当前蛋白身份：P0ABS5
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1DD9 STRUCTURE OF THE DNAG CATALYTIC CORE 提交 1999-11-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
111–433（323 aa）
片段：36 KDA CATALYTIC CORE DOMAIN
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未记录 | SR STRONTIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；18-21% PEG4000, 5% PEG200, 30% ETHYLENE GLYCOL, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, PH 5.0, 0.1% DIOXANE, 2-8
MM SRCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.276 |
| 1DDE STRUCTURE OF THE DNAG CATALYTIC CORE 提交 1999-11-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
111–433（323 aa）
片段：36 KDA CATALYTIC CORE DOMAIN
|
未记录 | Y1 YTTRIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；18-21% PEG4000, 5% PEG200, 30% ETHYLENE GLYCOL, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.05M SODIUM ACETATE, PH 5.0, 0.1% DIOXANE, 2-8
MM YCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.263 |
| 1EQN E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE 提交 2000-04-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
109–429（321 aa）
片段：CATALYTIC CORE
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；PEG 4000, DTT, Tris/HCl, sodium acetate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.276 |
| 1EQN E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE 提交 2000-04-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
109–429（321 aa）
片段：CATALYTIC CORE
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；PEG 4000, DTT, Tris/HCl, sodium acetate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.276 |
| 1EQN E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE 提交 2000-04-05 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
109–429（321 aa）
片段：CATALYTIC CORE
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；PEG 4000, DTT, Tris/HCl, sodium acetate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.276 |
| 1EQN E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE 提交 2000-04-05 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
109–429（321 aa）
片段：CATALYTIC CORE
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；PEG 4000, DTT, Tris/HCl, sodium acetate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.276 |
| 1EQN E.COLI PRIMASE CATALYTIC CORE 提交 2000-04-05 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
109–429（321 aa）
片段：CATALYTIC CORE
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；293 K；PEG 4000, DTT, Tris/HCl, sodium acetate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.276 |
| 1T3W Crystal Structure of the E.coli DnaG C-terminal domain (residues 434 to 581) 提交 2004-04-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
434–581（148 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；5% v/v PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.308 |
| 1T3W Crystal Structure of the E.coli DnaG C-terminal domain (residues 434 to 581) 提交 2004-04-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
434–581（148 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACY ACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；5% v/v PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.308 |
| 1T3W Crystal Structure of the E.coli DnaG C-terminal domain (residues 434 to 581) 提交 2004-04-28 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
434–581（148 aa）
链 B
434–581（148 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ACY ACETIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；5% v/v PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.308 |
| 2HAJ Solution structure of the helicase-binding domain of Escherichia coli primase 提交 2006-06-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
434–581（148 aa）
片段：Helicase-binding domain, residues 447-581
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
0.3mM DnaG-C U-15N, 13C; 10mM phosphate buffer(pH 6.10); 100mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3mM DnaG-C; 10mM phosphate buffer(pH 6.10); 100mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3B39 Structure of the DnaG primase catalytic domain bound to ssDNA 提交 2007-10-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
111–429（319 aa）
片段：RNA Polymerase Domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；21% PEG 4000, 100 mM ammonium acetate, 50 mM sodium acetate (pH 5.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.254 |
| 3B39 Structure of the DnaG primase catalytic domain bound to ssDNA 提交 2007-10-19 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 B
111–429（319 aa）
片段：RNA Polymerase Domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；21% PEG 4000, 100 mM ammonium acetate, 50 mM sodium acetate (pH 5.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.254 |
| 6CBR DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
434–581（148 aa）
片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 131-139)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；10% w/v PEG3000, 5 mM zinc acetate, 5 mM 1,10-phenanthroline, 100 mM sodium acetate, pH 4.6
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.179 |
| 6CBR DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
434–581（148 aa）
片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 131-139)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；10% w/v PEG3000, 5 mM zinc acetate, 5 mM 1,10-phenanthroline, 100 mM sodium acetate, pH 4.6
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.179 |
| 6CBS DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
434–581（148 aa）
片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 130-139)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 ACY ACETIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；7.5% w/v PEG3000, 15 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.224 |
| 6CBS DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
434–581（148 aa）
片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 130-139)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 ACY ACETIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；7.5% w/v PEG3000, 15 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.224 |
| 6CBT DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
434–581（148 aa）
片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 130-139)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；9.5% w/v PEG3000, 10 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.229 |
| 6CBT DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide 提交 2018-02-05 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
434–581（148 aa）
片段：DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 130-139)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；9.5% w/v PEG3000, 10 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.229 |
| 7T22 E. coli DnaB bound to three DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 提交 2021-12-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 G
434–581（148 aa）
片段：C-terminal domain
链 H
434–581（148 aa）
片段：C-terminal domain
链 I
434–581（148 aa）
片段：C-terminal domain
|
突变：R568C 突变：R568C 突变：R568C | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.
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分辨率 4.20 Å |
| 9ECO E. coli DnaB bound to three DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 提交 2024-11-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 G
434–581（148 aa）
片段：C-terminal domain
链 H
434–581（148 aa）
片段：C-terminal domain
|
突变：R568C 突变：R568C | ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.
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分辨率 2.83 Å |