当前蛋白身份：P14736
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2M14 NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and Rad4 提交 2012-11-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
76–115（40 aa）
片段：UNP residues 76-115
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 15N] Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2QSF Crystal structure of the Rad4-Rad23 complex 提交 2007-07-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
101–632（532 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM sodium phosphate, 8% (w/v) PEG 2000, 2 mM dithiothreitol, pH 6.5, hanging-drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 2.35 Å R-free 0.245 |
| 2QSG Crystal structure of Rad4-Rad23 bound to a UV-damaged DNA 提交 2007-07-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
101–632（532 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM bis-tris propane, 100mM sodium chloride, 6% (v/v) isopropanol, 14 mM calcium chloride and 5 mM
dithiothreitol, pH 6.8, hanging-drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 3.10 Å R-free 0.277 |
| 2QSH Crystal structure of Rad4-Rad23 bound to a mismatch DNA 提交 2007-07-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
101–632（532 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM bis-tris propane, 100 mM sodium chloride, 15% (v/v) isopropanol, 10 mM calcium chloride and 5 mM dithiothreitol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.244 |
| 4YIR Crystal structure of Rad4-Rad23 crosslinked to an undamaged DNA 提交 2015-03-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
101–632（532 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50mM BTP-HCl, 100mM NaCl, 14%
isopropanol and 100mM calcium chloride
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分辨率 3.05 Å R-free 0.253 |
| 6CFI Crystal structure of Rad4-Rad23 bound to a 6-4 photoproduct UV lesion 提交 2018-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
101–632（532 aa）
片段：residues 101-632
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；bis-tris propane 5 mM
sodium chloride 100 mM
1-propanol 14%
spermidine-HCl 5 mM
dithiothreitol 5 mM
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分辨率 3.36 Å R-free 0.268 |
| 6UBF Role of Beta-hairpin motifs in the DNA duplex opening by the Rad4/XPC nucleotide excision repair complex 提交 2019-09-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
101–632（532 aa）
片段：UNP residues 101-632
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM BTP-HCl, 150 mM sodium chloride, 12% isopropanol
|
分辨率 4.60 Å R-free 0.356 |
| 6UG1 Sequence impact in DNA duplex opening by the Rad4/XPC nucleotide excision repair complex 提交 2019-09-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
129–632（504 aa）
片段：UNP residues 129-632
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM BTP-HCl, 150 mM sodium chloride, 12% isopropanol, 100 mM calcium chloride
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.272 |
| 6UIN Role of Beta-hairpin motifs in the DNA duplex opening by the Rad4/XPC nucleotide excision repair complex 提交 2019-10-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
101–632（532 aa）
片段：UNP residues 101-632
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM BTP-HCl, 200 mM sodium chloride, 12% isopropanol, 100 mM calcium chloride
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.262 |
| 7K04 Structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33/DNA in DNA opening 提交 2020-09-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–754（754 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manually blotted by Leica EM CPC
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分辨率 9.25 Å |
| 7M2U Nucleotide Excision Repair complex TFIIH Rad4-33 提交 2021-03-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–754（754 aa）
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未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 8.20 Å |