当前蛋白身份：P10443
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2HNH Crystal structure of the catalytic alpha subunit of E. coli replicative DNA polymerase III 提交 2006-07-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–910（910 aa）
片段：catalytic fragment (1-917)
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未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18% PEG3350
0.3M NaH2PO4
0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.258 |
| 2HQA Crystal structure of the catalytic alpha subunit of E. Coli replicative DNA polymerase III 提交 2006-07-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–917（917 aa）
片段：catalytic fragment (residues 1-917)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18% PEG3350 0.3M NAH2PO4 0.1M HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.287 |
| 4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–270（270 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.246 |
| 4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–270（270 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.246 |
| 4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–270（270 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.246 |
| 4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–270（270 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
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分辨率 1.70 Å R-free 0.246 |
| 4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–270（270 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.291 |
| 4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–270（270 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
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突变：L66P,L66P | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.291 |
| 4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–270（270 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
|
突变：L66P,L66P | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.291 |
| 4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04 | Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–270（270 aa）
片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)
|
突变：L66P,L66P | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.291 |
| 4JOM Structure of E. coli Pol III 3mPHP mutant 提交 2013-03-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–917（917 aa）
片段：3mPHP (UNP residues 1-917)
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突变：yes | PO4 PHOSPHATE ION × 3 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；10-15 mg/mL protein, 15-20% PEG3350, 0.2-0.4 M sodium phosphate monobasic, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
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分辨率 2.90 Å R-free 0.245 |
| 5FKU cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1160（1160 aa）
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突变：YES | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 8.34 Å |
| 5FKV cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1160（1160 aa）
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突变：YES | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 8.04 Å |
| 5FKW cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon) 提交 2015-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1160（1160 aa）
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 7.30 Å |
| 5M1S Cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase-clamp-exonuclase-theta complex bound to DNA in the editing mode 提交 2016-10-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–927（927 aa）
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突变：A921L, M923L | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Prior to sample preparation 0.1 volumes of 0.05% Tween 20 were added to the sample 3 microliters were pipetted onto the grid and blotted for 4 seconds
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分辨率 6.70 Å |