当前蛋白身份：P0ACB0
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B79 N-TERMINAL DOMAIN OF DNA REPLICATION PROTEIN DNAB 提交 1999-01-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
16–129（114 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.293 |
| 1B79 N-TERMINAL DOMAIN OF DNA REPLICATION PROTEIN DNAB 提交 1999-01-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
16–129（114 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.293 |
| 1B79 N-TERMINAL DOMAIN OF DNA REPLICATION PROTEIN DNAB 提交 1999-01-28 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
16–129（114 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.293 |
| 1B79 N-TERMINAL DOMAIN OF DNA REPLICATION PROTEIN DNAB 提交 1999-01-28 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
16–129（114 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.293 |
| 1JWE NMR Structure of the N-Terminal Domain of E. Coli Dnab Helicase 提交 1999-01-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
24–137（114 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；305 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 1
|
分辨率未提供 |
| 6QEM E. coli DnaBC complex bound to ssDNA 提交 2019-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
链 E
1–471（471 aa）
链 F
1–471（471 aa）
|
未记录 | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7T20 E. coli DnaB bound to ssDNA and AMPPNP 提交 2021-12-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
链 E
1–471（471 aa）
链 F
1–471（471 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.
|
分辨率 4.70 Å |
| 7T21 E. coli DnaB bound to ssDNA and ADP-AlF4 提交 2021-12-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
链 E
1–471（471 aa）
链 F
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.
|
分辨率 5.40 Å |
| 7T22 E. coli DnaB bound to three DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 提交 2021-12-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
链 E
1–471（471 aa）
链 F
1–471（471 aa）
|
突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.
|
分辨率 4.20 Å |
| 8V9T Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:5 stoichiometry ratio 提交 2023-12-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
链 E
1–471（471 aa）
链 F
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Protein BP (1.5 uM) and DNA (1.875 uM) was mixed in a 1.25 molar excess. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane.
|
分辨率 2.84 Å |
| 9ECO E. coli DnaB bound to three DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 提交 2024-11-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
链 E
1–471（471 aa）
链 F
1–471（471 aa）
|
突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C | ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.
|
分辨率 2.83 Å |
| 9OA1 Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:5 stoichiometry ratio. 提交 2025-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
链 E
1–471（471 aa）
链 F
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Protein BP (1.5 uM) and DNA (1.875 uM) was mixed in a 1.25 molar excess. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane.
|
分辨率 2.66 Å |
| 9OA2 Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:6 stoichiometry ratio. 提交 2025-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
链 E
1–471（471 aa）
链 F
1–471（471 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Protein BP (1.5 uM), ssDNA (1.875 uM), and LO-156-299-NHis (2.25 uM) was mixed at 1.25 and 1.5 molar excess, respectively. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane.
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分辨率 3.85 Å |