当前蛋白身份：P07276
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2LOX NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and Rad2 提交 2012-01-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
642–690（49 aa）
片段：UNP residues 642-690
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 4Q0R The catalytic core of Rad2 (complex I) 提交 2014-04-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–111（110 aa）
片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
链 A
732–986（255 aa）
片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.310 |
| 4Q0R The catalytic core of Rad2 (complex I) 提交 2014-04-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–111（110 aa）
片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
链 B
732–986（255 aa）
片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.310 |
| 4Q0W he catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex II) 提交 2014-04-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–111（110 aa）
片段：Rad2
链 A
732–986（255 aa）
片段：Rad2
链 B
2–111（110 aa）
片段：Rad2
链 B
732–986（255 aa）
片段：Rad2
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；9% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.230 |
| 4Q0Z The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex III) 提交 2014-04-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–111（110 aa）
片段：Rad2 catalytic core
链 A
732–986（255 aa）
片段：Rad2 catalytic core
链 B
2–111（110 aa）
片段：Rad2 catalytic core
链 B
732–986（255 aa）
片段：Rad2 catalytic core
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.235 |
| 4Q0Z The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex III) 提交 2014-04-02 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–111（110 aa）
片段：Rad2 catalytic core
链 E
732–986（255 aa）
片段：Rad2 catalytic core
链 F
2–111（110 aa）
片段：Rad2 catalytic core
链 F
732–986（255 aa）
片段：Rad2 catalytic core
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.235 |
| 4Q10 The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex IV) 提交 2014-04-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–111（110 aa）
片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
链 A
732–986（255 aa）
片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
链 B
2–111（110 aa）
片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
链 B
732–986（255 aa）
片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
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未记录 | CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；8% (w/v) PEG 8000, 18% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.284 |