当前蛋白身份：P25559
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5MSM Structure of the Dcc1-Ctf8-Ctf18C Trimer 提交 2017-01-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–380（380 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris Propane pH 6.3, 0.2M NaBr and 17% PEG 3,350
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.260 |
| 5MSM Structure of the Dcc1-Ctf8-Ctf18C Trimer 提交 2017-01-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–380（380 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris Propane pH 6.3, 0.2M NaBr and 17% PEG 3,350
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.260 |
| 5MSN Structure of the Dcc1 Protein 提交 2017-01-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
90–380（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M potassium sodium tartrate and 18% PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.230 |
| 5MSN Structure of the Dcc1 Protein 提交 2017-01-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
90–380（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M potassium sodium tartrate and 18% PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.230 |
| 5MSN Structure of the Dcc1 Protein 提交 2017-01-05 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
90–380（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M potassium sodium tartrate and 18% PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.230 |
| 5MSN Structure of the Dcc1 Protein 提交 2017-01-05 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
90–380（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M potassium sodium tartrate and 18% PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.230 |
| 5OKC Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC 提交 2017-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–380（380 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NO3 NITRATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；16% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M potassium nitrate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.260 |
| 5OKC Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC 提交 2017-07-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–380（380 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NO3 NITRATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；16% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M potassium nitrate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.260 |
| 5OKI Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC in complex with a 63 kDa fragment of DNA Polymerase epsilon 提交 2017-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
1–380（380 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 10000, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium chloride
|
分辨率 4.50 Å R-free 0.312 |
| 5OKI Crystal structure of the Ctf18-1-8 module from Ctf18-RFC in complex with a 63 kDa fragment of DNA Polymerase epsilon 提交 2017-07-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–380（380 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 10000, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium chloride
|
分辨率 4.50 Å R-free 0.312 |
| 6S1C P3221 crystal form of the Ctf18-1-8/Pol2(1-528) complex 提交 2019-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–380（380 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaCl, 14% PEG 20000, 0.1 M HEPES pH 7.0
|
分辨率 6.10 Å R-free 0.333 |
| 6S1C P3221 crystal form of the Ctf18-1-8/Pol2(1-528) complex 提交 2019-06-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
1–380（380 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaCl, 14% PEG 20000, 0.1 M HEPES pH 7.0
|
分辨率 6.10 Å R-free 0.333 |
| 6S2E Cryo-EM structure of Ctf18-1-8 in complex with the catalytic domain of DNA polymerase epsilon 提交 2019-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–380（380 aa）
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未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6S2F Cryo-EM structure of Ctf18-1-8 in complex with the catalytic domain of DNA polymerase epsilon (Class 2) 提交 2019-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–380（380 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 5.80 Å |
| 8TW9 Cryo-EM structure of S. cerevisiae PolE-Ctf18-8-1-DNA 提交 2023-08-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–380（380 aa）
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未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.60 Å |
| 8TWA Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-PolE-DNA complex 提交 2023-08-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–380（380 aa）
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未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |