当前蛋白身份：P13445
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5IPL SigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA 提交 2016-03-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–330（330 aa）
|
未记录 | DPO DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.293 |
| 5IPM SigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA 提交 2016-03-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–330（330 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.330 |
| 5IPN SigmaS-transcription initiation complex with 4-nt nascent RNA 提交 2016-03-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–330（330 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.61 Å R-free 0.345 |
| 6FI7 E.coli Sigma factor S (RpoS) Region 4 提交 2018-01-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
245–330（86 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）350；压力 1
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] E.coli Sigma factor S region 4, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6KJ6 cryo-EM structure of Escherichia coli Crl transcription activation complex 提交 2019-07-21 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–330（330 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 8 seconds before plunging
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分辨率 3.80 Å |
| 6UTV E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Fresh" crystal soaked with CTP, UTP, GTP, and ddATP for 150 seconds) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.348 |
| 6UTW E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA ("Fresh" crystal) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 3.85 Å R-free 0.329 |
| 6UTX E. coli sigma-S transcription initiation complex with an empty bubble ("Old" crystal) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.05 Å R-free 0.349 |
| 6UTY E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching CTP ("Old" crystal soaked with CTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
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分辨率 4.15 Å R-free 0.370 |
| 6UTZ E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Fresh" crystal soaked with CTP and UTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.343 |
| 6UU0 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 3-nt RNA and a mismatching GTP ("Fresh" crystal soaked with GTP for 1 hour) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
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分辨率 3.90 Å R-free 0.368 |
| 6UU1 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA and a CTP ("Fresh" crystal soaked with CTP, GTP, and ddTTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.396 |
| 6UU2 E. coli sigma-S transcription initiation complex with 3-nt RNA ("Old" crystal soaked with GTP and ATP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.363 |
| 6UU3 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA and a CTP ("Old" crystal soaked with GTP, ATP, CTP, and ddTTP for 30 minutes) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 D4M [(5R)-5-(5-METHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-2,5-DIHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.380 |
| 6UU4 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 3-nt RNA ("old" crystal soaked with GTP and dinucleotide GpA for 30 minutes) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.364 |
| 6UU5 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA ("Old" crystal soaked with GTP, UTP, CTP, and dinucleotide GpA for 30 minutes) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 DPO DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 5.40 Å R-free 0.362 |
| 6UU6 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 4-nt RNA and a UTP ("Old" crystal soaked with UTP, ddCTP, and dinucleotide ApG for 30 minutes) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.389 |
| 6UU7 E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 6-nt RNA and an NTP ("Old" crystal soaked with UTP, CTP, ddGTP, and dinucleotide ApG for 30 minutes) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.390 |
| 6UUA E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching CTP ("Fresh" crystal soaked with CTP for 2 hours) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.365 |
| 6UUB E. coli sigma-S transcription initiation complex with a mismatching UTP ("Fresh" crystal soaked with UTP for 2 hours) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 3.96 Å R-free 0.375 |
| 6UUC E. coli sigma-S transcription initiation complex with a 3-nt RNA and a mismatching ATP ("Fresh" crystal soaked with ATP for 2 hours) 提交 2019-10-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 FFF
1–328（328 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.380 |