当前蛋白身份：P0C6F2
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3LP3 p15 HIV RNaseH domain with inhibitor MK3 提交 2010-02-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1014–1149（136 aa）
片段：residues 1014-1149
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 LP9 3-[4-(diethylamino)phenoxy]-6-(ethoxycarbonyl)-5,8-dihydroxy-7-oxo-7,8-dihydro-1,8-naphthyridin-1-ium × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 6.8；298 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.0, 15-20% PEG 8000, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.288 |
| 3LP3 p15 HIV RNaseH domain with inhibitor MK3 提交 2010-02-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1014–1149（136 aa）
片段：residues 1014-1149
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 LP9 3-[4-(diethylamino)phenoxy]-6-(ethoxycarbonyl)-5,8-dihydroxy-7-oxo-7,8-dihydro-1,8-naphthyridin-1-ium × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 6.8；298 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.0, 15-20% PEG 8000, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.288 |
| 3LP3 p15 HIV RNaseH domain with inhibitor MK3 提交 2010-02-04 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1014–1149（136 aa）
片段：residues 1014-1149
链 B
1014–1149（136 aa）
片段：residues 1014-1149
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 4 LP9 3-[4-(diethylamino)phenoxy]-6-(ethoxycarbonyl)-5,8-dihydroxy-7-oxo-7,8-dihydro-1,8-naphthyridin-1-ium × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 6.8；298 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.0, 15-20% PEG 8000, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.288 |
| 3TH9 Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant Q7K V32I L63I with a cyclic sulfonamide inhibitor 提交 2011-08-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
489–587（99 aa）
片段：HIV protease
链 B
489–587（99 aa）
片段：HIV protease
|
突变：Q7K V32I L63I 突变：Q7K V32I L63I | 9Y9 tert-butyl {(2S,3R)-4-[(4S)-7-fluoro-4-methyl-1,1-dioxido-4,5-dihydro-1,2-benzothiazepin-2(3H)-yl]-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl}carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；295 K；0.1 M sodium acetate buffer, 0.4M NaCl, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.34 Å R-free 0.190 |
| 3VFA Crystal Structure of HIV-1 Protease Mutant V82A with novel P1'-Ligands GRL-02031 提交 2012-01-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
489–587（99 aa）
片段：UNP residues 501-599
链 B
489–587（99 aa）
片段：UNP residues 501-599
|
突变：Q507K, L33I5, L563I, C567A, V582A, C595A 突变：Q507K, L33I5, L563I, C567A, V582A, C595A | 031 (3aS,5R,6aR)-hexahydro-2H-cyclopenta[b]furan-5-yl [(1S,2R)-1-benzyl-2-hydroxy-3-([(4-methoxyphenyl)sulfonyl]{[(2R)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methyl}amino)propyl]carbamate × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；0.6M NaCl, 0.1M Sodium Acetate buffer pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.218 |
| 4I8W Crystal structure of wild type HIV-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, GRL007 提交 2012-12-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
489–587（99 aa）
链 B
489–587（99 aa）
|
未记录 | G07 4-{[(2R,3S)-3-({[(3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yloxy]carbonyl}amino)-2-hydroxy-4-phenylbutyl](2-methylpropyl)sulfamoyl}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；1.6 M ammonium sulfate (precipitant) in 0.1 M BICINE buffer, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.233 |
| 4I8Z Crystal structure of wild type HIV-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, GRL008 提交 2012-12-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
489–587（99 aa）
链 B
489–587（99 aa）
|
未记录 | G08 (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-4-{[(4-carbamoylphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；1.6 M ammonium sulfate (precipitant) in 0.1 M BICINE buffer, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.220 |
| 4MC1 HIV protease in complex with SA526P 提交 2013-08-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
489–587（99 aa）
片段：UNP residues 489-587
链 B
489–587（99 aa）
片段：UNP residues 489-587
|
突变：Q7K V32I L63I 突变：Q7K V32I L63I | CL CHLORIDE ION × 3 526 (3S)-tetrahydrofuran-3-yl {(2S,3R)-4-[(4S)-4-tert-butyl-7-fluoro-1,1-dioxido-4,5-dihydro-1,2-benzothiazepin-2(3H)-yl]-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl}carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.7 M sodium chloride, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.39 Å R-free 0.188 |
| 4MC2 HIV protease in complex with SA525P 提交 2013-08-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
489–587（99 aa）
片段：UNP residues 489-587
链 B
489–587（99 aa）
片段：UNP residues 489-587
|
突变：Q7K V32I L63I 突变：Q7K V32I L63I | 525 (3S)-tetrahydrofuran-3-yl {(2S,3R)-4-[(4R)-4-tert-butyl-7-fluoro-1,1-dioxido-4,5-dihydro-1,2-benzothiazepin-2(3H)-yl]-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl}carbamate × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.7 M sodium chloride, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.207 |
| 4MC6 HIV protease in complex with SA499 提交 2013-08-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
489–587（99 aa）
片段：UNP residues 489-587
链 B
489–587（99 aa）
片段：UNP residues 489-587
|
突变：Q7K V32I L63I 突变：Q7K V32I L63I | 23K 1-tert-butyl-3-{(2S,3R)-4-[(4R)-7-fluoro-1,1-dioxido-4-(propan-2-yl)-4,5-dihydro-1,2-benzothiazepin-2(3H)-yl]-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl}urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.7 M sodium chloride, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.198 |
| 4MC9 HIV protease in complex with AA74 提交 2013-08-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
489–587（99 aa）
片段：UNP residues 489-587
链 B
489–587（99 aa）
片段：UNP residues 489-587
|
突变：Q7K V32I L63I 突变：Q7K V32I L63I | 23L (3S)-tetrahydrofuran-3-yl {(2S,3R)-4-[(4R)-7-fluoro-1,1-dioxido-4-(propan-2-yl)-4,5-dihydro-1,2-benzothiazepin-2(3H)-yl]-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl}carbamate × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.7 M sodium chloride, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.19 Å R-free 0.195 |
| 4NYF HIV integrase in complex with inhibitor 提交 2013-12-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1199–1357（159 aa）
片段：Integrase catalytic domain residues 1199-1357
链 B
1199–1357（159 aa）
片段：Integrase catalytic domain residues 1199-1357
|
突变：C56S, W131D, F139D, F185K 突变：C56S, W131D, F139D, F185K | 4BI (2S)-tert-butoxy[4-(4-chlorophenyl)-2-methylquinolin-3-yl]ethanoic acid × 1 CD CADMIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；297 K；1.2 -1.5 M Ammonium Sulfate, 100mM Na citrate pH 5.6, 50mM Cadmium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.223 |
| 4QGI X-ray crystal structure of HIV-1 protease variant G48T/L89M in complex with Saquinavir 提交 2014-05-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
489–587（99 aa）
片段：HIV-1 Protease Chain A, unp residues 489-587
链 B
489–587（99 aa）
片段：HIV-1 Protease Chain A, unp residues 489-587
|
突变：G48T, L89M 突变：G48T, L89M | ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M Sodium citrate, 20% 2-propanol, 20% PEG 4000 , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.246 |
| 5K14 HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with a 2,6-difluorophenyl DAPY analog 提交 2016-05-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
588–1027（440 aa）
|
未记录 | IB1 4-{[4-(2,6-difluoro-4-methoxybenzene-1-carbonyl)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.0M K/Na tartrate
100mM MES pH 6.0
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 6Y9V Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-8,13) 提交 2020-03-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 A
133–352（220 aa）
链 B
133–352（220 aa）
链 C
133–352（220 aa）
链 D
133–352（220 aa）
链 G
133–352（220 aa）
链 H
133–352（220 aa）
链 N
133–352（220 aa）
链 Y
133–352（220 aa）
链 d
133–352（220 aa）
链 e
133–352（220 aa）
链 j
133–352（220 aa）
链 k
133–352（220 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 6Y9W Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-13,8) 提交 2020-03-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 A
133–352（220 aa）
链 B
133–352（220 aa）
链 C
133–352（220 aa）
链 D
133–352（220 aa）
链 G
133–352（220 aa）
链 H
133–352（220 aa）
链 N
133–352（220 aa）
链 Y
133–352（220 aa）
链 d
133–352（220 aa）
链 e
133–352（220 aa）
链 j
133–352（220 aa）
链 k
133–352（220 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6Y9X Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-13,7) 提交 2020-03-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 A
133–352（220 aa）
链 B
133–352（220 aa）
链 C
133–352（220 aa）
链 D
133–352（220 aa）
链 G
133–352（220 aa）
链 H
133–352（220 aa）
链 N
133–352（220 aa）
链 Y
133–352（220 aa）
链 d
133–352（220 aa）
链 e
133–352（220 aa）
链 j
133–352（220 aa）
链 k
133–352（220 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6Y9Y Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-7,13) 提交 2020-03-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 A
133–352（220 aa）
链 B
133–352（220 aa）
链 C
133–352（220 aa）
链 D
133–352（220 aa）
链 G
133–352（220 aa）
链 H
133–352（220 aa）
链 N
133–352（220 aa）
链 Y
133–352（220 aa）
链 d
133–352（220 aa）
链 e
133–352（220 aa）
链 j
133–352（220 aa）
链 k
133–352（220 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 6Y9Z Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-13,9) 提交 2020-03-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 A
133–352（220 aa）
链 B
133–352（220 aa）
链 C
133–352（220 aa）
链 D
133–352（220 aa）
链 G
133–352（220 aa）
链 H
133–352（220 aa）
链 N
133–352（220 aa）
链 Y
133–352（220 aa）
链 d
133–352（220 aa）
链 e
133–352（220 aa）
链 j
133–352（220 aa）
链 k
133–352（220 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 9JA0 The capsid protein of HIV 1 提交 2024-08-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
133–353（221 aa）
链 B
133–353（221 aa）
链 C
133–353（221 aa）
链 D
133–353（221 aa）
链 E
133–353（221 aa）
链 F
133–353（221 aa）
链 G
133–353（221 aa）
链 H
133–353（221 aa）
链 I
133–353（221 aa）
链 J
133–353（221 aa）
链 K
133–353（221 aa）
链 L
133–353（221 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |