当前蛋白身份：P0CG05
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3TV3 Crystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody PGT128 in complex with Man9 提交 2011-09-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
片段：PGT128 light chain
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未记录 | GOL GLYCEROL × 4 AML AMYLAMINE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；11% PEG 4000, 0.1M HEPES, 10% isopropanol, 6.5mM Man9, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 1.29 Å R-free 0.184 |
| 3TWC Crystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody PGT127 in complex with Man9 提交 2011-09-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | AML AMYLAMINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；14% PEG 4000, 0.1M HEPES pH, 8.5% isopropanol, 15% glycerol, 6.5mM Man9, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 1.65 Å R-free 0.215 |
| 3TYG Crystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody PGT128 in complex with a glycosylated engineered gp120 outer domain with miniV3 (eODmV3) 提交 2011-09-25 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
1–106（106 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；24% PEG 3350, 0.29M CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 3.25 Å R-free 0.257 |
| 4LLD Structure of wild-type IgG1 antibody heavy chain constant domain 1 and light chain lambda constant domain (IgG1 CH1:Clambda) at 1.19A 提交 2013-07-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–105（105 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；35% PEG 4K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
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分辨率 1.19 Å R-free 0.170 |
| 4LLM Structure of redesigned IgG1 first constant and lambda domains (CH1:Clambda constant redesign 1, CRD1) at 1.75A 提交 2013-07-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–105（105 aa）
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突变：K133D, L139F | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；294 K；40% PEG 6K + 10mM tri-Sodium Citrate dihydrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
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分辨率 1.75 Å R-free 0.220 |
| 4O58 Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/3/1975 (H3N2) influenza hemagglutinin 提交 2013-12-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 L
7–106（100 aa）
片段：Fab F045-092 light chain
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SO4 SULFATE ION × 42 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；277 K；1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.1, 4% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.75 Å R-free 0.224 |
| 4O5I Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin 提交 2013-12-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 N
7–106（100 aa）
片段：Fab F045-092 light chain
链 P
7–106（100 aa）
片段：Fab F045-092 light chain
链 R
7–106（100 aa）
片段：Fab F045-092 light chain
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 400, 30% 1,2-propanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.248 |
| 4O5I Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin 提交 2013-12-19 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 T
7–106（100 aa）
片段：Fab F045-092 light chain
链 V
7–106（100 aa）
片段：Fab F045-092 light chain
链 X
7–106（100 aa）
片段：Fab F045-092 light chain
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 400, 30% 1,2-propanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.248 |
| 5IQ7 Crystal structure of 10E8-S74W Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide. 提交 2016-03-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
9–104（96 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；40% PEG400, 0.1M NaCitrate, 0.1M Tris-HCl, 7.5
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分辨率 3.29 Å R-free 0.282 |
| 5IQ9 Crystal structure of 10E8v4 Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide. 提交 2016-03-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
28–102（75 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG3350, 25% Isopropanol, 0.1M Tris-HCl, 8.5, 10% Jeffamine.
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分辨率 2.40 Å R-free 0.236 |
| 5IQ9 Crystal structure of 10E8v4 Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide. 提交 2016-03-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 L
28–102（75 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG3350, 25% Isopropanol, 0.1M Tris-HCl, 8.5, 10% Jeffamine.
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分辨率 2.40 Å R-free 0.236 |