当前蛋白身份：P20449
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2KBE solution structure of amino-terminal domain of Dbp5p 提交 2008-11-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
71–296（226 aa）
片段：amino-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
20 mM MES, 100 mM potassium acetate, 0.6 mM [U-13C; U-15N] Dbp5p, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KBF solution structure of carboxyl-terminal domain of Dbp5p 提交 2008-11-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
296–482（187 aa）
片段：residues 296-482
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
0.7 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM MES, 100 mM potassium acetate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3GFP Structure of the C-terminal domain of the DEAD-box protein Dbp5 提交 2009-02-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
296–482（187 aa）
片段：Helicase C-terminal domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；2M Na/K HPO4, 100mM Na cacodylate pH 6.5, 8% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.230 |
| 3PEU S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 H337R and IP6 提交 2010-10-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
297–482（186 aa）
片段：Dbp5-CTD
|
突变：L327V,H337R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 8.0, 50 mM NaOAc, 200mM LiS04, 10 mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.213 |
| 3PEU S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 H337R and IP6 提交 2010-10-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
297–482（186 aa）
片段：Dbp5-CTD
|
突变：L327V,H337R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 8.0, 50 mM NaOAc, 200mM LiS04, 10 mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.213 |
| 3PEV S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 and IP6 提交 2010-10-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
297–482（186 aa）
片段：Dbp5-CTD
|
突变：L327V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.8, 200mM LiS04, 10mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol
, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.238 |
| 3PEV S. cerevisiae Dbp5 L327V C-terminal domain bound to Gle1 and IP6 提交 2010-10-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
297–482（186 aa）
片段：Dbp5-CTD
|
突变：L327V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；30% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.8, 200mM LiS04, 10mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5% glycerol
, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.238 |
| 3PEW S. cerevisiae Dbp5 L327V bound to RNA and ADP BeF3 提交 2010-10-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
91–482（392 aa）
|
突变：L327V | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 200 mM MgNO3, 10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5 mM MgCl2, 1 mM ADP, 3 mM BeCl2, 15 mM NaF, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.189 |
| 3PEY S. cerevisiae Dbp5 bound to RNA and ADP BeF3 提交 2010-10-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
91–482（392 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 200 mM MgNO3, 10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5 mM MgCl2, 1 mM ADP, 3 mM BeCl2, 15 mM NaF, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.179 |
| 3RRM S. cerevisiae dbp5 l327v bound to nup159, gle1 h337r, ip6 and adp 提交 2011-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
91–482（392 aa）
片段：unp residues 91-482
|
突变：L327V | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 200 mM KOAc, 20 mM sarcosine, 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.5 mM IP6, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.261 |
| 3RRN S. cerevisiae dbp5 l327v bound to gle1 h337r and ip6 提交 2011-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
91–482（392 aa）
片段：unp residues 91-482
|
突变：L327V | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；30% PEG 300, 100mM MES, 2% MPD, 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.5 mM IP6, 0.5 mM ADP, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.5
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.239 |