当前蛋白身份：P15555
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CEF CEFOTAXIME COMPLEXED WITH THE STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE 提交 1995-01-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
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未记录 | CEF CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.04 Å R-free 0.240 |
| 1CEG CEPHALOTHIN COMPLEXED WITH DD-PEPTIDASE 提交 1995-01-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
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未记录 | CEP CEPHALOTHIN GROUP × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.212 |
| 1HVB CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE COMPLEXED WITH A NOVEL CEPHALOSPORIN ANALOG OF CELL WALL PEPTIDOGLYCAN 提交 2001-01-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
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未记录 | CEH 5-{3-(S)-(4-(R)-ACETYLAMINO-4-CARBOXY-BUTYRYLAMINO)-3-[1-(R)-(1-(R)-CARBOXY-ETHYLCARBAMOYL)-ETHYLCARBAMOYL]-PROPYL}-2-( CARBOXY-PHENYLACETYLAMINO-METHYL)-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG 8000, sodium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 1.17 Å R-free 0.153 |
| 1IKG MICHAELIS COMPLEX OF STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE WITH A SPECIFIC PEPTIDOGLYCAN SUBSTRATE FRAGMENT 提交 2001-05-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
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未记录 | REX GLYCYL-L-ALPHA-AMINO-EPSILON-PIMELYL-D-ALANYL-D-ALANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；PEG 8000, SODIUM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
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分辨率 1.90 Å R-free 0.184 |
| 1IKI COMPLEX OF STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE WITH THE PRODUCTS OF A SPECIFIC PEPTIDOGLYCAN SUBSTRATE FRAGMENT 提交 2001-05-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
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未记录 | REY GLYCYL-L-ALPHA-AMINO-EPSILON-PIMELYL-D-ALANINE × 1 DAL D-ALANINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；PEG 8000, SODIUM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
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分辨率 1.25 Å R-free 0.154 |
| 1MPL CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHONATE-INHIBITED D-ALA-D-ALA PEPTIDASE REVEALS AN ANALOG OF A TETRAHEDRAL TRANSITION STATE 提交 2002-09-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
片段：DD-Peptidase
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未记录 | RE1 GLYCYL-L-A-AMINOPIMELYL-E-(D-2-AMINOETHYL)PHOSPHONATE × 1 GOL GLYCEROL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；PEG 8000, SODIUM PHOSPHATE, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 1.12 Å R-free 0.140 |
| 1PW1 Non-Covalent Complex Of Streptomyces R61 DD-Peptidase With A Highly Specific Penicillin 提交 2003-06-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
片段：DD-PEPTIDASE
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未记录 | HEL (2S,5R,6R)-6-{[(6R)-6-(GLYCYLAMINO)-7-OXIDO-7-OXOHEPTANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 FOR FORMYL GROUP × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM Sodium Phosphate, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 1.20 Å R-free 0.151 |
| 1PW8 Covalent Acyl Enzyme Complex Of The R61 DD-Peptidase with A Highly Specific Cephalosporin 提交 2003-07-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
片段：DD-PEPTIDASE
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未记录 | H2A (6R,7R)-3-[(ACETYLOXY)METHYL]-7-{[(6S)-6-(GLYCYLAMINO)-7-OXIDO-7-OXOHEPTANOYL]AMINO}-8-OXO-5-THIA-1-AZABICYCLO[4.2.0]OCTANE-2-CARBOXYLATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM Sodium Phosphate, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
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分辨率 1.30 Å R-free 0.150 |
| 1PWC penicilloyl acyl enzyme complex of the Streptomyces R61 DD-peptidase with penicillin G 提交 2003-07-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
片段：DD-PEPTIDASE
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未记录 | PNM OPEN FORM - PENICILLIN G × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM Sodium Phosphate, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
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分辨率 1.10 Å R-free 0.148 |
| 1PWD Covalent acyl enzyme complex of the Streptomyces R61 DD-peptidase with cephalosporin C 提交 2003-07-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
片段：DD-PEPTIDASE
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未记录 | 0MU (2R)-5-(acetyloxymethyl)-2-[(1R)-1-[[(5R)-5-azanyl-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexanoyl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM Sodium Phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
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分辨率 1.20 Å R-free 0.166 |
| 1PWG Covalent Penicilloyl Acyl Enzyme Complex Of The Streptomyces R61 DD-Peptidase With A Highly Specific Penicillin 提交 2003-07-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
片段：DD-PEPTIDASE
|
未记录 | HE0 (2R,4S)-2-[(1R)-1-{[(6S)-6-carboxy-6-(glycylamino)hexanoyl]amino}-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM Sodium Phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.07 Å R-free 0.146 |
| 1SCW TOWARD BETTER ANTIBIOTICS: CRYSTAL STRUCTURE OF R61 DD-PEPTIDASE INHIBITED BY A NOVEL MONOCYCLIC PHOSPHATE INHIBITOR 提交 2004-02-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
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未记录 | CP5 (2Z)-3-{[OXIDO(OXO)PHOSPHINO]OXY}-2-PHENYLACRYLATE × 1 GOL GLYCEROL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM sodium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.13 Å R-free 0.143 |
| 1SDE Toward Better Antibiotics: Crystal Structure Of D-Ala-D-Ala Peptidase inhibited by a novel bicyclic phosphate inhibitor 提交 2004-02-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–378（347 aa）
|
未记录 | 2PB 2-[(DIOXIDOPHOSPHINO)OXY]BENZOATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM sodium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.140 |
| 1YQS Inhibition of the R61 DD-Peptidase by N-benzoyl-beta-sultam 提交 2005-02-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
片段：DD-PEPTIDASE
|
未记录 | BSA 2-(BENZOYLAMINO)ETHANESULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；20% PEG 8000, 50mM sodium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
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分辨率 1.05 Å R-free 0.136 |
| 3PTE THE REFINED CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A DD-PEPTIDASE PENICILLIN-TARGET ENZYME AT 1.6 A RESOLUTION 提交 1994-08-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–380（349 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.60 Å R-free 0.211 |