当前蛋白身份：P24864
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1W98 The structural basis of CDK2 activation by cyclin E 提交 2004-10-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
片段：FRAGMENT DERIVED FROM ELASTASE CLEAVAGE, RESIDUES 96-378
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；PCDK2/CYCLIN E (6-8 MG/ML), 1 MM AMPPNP, 10-15% PEG3350, 0.2 M SODIUM CITRATE PH7.5, pH 7.50
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分辨率 2.15 Å R-free 0.246 |
| 5L2W The X-ray co-crystal structure of human CDK2/CyclinE and Dinaciclib. 提交 2016-08-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
81–363（283 aa）
片段：UNP residues 81-363
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未记录 | 1QK 3-[({3-ethyl-5-[(2S)-2-(2-hydroxyethyl)piperidin-1-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}amino)methyl]-1-hydroxypyridinium × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；PEG20K, 180mM Mg(HCO2)2, 0.1M MES pH 6.0
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分辨率 2.80 Å R-free 0.246 |
| 7KJS Crystal structure of CDK2/cyclin E in complex with PF-06873600 提交 2020-10-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
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未记录 | WG1 6-(difluoromethyl)-8-[(1R,2R)-2-hydroxy-2-methylcyclopentyl]-2-{[1-(methylsulfonyl)piperidin-4-yl]amino}pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294.15 K；0.1 M MES pH 6, .18 M magnesium formate, and 9.0 % (w/v) PEG 20000
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分辨率 2.19 Å R-free 0.278 |
| 7XQK The Crystal Structure of CDK3 and CyclinE1 Complex from Biortus. 提交 2022-05-07 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 11 GOL GLYCEROL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6M MgSO4, 0.1M MES pH6.5
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分辨率 2.25 Å R-free 0.202 |
| 8H4R The Crystal Structure of CDK3 and CyclinE1 Complex with Dinaciclib from Biortus 提交 2022-10-11 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
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未记录 | 1QK 3-[({3-ethyl-5-[(2S)-2-(2-hydroxyethyl)piperidin-1-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}amino)methyl]-1-hydroxypyridinium × 1 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6M MgSO4, 0.1M MES pH 6.60
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分辨率 2.75 Å R-free 0.223 |
| 8H6P Complex structure of CDK2/Cyclin E1 and a potent, selective macrocyclic inhibitor 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
103–373（271 aa）
片段：Residues 103-373
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未记录 | WZU (7S,10R)-11-oxa-2,4,5,13,17,23-hexaazatetracyclo[17.3.1.1~3,6~.1~7,10~]pentacosa-1(23),3(25),5,19,21-pentaene-12,18-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M sodium citrate pH 6.5, 10% PEG3350
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分辨率 2.44 Å R-free 0.292 |
| 8H6T Complex structure of CDK2/Cyclin E1 and a potent, selective small molecule inhibitor 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
102–373（272 aa）
片段：Residues 103-373
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未记录 | WZZ (1R,3S)-3-{3-[(pyridin-2-yl)amino]-1H-pyrazol-5-yl}cyclopentyl propan-2-ylcarbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M sodium citrate pH 6.5, 10% PEG3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.358 |
| 8VQ3 CDK2-CyclinE1 in complex with allosteric inhibitor I-198. 提交 2024-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
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未记录 | A1AC4 (8R)-N-[(2S,3R)-3-(cyclohexylmethoxy)-1-(morpholin-4-yl)-1-oxobutan-2-yl]-2-[(1S)-2,2-dimethylcyclopropane-1-carbonyl]-6-(1,3-thiazole-5-carbonyl)-2,6-diazaspiro[3.4]octane-8-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.21 M sodium citrate tribasic dihydrate, 19.09% PEG3350
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分辨率 1.84 Å R-free 0.217 |
| 8VQ4 CDK2-CyclinE1 in complex with allosteric inhibitor I-125A. 提交 2024-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
|
未记录 | A1AC5 (8R)-6-(1-benzyl-1H-pyrazole-4-carbonyl)-N-[(2S,3R)-3-(2-cyclohexylethoxy)-1-(methylamino)-1-oxobutan-2-yl]-2-[(1S)-2,2-dimethylcyclopropane-1-carbonyl]-2,6-diazaspiro[3.4]octane-8-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.21 M sodium citrate tribasic dihydrate, 19.5% PEG3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.219 |
| 9BJC Crystal structure of CDK2/Cyclin E1 in complex with XC208 提交 2024-04-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
片段：residues 96-378
|
未记录 | A1AQZ (5aS,6S,7S)-3,7-dihydroxy-6-methoxy-1,4,6,9-tetramethyl-6,7-dihydrodibenzo[b,f][1,4]oxazepine-8,11(5aH,10H)-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Tris pH 7.5,
3.6M NaCl
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分辨率 2.22 Å R-free 0.213 |
| 9D0V Crystal structure of CDK2/CyclinE1 in complex with Cpd 2 提交 2024-08-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A1A1H 6-chloro-8-cyclopentyl-2-[4-(ethanesulfonyl)-2-methylanilino]pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 3.0 M Sodium Chloride, 25% glycerol.
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分辨率 2.54 Å R-free 0.231 |
| 9D0W Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 提交 2024-08-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
96–378（283 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 A1A1I (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.95 Å |
| 9D0X Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 (local mask) 提交 2024-08-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
96–378（283 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 A1A1I (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.84 Å |
| 9GOP Crystal structure of CDK2-cyclin E1 bound by compound 30 提交 2024-09-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
|
未记录 | A1IOI 2-[(2~{S})-1-[9-ethyl-6-[(2-methyl-5-methylsulfonyl-pyrazol-3-yl)amino]purin-2-yl]-4,4-bis(fluoranyl)pyrrolidin-2-yl]propan-2-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8-15 % PEG3350, 0.2M Na3Cit pH 8.0
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分辨率 2.16 Å R-free 0.271 |
| 9GP3 Crystal structure of CDK2-cyclin E1 bound by compound 11 (AZD8421) 提交 2024-09-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
|
未记录 | A1IOP (3~{S})-~{N}-ethyl-3-[[9-ethyl-2-[[(2~{R},3~{S})-2-oxidanylpentan-3-yl]amino]purin-6-yl]amino]pyrrolidine-1-sulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8-15% PEG3350 / 0.2M Na3Cit pH8.0
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分辨率 2.45 Å R-free 0.273 |
| 9NYQ Crystal structure of CDK2/CyclinE1 in complex with Cpd 3 提交 2025-03-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–410（410 aa）
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未记录 | A1B7H 4-({4-[(1s,4s)-4-hydroxy-4-methylcyclohexyl]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl}amino)-N,3-dimethylbenzene-1-sulfonamide × 1 CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tri-Ammonium citrate, pH7.0,13% PEG3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.264 |
| 9NYR Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 24 提交 2025-03-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
96–378（283 aa）
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未记录 | A1B7G N-{(1R,4S)-4-[(4-{3-chloro-4-[(3R)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydropyridin-3-yl]phenyl}piperazin-1-yl)methyl]cyclohexyl}-4-({4-[(3S)-3-hydroxy-3-methylpiperidin-1-yl]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl}amino)-3-methylbenzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50mM HEPES, pH 7.5, 150mM NaCl, 2mM TCEP, 2 mM FFC8, protein = 13.4 mg/ml
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |
| 9OB2 CDK2/CyclinE bound to compound 11 with P-loop in the EE and CC conformations 提交 2025-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
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未记录 | A1CAE (1R,3R)-3-(3-{2-[4-(methanesulfonyl)phenyl]acetamido}-1H-pyrazol-5-yl)cyclopentyl (1-methylcyclopropyl)carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.115 M Sodium Citrate, 15% PEG 3350
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分辨率 2.12 Å R-free 0.254 |
| 9OB3 CDK2/CyclinE bound to compound 16 with P-loop in the EE conformation 提交 2025-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
|
未记录 | A1CAH (1R,3R)-3-{3-[(pyrazine-2-carbonyl)amino]-1H-pyrazol-5-yl}cyclopentyl [(1S)-1-cyclopropylethyl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.115 M Sodium Citrate, 15% PEG 3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.244 |
| 9OB4 CDK2/CyclinE bound to compound 19 with P-loop in the EE and EC conformations 提交 2025-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
|
未记录 | A1CAF (1R,3R)-3-{3-[(cyclohexanecarbonyl)amino]-1H-pyrazol-5-yl}cyclopentyl [(1S)-1-cyclopropylethyl]carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；P24864
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.251 |
| 9OB5 CDK2/CyclinE bound to compound 20 with P-loop in the EE and CC conformations 提交 2025-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
|
未记录 | A1CAG (1R,3R)-3-{3-[3-(pyridin-3-yl)propanamido]-1H-pyrazol-5-yl}cyclopentyl (1-methylcyclopropyl)carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.115 M Sodium Citrate, 15% PEG 3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 9OB6 CDK2/CyclinE bound to compound 21 with P-loop in the EE and CC conformations 提交 2025-04-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
96–378（283 aa）
|
未记录 | A1CAI (1R,3R)-3-{3-[2-(4-methoxyphenyl)acetamido]-1H-pyrazol-5-yl}cyclopentyl propan-2-ylcarbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.115 M Sodium Citrate, 15% PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.256 |