当前蛋白身份：P29590
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BOR TRANSCRIPTION FACTOR PML, A PROTO-ONCOPROTEIN, NMR, 1 REPRESENTATIVE STRUCTURE AT PH 7.5, 30 C, IN THE PRESENCE OF ZINC 提交 1995-09-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
49–104（56 aa）
片段：RING FINGER DOMAIN, RESIDUES 49 - 104
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；303 K
|
分辨率未提供 |
| 2MVW Solution structure of the TRIM19 B-box1 (B1) of human promyelocytic leukemia (PML) 提交 2014-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
120–168（49 aa）
片段：UNP residues 120-168
链 B
120–168（49 aa）
片段：UNP residues 120-168
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 0.5 mM PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MWX The RING Domain of human Promyelocytic Leukemia Protein (PML) 提交 2014-12-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
49–104（56 aa）
片段：RING Domain, UNP residues 49-104
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1-1, 25 mM [U-98% 2H] TRIS-2, 100 mM sodium chloride-3, 0.2 mM TCEP-4, 1 mM zinc chloride-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] _protein1-6, 25 mM [U-98% 2H] TRIS-7, 100 mM sodium chloride-8, 0.2 mM TCEP-9, 1 mM zinc chloride-10, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4WJN Crystal structure of SUMO1 in complex with phosphorylated PML 提交 2014-10-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
547–573（27 aa）
片段：PML, unp residues 547-573
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM sodium cacodylate, 16% PEG3350, 10mM calcium chloride
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.192 |
| 4WJO Crystal Structure of SUMO1 in complex with PML 提交 2014-10-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
547–573（27 aa）
片段：PML, unp residues 547-573
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM sodium cacodylate pH6.5, 16% PEG3350, 10mM calcium chloride
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.184 |
| 5YUF Crystal Structure of PML RING tetramer 提交 2017-11-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
49–99（51 aa）
链 B
49–99（51 aa）
链 C
49–99（51 aa）
链 D
49–99（51 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonium Sulfate
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.217 |
| 6IMQ Crystal structure of PML B1-box multimers 提交 2018-10-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
120–168（49 aa）
片段：UNP residues 12-=168
链 B
120–168（49 aa）
片段：UNP residues 12-=168
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG6K
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.227 |
| 6IMQ Crystal structure of PML B1-box multimers 提交 2018-10-23 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
120–168（49 aa）
片段：UNP residues 12-=168
链 D
120–168（49 aa）
片段：UNP residues 12-=168
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG6K
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.227 |
| 6UYO Crystal structure of K37-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
547–574（28 aa）
|
突变：E574Y | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.196 |
| 6UYO Crystal structure of K37-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
547–574（28 aa）
|
突变：E574Y | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.196 |
| 6UYP Crystal structure of K39-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
547–574（28 aa）
|
突变：E574Y | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.172 |
| 6UYQ Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
547–574（28 aa）
|
突变：E574Y | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.175 |
| 6UYR Crystal structure of K46-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
547–574（28 aa）
|
突变：E574Y | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.173 |
| 6UYT Crystal structure of K39-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
547–574（28 aa）
|
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.200 |
| 6UYU Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
547–574（28 aa）
|
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.186 |
| 6UYU Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
547–574（28 aa）
|
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.186 |
| 6UYV Crystal structure of K46-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
547–574（28 aa）
|
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.179 |
| 8DJI Ternary complex of SUMO1 with the SIM of PML and zinc 提交 2022-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
547–574（28 aa）
片段：SIM
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未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM HEPES pH 7.0, 19 to 31 % (w/v) PEG 3350, and 1-5 mM zinc chloride
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.258 |
| 8J25 Crystal structure of PML B-box2 mutant 提交 2023-04-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
183–236（54 aa）
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突变：C213A,A216V | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；22% PEG 3350
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分辨率 2.60 Å R-free 0.248 |
| 8J2P Crystal structure of PML B-box2 提交 2023-04-15 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
183–236（54 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 3350
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分辨率 2.09 Å R-free 0.235 |
| 8J2P Crystal structure of PML B-box2 提交 2023-04-15 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
183–236（54 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 3350
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.235 |
| 8YTC PML-RBCC dimer 提交 2024-03-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
46–256（211 aa）
链 B
46–256（211 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |