当前蛋白身份：P28501
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AE8 HUMAN ALPHA-THROMBIN INHIBITION BY EOC-D-PHE-PRO-AZALYS-ONP 提交 1997-03-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 AZL 1-ETHOXYCARBONYL-D-PHE-PRO-2(4-AMINOBUTYL)HYDRAZINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；277 K；PEG 4000 15%, PH 7.0, 5X10-3 M AZALYS-DERIVATIVE, 277 K.
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分辨率 2.00 Å |
| 1AFE HUMAN ALPHA-THROMBIN INHIBITION BY CBZ-PRO-AZALYS-ONP 提交 1997-03-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ALZ 2-[N'-(4-AMINO-BUTYL)-HYDRAZINOCARBONYL]-PYRROLIDINE-1-CARBOXYLIC ACID BENZYL ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；PEG 4000 15%, PH 7.0, 5X10-3 M AZALYS COMPOUND
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分辨率 2.00 Å |
| 1AHT CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN AND P-AMIDINOPHENYLPYRUVATE AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | APA (2S)-3-(4-carbamimidoylphenyl)-2-hydroxypropanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.60 Å |
| 1AI8 HUMAN ALPHA-THROMBIN TERNARY COMPLEX WITH THE EXOSITE INHIBITOR HIRUGEN AND ACTIVE SITE INHIBITOR PHCH2OCO-D-DPA-PRO-BOROMPG 提交 1997-05-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | T42 MORPHOLINO-DIPHENYLALANINE-METHOXYPROPYLBORONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.2；277 K；PROTEIN COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 8000 0.05 SODIUM PHOSPHATE, PH 7.2, TEMPERATURE 277 K.
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分辨率 1.85 Å R-free 0.240 |
| 1AWF NOVEL COVALENT THROMBIN INHIBITOR FROM PLANT EXTRACT 提交 1997-10-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GR4 R3-ACETOXY-17-(1-FORMYL-5-METHYL-3-OXO-HEX-4-ENYL)-12,16-DIHYDROXY-14-HYDROXYMETHYL-4,10,13-TRIMETHYL-2,3,4,5,6,9,10,11,12,13,14,15,16,17-TETRADECAHYDRO-1H-CYCLOPENTA[A]PHENANTHRENE-4-CARBOXYLIC ACID IDOPYRANOSYL ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 22% PEG4K, 200MM NACL. THE SOLUTION CONTAINED 25%DMSO. PROTEIN CONCENTRATION OF 5MG/ML.
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分辨率 2.20 Å |
| 1D3D CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA THROMBIN IN COMPLEX WITH BENZOTHIOPHENE INHIBITOR 4 提交 1999-09-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
54–65（12 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BZT 3-(3-BROMO-4-PYRROLIDIN-1-YLMETHYL-BENZYL)-2-[4-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-PHENYL]-BENZO[B]THIOPHEN-6-OL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；30% PEG 3400, 100MM SODIUM CITRATE, 200 MM AMMONIUM ACETATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.04 Å R-free 0.223 |
| 1D3P CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN APLHA-THROMBIN IN COMPLEX WITH BENZO[B]THIOPHENE INHIBITOR 3 提交 1999-09-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
54–65（12 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BT3 3-[4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-BENZYL]-2-4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-PHENYL] -BENZO[B]THIOPHEN-6-OL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；30% PEG3400; 100mM sodium citrate; 200 mM ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.10 Å R-free 0.214 |
| 1D3Q CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA THROMBIN IN COMPLEX WITH BENZO[B]THIOPHENE INHIBITOR 2 提交 1999-09-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
54–65（12 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BT2 3-[4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-BENZYL]-2-4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-PHENYL] -BENZO[B]THIOPHENE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；30% PEG3400; 100 mM sodium citrate; 200 mM ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.90 Å R-free 0.228 |
| 1D3T CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA THROMBIN IN COMPLEX WITH BENZO[B]THIOPHENE INHIBITOR 1 提交 1999-09-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
54–65（12 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BT1 {2-[4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-PHENYL]-BENZO[B]THIOPHEN-3-YL}-[4-(2-PYRROLIDIN-1-YL-ETHOXY)-PHENYL]-METHANONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；30% PEG 3400; 100 mM sodium citrate; 200 mM ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 3.00 Å R-free 0.235 |
| 1D4P CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA THROMBIN IN COMPLEX WITH 5-AMIDINOINDOLE-4-BENZYLPIPERIDINE INHIBITOR 提交 1999-10-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
54–65（12 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 BPP 2-(4-benzylpiperidine-1-carbonyl)-1H-indole-5-carboximidamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；30% PEG 4000, 150 mM sodium citrate, 200 mM ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
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分辨率 2.07 Å R-free 0.231 |
| 1NO9 Design of weakly basic thrombin inhibitors incorporating novel P1 binding functions: molecular and X-ray crystallographic studies. 提交 2003-01-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–65（11 aa）
片段：Chain I
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 4ND N4-(N,N-DIPHENYLCARBAMOYL)-AMINOGUANIDINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 4000, Sodium Chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 1.90 Å R-free 0.204 |
| 1QHR NOVEL COVALENT ACTIVE SITE THROMBIN INHIBITORS 提交 1999-05-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 157 6-(2-HYDROXY-CYCLOPENTYL)-7-OXO-HEPTANAMIDINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 22% PEG4K, 200MM NACL. PROTEIN CONCENTRATION OF 5MG/ML.
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分辨率 2.20 Å |
| 1QJ1 Novel Covalent Active Site Thrombin Inhibitors 提交 1999-06-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
片段：PEPTIDE FRAGMENT OF HIRUDIN
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 166 6-CARBAMIMIDOYL-2-[2-HYDROXY-6-(4-HYDROXY-PHENYL)-INDAN-1-YL]-HEXANOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 22% PEG4K, 200MM NACL. PROTEIN CONCENTRATION OF 5MG/ML.
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分辨率 2.00 Å |
| 1QJ6 Novel Covalent Active Site Thrombin Inhibitors 提交 1999-06-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
片段：PEPTIDE FRAGMENT OF HIRUDIN
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 167 6-CARBAMIMIDOYL-2-[2-HYDROXY-5-(3-METHOXY-PHENYL)-INDAN-1-YL]-HEXANOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 22% PEG4K, 200MM NACL. PROTEIN CONCENTRATION OF 5MG/ML.
|
分辨率 2.20 Å |
| 1QJ7 Novel Covalent Active Site Thrombin Inhibitors 提交 1999-06-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
片段：PEPTIDE FRAGMENT OF HIRUDIN
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GR1 6-CARBAMIMIDOYL-2-[5-(3-DIETHYLCARBAMOYL-PHENYL)-2-HYDROXY-INDAN-1-YL]-HEXANOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 22% PEG4K, 200MM NACL. PROTEIN CONCENTRATION OF 5MG/ML.
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分辨率 2.20 Å |
| 1UMA ALPHA-THROMBIN (HIRUGEN) COMPLEXED WITH NA-(N,N-DIMETHYLCARBAMOYL)-ALPHA-AZALYSINE 提交 1996-03-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
55–64（10 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 IN2 N,N-DIMETHYLCARBAMOYL-ALPHA-AZALYSINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å |
| 2UUF Thrombin-hirugen binary complex at 1.26A resolution 提交 2007-03-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
55–64（10 aa）
片段：RESIDUES 55-64
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 28% PEG4K, 500MM NACL.
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分辨率 1.26 Å R-free 0.194 |
| 2UUJ Thrombin-hirugen-gw473178 ternary complex at 1.32A resolution 提交 2007-03-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
55–64（10 aa）
片段：RESIDUES 55-64
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 896 N-ETHYL-N-ISOPROPYL-3-METHYL-5-{[(2S)-2-(PYRIDIN-4-YLAMINO)PROPYL]OXY}BENZAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 28% PEG4K, 500MM NACL.
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分辨率 1.32 Å R-free 0.211 |
| 2UUK Thrombin-hirugen-gw420128 ternary complex at 1.39A resolution 提交 2007-03-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
55–64（10 aa）
片段：RESIDUES 55-64
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 897 N-[3-(TERT-BUTYLAMINO)-3-OXOPROPYL]-N-ISOPROPYL-3-METHYL-5-{[(2S)-2-(PYRIDIN-4-YLAMINO)PROPYL]OXY}BENZAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: CRYSTALS WERE GROWN BY MACROSEEDING A SOLUTION OF 100MM HEPES PH 7.0, 28% PEG4K,500MM NACL.
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分辨率 1.39 Å R-free 0.173 |