当前蛋白身份：P13501
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B3A TOTAL CHEMICAL SYNTHESIS AND HIGH-RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE POTENT ANTI-HIV PROTEIN AOP-RANTES 提交 1998-12-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
10–76（67 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 AOP PENTYLOXYAMINO-ACETALDEHYDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；pH 4.6
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.241 |
| 1B3A TOTAL CHEMICAL SYNTHESIS AND HIGH-RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE POTENT ANTI-HIV PROTEIN AOP-RANTES 提交 1998-12-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
10–76（67 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 AOP PENTYLOXYAMINO-ACETALDEHYDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；pH 4.6
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.241 |
| 1EQT MET-RANTES 提交 2000-04-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
25–91（67 aa）
链 B
25–91（67 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；PEG 35000, ammonium sulfate, sodium succinate, MES, sodium acetate, ethanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.251 |
| 1HRJ HUMAN RANTES, NMR, 13 STRUCTURES 提交 1995-08-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
链 B
24–91（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1RTN PROTON NMR ASSIGNMENTS AND SOLUTION CONFORMATION OF RANTES, A CHEMOKINE OF THE CC TYPE 提交 1995-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
链 B
24–91（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1RTO PROTON NMR ASSIGNMENTS AND SOLUTION CONFORMATION OF RANTES, A CHEMOKINE OF THE CC TYPE 提交 1995-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
链 B
24–91（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1U4L human RANTES complexed to heparin-derived disaccharide I-S 提交 2004-07-26 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
链 B
24–91（68 aa）
|
未记录 | ACY ACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；15% (w/v) PEG 400, 100mM acetate buffer, 1mM Heparin Disaccharide I-S, 10% (w/v) glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.255 |
| 1U4M human RANTES complexed to heparin-derived disaccharide III-S 提交 2004-07-26 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
链 B
24–91（68 aa）
|
未记录 | ACY ACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；15% (w/v) PEG 400, 100mM acetate buffer, 1mM Heparin Disaccharide III-S, 10% (w/v) glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.252 |
| 1U4P Crystal Structure of human RANTES mutant K45E 提交 2004-07-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
链 B
24–91（68 aa）
|
突变：K45E 突变：K45E | ACY ACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；20% PEG 400, 100mM acetate buffer, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.254 |
| 1U4R Crystal Structure of human RANTES mutant 44-AANA-47 提交 2004-07-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
链 B
24–91（68 aa）
|
突变：R44A, K45A, R47A 突变：R44A, K45A, R47A | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；25% PEG 400, 100mM acetate buffer, 200mM (NH4)2SO4, 10% (v/v) glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.306 |
| 1U4R Crystal Structure of human RANTES mutant 44-AANA-47 提交 2004-07-26 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
24–91（68 aa）
链 D
24–91（68 aa）
|
突变：R44A, K45A, R47A 突变：R44A, K45A, R47A | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；25% PEG 400, 100mM acetate buffer, 200mM (NH4)2SO4, 10% (v/v) glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.306 |
| 2L9H Oligomeric Structure of the Chemokine CCL5/RANTES from NMR, MS, and SAXS Data 提交 2011-02-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
链 B
24–91（68 aa）
链 C
24–91（68 aa）
链 D
24–91（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | 未声明 |
NMR测量条件
pH 4.4；297 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] ccl5, 50 mM sodium acetate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] ccl5, 50 mM sodium acetate, 5 % polyacrylamide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2VXW Structural and Functional Studies of the Potent Anti-HIV Chemokine Variant P2-RANTES 提交 2008-07-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
33–91（59 aa）
片段：CHEMOKINE, RESIDUES 33-91
链 B
33–91（59 aa）
片段：CHEMOKINE, RESIDUES 33-91
链 C
33–91（59 aa）
片段：CHEMOKINE, RESIDUES 33-91
链 D
33–91（59 aa）
片段：CHEMOKINE, RESIDUES 33-91
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；pH 5.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.248 |
| 5CMD Oligomer crystal structure of CC chemokine 5 (CCL5) 提交 2015-07-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
27–91（65 aa）
片段：unp residues 27-91
链 B
27–91（65 aa）
片段：unp residues 27-91
链 C
27–91（65 aa）
片段：unp residues 27-91
链 D
27–91（65 aa）
片段：unp residues 27-91
链 E
27–91（65 aa）
片段：unp residues 27-91
链 F
27–91（65 aa）
片段：unp residues 27-91
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；303.15 K；0.1 M Tris, 1.8 M Ammonium sulfate
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.258 |
| 5COY Crystal structure of CC chemokine 5 (CCL5) 提交 2015-07-20 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–91（65 aa）
链 B
27–91（65 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Potassium phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.44 Å R-free 0.192 |
| 5DNF Crystal structure of CC chemokine 5 (CCL5) oligomer in complex with heparin 提交 2015-09-10 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 B
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 C
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 D
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 E
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 F
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 G
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 H
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 I
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
|
突变：S4TNR 突变：S4TNR 突变：S4TNR 突变：S4TNR 突变：S4TNR 突变：S4TNR 突变：S4TNR 突变：S4TNR 突变：S4TNR | GLA alpha-D-galactopyranose × 6 BGC beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 20 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；303.15 K；0.1M Tris, pH 7.5; 1.8 M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.234 |
| 5L2U Oligomer crystal structure of CC chemokine 5 (CCL5) 提交 2016-08-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 B
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 C
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 D
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 E
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 F
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；303.15 K；0.1 HEPES, 300 mM NaCl, 3.5% 2-propanol
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.209 |
| 5L2U Oligomer crystal structure of CC chemokine 5 (CCL5) 提交 2016-08-02 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 H
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
链 I
27–91（65 aa）
片段：UNP residues 27-91
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；303.15 K；0.1 HEPES, 300 mM NaCl, 3.5% 2-propanol
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.209 |
| 5UIW Crystal Structure of CC Chemokine Receptor 5 (CCR5) in complex with high potency HIV entry inhibitor 5P7-CCL5 提交 2017-01-15 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
33–91（59 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 6 OLA OLEIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.3；295.5 K；29% (v/v) PEG 400, 120 mM lithium citrate, 1.2% (w/v) 1,5-Diaminopentane dihydrochloride, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.250 |
| 6AEZ Crystal structure of human CCL5 trimer 提交 2018-08-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
链 B
24–91（68 aa）
链 C
24–91（68 aa）
|
突变：E67S 突变：E67S | SO4 SULFATE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；283 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH 5, 16% (w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.228 |
| 6C6D 20mer crystal structure of CC chemokine 5 (CCL5) 提交 2018-01-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 B
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 C
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 D
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 E
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 F
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 G
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 H
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 I
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 J
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 K
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 L
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 M
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 N
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 O
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 P
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 Q
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 R
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 S
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
链 T
27–91（65 aa）
片段：UNP Residues 27-91
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；303.15 K；10% (v/v) 2-propanol, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M NaCl
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.286 |
| 6FGP NMR solution structure of monomeric CCL5 in complex with a doubly-sulfated N-terminal segment of CCR5 提交 2018-01-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
24–91（68 aa）
|
突变：i | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）130；压力 1
NMR测量条件
pH 4.8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）130；压力 1
NMR测量条件
pH 4.8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）130；压力 1
NMR样品组成
120 uM [U-15N] CCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
120 uM [U-13C] CCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
120 uM U-15N;13C CCL5(P9S)/Nt-CCR5(1-27), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6LOG Crystal structure of human CCL5-12AAA14 mutant 提交 2020-01-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
|
突变：F12A, Y14A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；283 K；0.2M Magnesium acetate tetrahydrate pH 7.9, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.249 |
| 6STK Crystal structure of the CC-chemokine 5 (CCL5) E66S mutation 提交 2019-09-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
24–91（68 aa）
链 B
24–91（68 aa）
|
突变：E66S 突变：E66S | ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；15% glycerol, 25.5% PEG 4000, 85mM acetate buffer pH 4.6, 0.17 M ammonium acetate
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.203 |
| 7F1R Cryo-EM structure of the chemokine receptor CCR5 in complex with RANTES and Gi 提交 2021-06-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 R
24–91（68 aa）
|
突变：F28C,G258N,E267C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7O7F Structural basis of the activation of the CC chemokine receptor 5 by a chemokine agonist 提交 2021-04-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 I
23–91（69 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |