 mM ammonium acetate, and
10 mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.260 |
| 3TE6 Crystal Structure of the S. cerevisiae Sir3 AAA+ domain 提交 2011-08-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
530–845（316 aa）
片段：AAA+ domain (UNP Residues 530-845)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2 M ammonium sulfate, 2% (w/v) PEG 400, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.276 |
| 3TE6 Crystal Structure of the S. cerevisiae Sir3 AAA+ domain 提交 2011-08-12 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
530–845（316 aa）
片段：AAA+ domain (UNP Residues 530-845)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2 M ammonium sulfate, 2% (w/v) PEG 400, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.276 |
| 3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–213（213 aa）
片段：BAH domain
链 L
1–213（213 aa）
片段：BAH domain
|
突变：D205N 突变：D205N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.241 |
| 3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 K
1–213（213 aa）
片段：BAH domain
|
突变：D205N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.241 |
| 3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
1–213（213 aa）
片段：BAH domain
|
突变：D205N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.241 |
| 3ZCO Crystal structure of S. cerevisiae Sir3 C-terminal domain 提交 2012-11-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
840–978（139 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 840-978
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
30% PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6
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分辨率 2.70 Å R-free 0.263 |
| 4JJN Crystal structure of heterochromatin protein Sir3 in complex with a silenced yeast nucleosome 提交 2013-03-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 K
2–382（381 aa）
链 L
2–382（381 aa）
|
突变：D205N 突变：D205N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.05 M sodium cacodylate, 32% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.255 |
| 4KUD Crystal structure of N-terminal acetylated Sir3 BAH domain D205N mutant in complex with yeast nucleosome core particle 提交 2013-05-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 K
2–219（218 aa）
片段：BAH domain, UNP residues 2-219
链 L
2–219（218 aa）
片段：BAH domain, UNP residues 2-219
|
突变：D205N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D205N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；289 K；16% PEG 400, 0.1M KCl, 0.01M CaCl2, 0.05M sodium citrate(pH4.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.237 |
| 4KUI Crystal structure of N-terminal acetylated yeast Sir3 BAH domain 提交 2013-05-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–219（218 aa）
片段：BAH domain, UNP residues 2-219
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 ACY ACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；18% 2-propanol, 0.2M CaCl, 0.1M sodium acetate (pH4.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.199 |
| 4KUL Crystal structure of N-terminal acetylated yeast Sir3 BAH domain V83P mutant 提交 2013-05-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–219（218 aa）
片段：BAH domain, UNP residues 2-219
|
突变：V83P 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；14% 2-propanol, 0.2M CaCl, 0.1M sodium acetate(pH4.6) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.277 |
| 4LD9 Crystal structure of the N-terminally acetylated BAH domain of Sir3 bound to the nucleosome core particle 提交 2013-06-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 K
2–229（228 aa）
链 L
2–229（228 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；50 mM MES pH 6.5, 12% PEG 400, 12 mM MnCl2, 100 mM NaCl, 10 mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
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分辨率 3.31 Å R-free 0.295 |