当前蛋白身份：P10412
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3TZD Crystal structure of the complex of Human Chromobox Homolog 3 (CBX3) 提交 2011-09-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 T
19–36（18 aa）
片段：UNP residues 19-36
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；peg, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.231 |
| 6H8P JMJD2A/ KDM4A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND Histone H1.4(18-32)K26me3 peptide (15-mer) 提交 2018-08-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
18–32（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；0.1 M MIB buffer (malonic acid/imidazole/boric acid, pH 6.0) 25% w/v polyethylene glycol 1500
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.212 |
| 6H8P JMJD2A/ KDM4A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND Histone H1.4(18-32)K26me3 peptide (15-mer) 提交 2018-08-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
18–32（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；0.1 M MIB buffer (malonic acid/imidazole/boric acid, pH 6.0) 25% w/v polyethylene glycol 1500
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.212 |
| 7K5Y Cryo-EM structure of a chromatosome containing human linker histone H1.4 提交 2020-09-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–219（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 7PET The 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 s
2–219（218 aa）
链 u
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.50 Å |
| 7PEU Trinucleosome of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric（27） 与全部聚合物一致 |
链 u
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 7PEX Nucleosome 2 of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 u
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 7PEZ Nucleosome 4 of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 s
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 7PF0 Trinucleosome of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–219（218 aa）
链 u
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.00 Å |
| 7PF2 Nucleosome stack of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 7PF3 Nucleosome 4 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 s
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PF5 Nucleosome 2 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 u
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7PF6 Nucleosome 1 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PFA Trinucleosome of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–219（218 aa）
链 u
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.70 Å |
| 7PFC Nucleosome stack of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
| 7PFD Nucleosome 1 of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7PFE Nucleosome 2 of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 u
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7PFT Trinucleosome of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric（29） 与全部聚合物一致 |
链 S
2–219（218 aa）
链 U
2–219（218 aa）
链 u
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.80 Å |
| 7PFU Nucleosome stack of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 S
2–219（218 aa）
链 U
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 7PFV Nucleosome 1 of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7PFW Nucleosome 2 of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 u
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.20 Å |
| 7PFX Nucleosome 3 of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 S
2–219（218 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8H1T Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome 提交 2022-10-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–219（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8VG2 Cryo-EM structure of FoxA1 and GATA4 in complex with H14 chromatosome 提交 2023-12-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–219（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 9DDE ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome 提交 2024-08-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–219（219 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |