当前蛋白身份：P09429
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2LY4 HMGB1-facilitated p53 DNA binding occurs via HMG-box/p53 transactivation domain interaction and is regulated by the acidic tail 提交 2012-09-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–84（83 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.5 mM PMSF, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2RTU Solution structure of oxidized human HMGB1 A box 提交 2013-09-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–84（84 aa）
片段：HMG box 1, UNP residues 1-84
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient
NMR样品组成
0.5-0.6 mM [U-13C; U-15N] protein-1, 50 mM potassium phosphate-2, 10 % [U-2H] D2O-3, 150 mM potassium chloride-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5-0.6 mM [U-13C; U-15N] protein-5, 5 % C12E5/n-hexanol-6, 10 % U-2H D2O-7, 150 mM potassium chloride-8, 50 mM potassium phosphate-9, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2YRQ Solution structure of the tandem HMG box domain from Human High mobility group protein B1 提交 2007-04-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–166（166 aa）
片段：HMG box domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.09mM HMG box domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 6CG0 Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A) 提交 2018-02-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 N
15–140（126 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.17 Å |
| 6CIJ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A) 提交 2018-02-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–163（163 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |
| 6CIK Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–163（163 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；12-16% PEG 3350, 200 mM NaNO3, 50 mM HEPES, pH 6.9
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分辨率 3.15 Å R-free 0.249 |
| 6CIL PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+ 提交 2018-02-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–163（163 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9
|
分辨率 4.15 Å R-free 0.231 |
| 6CIM Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–163（163 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9
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分辨率 3.60 Å R-free 0.254 |
| 6OEM Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA0) 提交 2019-03-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 H
15–155（141 aa）
链 N
15–155（141 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6OEN Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–163（163 aa）
链 N
1–163（163 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.30 Å |
| 6OEO Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–163（163 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.69 Å |
| 8I9M The RAGE and HMGB1 complex 提交 2023-02-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
89–163（75 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
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分辨率 5.19 Å |
| 9CG9 Cryo-EM structure of an HMGB1 box bound to nucleosome at SHL-2 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–215（215 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied to grid.
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分辨率 2.94 Å |