当前蛋白身份：P0AFW0
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2OUG Crystal structure of the RfaH transcription factor at 2.1A resolution 提交 2007-02-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–162（162 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG MME 5000, 50mM sodium cacodylate, 20 mM Co chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.273 |
| 2OUG Crystal structure of the RfaH transcription factor at 2.1A resolution 提交 2007-02-10 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–162（162 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG MME 5000, 50mM sodium cacodylate, 20 mM Co chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.273 |
| 2OUG Crystal structure of the RfaH transcription factor at 2.1A resolution 提交 2007-02-10 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–162（162 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG MME 5000, 50mM sodium cacodylate, 20 mM Co chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.273 |
| 2OUG Crystal structure of the RfaH transcription factor at 2.1A resolution 提交 2007-02-10 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–162（162 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG MME 5000, 50mM sodium cacodylate, 20 mM Co chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.273 |
| 5OND RfaH from Escherichia coli in complex with ops DNA 提交 2017-08-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–162（162 aa）
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突变：L162A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；protein:DNA molar ratio: 1:1
reservoir solution: 21 %(w/v) PEG monomethyl ether 550, 44.4 mM HEPES (pH 7.0), 4 mM MgCl2;
drops: 2ul protein/DNA solution + 2 ul reservoir solution
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分辨率 2.10 Å R-free 0.233 |
| 5OND RfaH from Escherichia coli in complex with ops DNA 提交 2017-08-03 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–162（162 aa）
|
突变：L162A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；protein:DNA molar ratio: 1:1
reservoir solution: 21 %(w/v) PEG monomethyl ether 550, 44.4 mM HEPES (pH 7.0), 4 mM MgCl2;
drops: 2ul protein/DNA solution + 2 ul reservoir solution
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分辨率 2.10 Å R-free 0.233 |
| 6C6S CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound with RfaH 提交 2018-01-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–162（162 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.70 Å |
| 6C6T CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound with RfaH 提交 2018-01-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–162（162 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.50 Å |
| 8PEN fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (alternative state of RfaH) 提交 2023-06-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–162（162 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8PFG autoinhibited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (encounter complex), not fully complementary scaffold 提交 2023-06-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–162（162 aa）
|
突变：F51C, S139C | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8PFJ fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (not fully complementary scaffold; alternative state of RfaH) 提交 2023-06-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–162（162 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8PHK fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site 提交 2023-06-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–162（162 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8PIB autoinhibited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (encounter complex) 提交 2023-06-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–162（162 aa）
|
突变：F51C, S139C | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8PID backtracked E. coli transcription complex paused at ops site and bound to RfaH 提交 2023-06-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–162（162 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8PIL E. coli transcription complex paused at ops site and bound to RfaH and NusA 提交 2023-06-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–162（162 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8PIM fully recruited RfaH bound to E. coli transcription complex paused at ops site (not complementary scaffold) 提交 2023-06-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–162（162 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |