当前蛋白身份：P26358
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3EPZ Structure of the replication foci-targeting sequence of human DNA cytosine methyltransferase DNMT1 提交 2008-09-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
351–600（250 aa）
片段：REPLICATION FOCI-TARGETING SEQUENCE
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；298 K；23 % PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.0,0.2 M SODIUM ACETATE, 0.005 M TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.00
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.264 |
| 3EPZ Structure of the replication foci-targeting sequence of human DNA cytosine methyltransferase DNMT1 提交 2008-09-30 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
351–600（250 aa）
片段：REPLICATION FOCI-TARGETING SEQUENCE
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；298 K；23 % PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.0,0.2 M SODIUM ACETATE, 0.005 M TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.00
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.264 |
| 3PTA Crystal structure of human DNMT1(646-1600) in complex with DNA 提交 2010-12-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
646–1600（955 aa）
片段：UNP residues 646-1600
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未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；6% PEG 20,000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.291 |
| 3SWR Structure of human DNMT1 (601-1600) in complex with Sinefungin 提交 2011-07-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
601–1600（1000 aa）
片段：sequence database residues 601-1600
|
未记录 | SFG SINEFUNGIN × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 25 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.8；289 K；5% PEG 4000, 5 mM MgSO4, 50 mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.272 |
| 4WXX The crystal structure of human DNMT1(351-1600) 提交 2014-11-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
15–1264（1250 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；45% PEG200, 50 mM CaCl2, 0.1 mM MES
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.245 |
| 4WXX The crystal structure of human DNMT1(351-1600) 提交 2014-11-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
15–1264（1250 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；45% PEG200, 50 mM CaCl2, 0.1 mM MES
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.245 |
| 4YOC Crystal Structure of human DNMT1 and USP7/HAUSP complex 提交 2015-03-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
600–1600（1001 aa）
片段：UNP RESIDUES 600-1600
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；6-8% PEG 3350, 200 mM potassium acetate
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.258 |
| 4Z96 Crystal structure of DNMT1 in complex with USP7 提交 2015-04-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1097–1129（33 aa）
片段：UNP residues 1097-1129
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH5.5, 10% PEG6000, 15% glycerol
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.246 |
| 5WVO Crystal structure of DNMT1 RFTS domain in complex with K18/K23 mono-ubiquitylated histone H3 提交 2016-12-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
351–600（250 aa）
片段：RFTS domain, UNP residues 351-600
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；100mM Bis-Tris (pH 6.0), 200mM lithium sulfate monohydrate, 20% PEG 10000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.239 |
| 5YDR Structure of DNMT1 RFTS domain in complex with ubiquitin 提交 2017-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
351–599（249 aa）
片段：RFTS domain, UNP residues 351-599
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8；291 K；20mM Tris-HCl, 200mM sodium acetate, 25% PEG 4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 6L1F Crystal structure of PHF20L1 Tudor1 in complex with K142me1 DNMT1 提交 2019-09-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
140–145（6 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.230 |
| 6X9I Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA 提交 2020-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
393–1264（872 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.225 |
| 6X9J Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3830052 提交 2020-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
393–1264（872 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 X52 N-(4-{[(3,5-dicyano-4-ethyl-6-{methyl[2-(methylamino)ethyl]amino}pyridin-2-yl)sulfanyl]methyl}phenyl)-N-methylmethanesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.229 |
| 6X9K Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3685032A 提交 2020-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
393–1264（872 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 UXM (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]sulfanyl}-2-phenylacetamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.228 |
| 7SFC Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3735967A 提交 2021-10-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
393–1264（872 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 I67 N-{[4-({[3,5-dicyano-4-ethyl-6-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)pyridin-2-yl]sulfanyl}methyl)phenyl]methyl}glycinamide × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.208 |
| 7SFD Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3543105A 提交 2021-10-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
393–1264（872 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 IO5 (2S)-2-({3,5-dicyano-4-ethyl-6-[4-(2-hydroxyethyl)-1,4-diazepan-1-yl]pyridin-2-yl}sulfanyl)-2-phenylacetamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.216 |
| 7SFE Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3830334A 提交 2021-10-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
393–1264（872 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 96I (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]amino}-2-phenylacetamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.236 |
| 7SFF Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3852279B 提交 2021-10-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
393–1264（872 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 C79 (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]sulfanyl}-2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.217 |
| 7SFG Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Cofactor SAM 提交 2021-10-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
393–1264（872 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.223 |
| 7XI9 Cryo-EM structure of human DNMT1 (aa:351-1616) in complex with ubiquitinated H3 and hemimethylated DNA analog (CXXC-ordered form) 提交 2022-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
351–1616（1266 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging
|
分辨率 2.52 Å |
| 7XIB Cryo-EM structure of human DNMT1 (aa:351-1616) in complex with ubiquitinated H3 and hemimethylated DNA analog (CXXC-disordered form) 提交 2022-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
351–1616（1266 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging
|
分辨率 2.23 Å |
| 8V9U Solution NMR structure of human DNMT1 N-terminal alpha-helical domain 提交 2023-12-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
16–93（78 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 5 % pentaethylene glycol monododecyl ether (C12E5), 95 % n-hexanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8XQC Cryo-EM structure of human DNMT1 (aa:351-1616) in complex with ubiquitinated PAF15 and hemimethylated DNA analog 提交 2024-01-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
351–1616（1266 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 9K2W Cryo-EM structure of USP7:DNMT1 complex; closed conformation 提交 2024-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
351–1616（1266 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 9K2X Cryo-EM structure of USP7:DNMT1 complex; open conformation 提交 2024-10-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
351–1616（1266 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 9V36 Human DNMT1 (aa 698-1616) bound to hemimethylated dsDNA and Inhibitor DMI26 提交 2025-05-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
698–1616（919 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 A1EQT (2~{R})-2-[3,5-dicyano-1-[2-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-4-ethyl-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl]sulfanyl-2-phenyl-ethanamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 9V5P Human DNMT1 (aa 698-1616) in complex with hemimethylated dsDNA and inhibitor DMT207 提交 2025-05-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
698–1616（919 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 A1EQ2 (2~{R})-2-[3,5-dicyano-1-[2-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-4-ethyl-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl]sulfanyl-2-(4-methoxyphenyl)ethanamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |