当前蛋白身份：P21730
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相关结构差异明细
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2K3U Structure of the tyrosine-sulfated C5a receptor N-terminus in complex with the immune evasion protein CHIPS. 提交 2008-05-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
7–28（22 aa）
片段：C5aR(P7-28S)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 15N] protein, 0.5 mM entity_2, 20 mM sodium phosphate, 0.1 % sodium azide, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 1.0 mM entity_2, 20 mM sodium phosphate, 0.1 % sodium azide, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5O9H Crystal structure of thermostabilised human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 (C5aR) in complex with NDT9513727 提交 2017-06-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–333（303 aa）
链 B
31–333（303 aa）
|
突变：S85A, I91A, I142A, N146R, A156L, F172A, R232A, A234E, L311E, S317E, N321E 突变：S85A, I91A, I142A, N146R, A156L, F172A, R232A, A234E, L311E, S317E, N321E | 9P2 1-(1,3-benzodioxol-5-yl)-~{N}-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-~{N}-[(3-butyl-2,5-diphenyl-imidazol-4-yl)methyl]methanamine × 2 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 3 OLA OLEIC ACID × 32 CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；295.65 K；100mM tri-sodium citrate pH 5.5, 200mM Na/K tartrate, 35-45% (v/v) polyethylene glycol 400
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.238 |
| 6C1Q Crystal structure of human C5a receptor in complex with an orthosteric antagonist PMX53 and an allosteric antagonist NDT9513727 提交 2018-01-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
30–331（302 aa）
片段：cytochrome (UNP residues 23-127) + C5a receptor (UNP residues 30-331)
|
突变：M29W, H124I, R128L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 9P2 1-(1,3-benzodioxol-5-yl)-~{N}-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-~{N}-[(3-butyl-2,5-diphenyl-imidazol-4-yl)methyl]methanamine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.5；283 K；25-35% PEG300, 100 mM MES, pH 6.5, 80-150 mM sodium malonate, 0.5% P400, 5 uM NDT, 5 uM PMX53
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.286 |
| 6C1R Crystal structure of human C5a receptor in complex with an orthosteric antagonist PMX53 and an allosteric antagonist avacopan 提交 2018-01-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
30–331（302 aa）
片段：cytochrome (UNP residues 23-127) + C5a receptor (UNP residues 30-331)
|
突变：M29W, H124I, R128L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EFD avacopan × 1 MLI MALONATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 OLA OLEIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.5；283 K；25-32% PEG300, 100 mM MES, pH6.5, 90-120 mM sodium malonate, 1% P400, 5 uM avacopan, 5 uM PMX53
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.224 |
| 7Y64 Cryo-EM structure of C5a-bound C5aR1 in complex with Gi protein 提交 2022-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–330（330 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7Y65 Cryo-EM structure of C5a peptide-bound C5aR1 in complex with Gi protein 提交 2022-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–330（330 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7Y66 Cryo-EM structure of BM213-bound C5aR1 in complex with Gi protein 提交 2022-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–330（330 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7Y67 Cryo-EM structure of C089-bound C5aR1(I116A) mutant in complex with Gi protein 提交 2022-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–330（330 aa）
|
突变：I116A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8GO8 Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1 提交 2022-08-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 U
331–350（20 aa）
链 V
331–350（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.
|
分辨率 3.41 Å |
| 8HK5 C5aR1-Gi-C5a protein complex 提交 2022-11-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–350（350 aa）
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8I0N Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1 (Local refine) 提交 2023-01-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 U
334–342（9 aa）
链 V
334–342（9 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.
|
分辨率 3.26 Å |
| 8I0Z Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1 (Local refine) 提交 2023-01-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 G
331–350（20 aa）
链 U
331–350（20 aa）
链 V
331–350（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.
|
分辨率 4.33 Å |
| 8IA2 Structure of C5a bound human C5aR1 in complex with Go (Composite map) 提交 2023-02-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–350（349 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 8JZP Structure of mouse C5a-human C5aR1-Go complex 提交 2023-07-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–350（349 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 8JZZ Structure of human C5a-desArg bound human C5aR1 in complex with Go 提交 2023-07-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–350（349 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å |
| 9KUG Structure of EP67 bound to human C5aR1 in complex with Go 提交 2024-12-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–350（349 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 9UMR Structure of C5a-pep bound human C5aR1 in complex with Go 提交 2025-04-22 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
2–350（349 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 9UMX Structure of EP54 bound human C5aR1 in complex with Go 提交 2025-04-23 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–350（349 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |