当前蛋白身份：P08648
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3VI3 Crystal structure of alpha5beta1 integrin headpiece (ligand-free form) 提交 2011-09-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
42–664（623 aa）
片段：UNP residues 42-664
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Bis-tris (pH6.5), 20%(w/v) PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 3VI3 Crystal structure of alpha5beta1 integrin headpiece (ligand-free form) 提交 2011-09-21 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
42–664（623 aa）
片段：UNP residues 42-664
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Bis-tris (pH6.5), 20%(w/v) PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 3VI4 Crystal structure of alpha5beta1 integrin headpiece in complex with RGD peptide 提交 2011-09-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
42–664（623 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Bis-tris (pH6.5), 20%(w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 3VI4 Crystal structure of alpha5beta1 integrin headpiece in complex with RGD peptide 提交 2011-09-21 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
42–664（623 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Bis-tris (pH6.5), 20%(w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 4WJK Metal Ion and Ligand Binding of Integrin 提交 2014-09-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
42–493（452 aa）
片段：UNP residues 42-493
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突变：I451V | CA CALCIUM ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 M HEPES 7.2, 16% PEG 6000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.238 |
| 4WK0 Metal Ion and Ligand Binding of Integrin 提交 2014-10-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
42–493（452 aa）
片段：UNP residues 42-493
|
突变：I451V | CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 M HEPES 7.2, 16% PEG 6000
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.223 |
| 4WK2 Metal Ion and Ligand Binding of Integrin 提交 2014-10-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
42–493（452 aa）
片段：UNP residues 42-493
|
突变：I451V | CA CALCIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 M HEPES 7.2, 16% PEG 6000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.254 |
| 4WK4 Metal Ion and Ligand Binding of Integrin 提交 2014-10-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
42–491（450 aa）
片段：UNP residues 42-491
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 M HEPES 7.2, 16% PEG 6000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.236 |
| 7NWL Cryo-EM structure of human integrin alpha5beta1 (open form) in complex with fibronectin and TS2/16 Fv-clasp 提交 2021-03-17 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
42–1049（1008 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7NXD Cryo-EM structure of human integrin alpha5beta1 in the half-bent conformation 提交 2021-03-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
42–1049（1008 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 9B9J Integrin alpha-5 beta-1 in complex with BIIG2 Fab 提交 2024-04-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–995（995 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 5mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9B9K Integrin alpha-5 beta-1 in complex with MINT1526A Fab 提交 2024-04-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–995（995 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9CKV Cryo-EM structure of alpha5beta1 integrin in complex with NeoNectin 提交 2024-07-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–996（996 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.19 Å |
| 9DIA Cryo-EM structure of alpha5beta1 integrin in complex with NeoNectin candidate 2 提交 2024-09-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–996（996 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 9EF2 Cryo-EM structure of alpha5beta1 integrin in complex with NeoNectin candidate 2, open conformation 提交 2024-11-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–996（996 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MN MANGANESE (II) ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 9HMH Crystal structure of the Calf domains of Integrin Alpha5 提交 2024-12-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
641–993（353 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bistris pH 5.5, 0.2M MgCl2, 25% PEG 3350 (wt/vol)
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分辨率 1.92 Å R-free 0.282 |
| 9HMI Crystal structure of the Calf domains of Integrin Alpha5 in complex with angiopoietin2 peptide 提交 2024-12-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
641–993（353 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium formate; 20% polyethylene glycol 3350 (wt/vol)
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.306 |
| 9P6S Cryo-EM structure of human integrin alpha5beta1 in complex with fibronectin (FN 7-10) 提交 2025-06-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
42–642（601 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.61 Å |