当前蛋白身份：P32325
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3OQ0 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3OQ0 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 J
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3OQ0 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3OQ0 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3OQ0 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3OQ0 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3OQ0 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3OQ0 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3OQ0 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 H
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3OQ0 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 I
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；29% PEG 400, 0.05 M MgCl2, 0.1 M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3OQ4 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；277 K；22% MPD (v/v) and 100 mM Na/K phosphate buffer pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.229 |
| 3OQ4 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；277 K；22% MPD (v/v) and 100 mM Na/K phosphate buffer pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.229 |
| 3OQ4 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；277 K；22% MPD (v/v) and 100 mM Na/K phosphate buffer pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.229 |
| 3OQ4 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；277 K；22% MPD (v/v) and 100 mM Na/K phosphate buffer pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.229 |
| 3OQ4 Crystal Structure of motif N of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2010-09-02 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
120–250（131 aa）
片段：residues 120-250
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；277 K；22% MPD (v/v) and 100 mM Na/K phosphate buffer pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.229 |
| 3QBZ Crystal structure of the Rad53-recognition domain of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2011-01-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
66–221（156 aa）
片段：residues 66-221, HBRCT domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.9 M ammonium sulfate
50 mM sodium cacodylate
15 mM CYMAL-7, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.273 |
| 3QBZ Crystal structure of the Rad53-recognition domain of Saccharomyces cerevisiae Dbf4 提交 2011-01-14 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
66–221（156 aa）
片段：residues 66-221, HBRCT domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.9 M ammonium sulfate
50 mM sodium cacodylate
15 mM CYMAL-7, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.273 |
| 5T2F Structure of the FHA1 domain of Rad53 bound to the BRCT domain of Dbf4 提交 2016-08-23 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
105–220（116 aa）
片段：UNP P32325 residues 105-220 linked to UNP P22216 residues 22-161 via LINKER residues: VDSGASGGS
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5
12% PEG 4000 (v/v)
250 mM MgCl2
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.237 |
| 5T2F Structure of the FHA1 domain of Rad53 bound to the BRCT domain of Dbf4 提交 2016-08-23 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
105–220（116 aa）
片段：UNP P32325 residues 105-220 linked to UNP P22216 residues 22-161 via LINKER residues: VDSGASGGS
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5
12% PEG 4000 (v/v)
250 mM MgCl2
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.237 |
| 5T2F Structure of the FHA1 domain of Rad53 bound to the BRCT domain of Dbf4 提交 2016-08-23 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
105–220（116 aa）
片段：UNP P32325 residues 105-220 linked to UNP P22216 residues 22-161 via LINKER residues: VDSGASGGS
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5
12% PEG 4000 (v/v)
250 mM MgCl2
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.237 |
| 5T2F Structure of the FHA1 domain of Rad53 bound to the BRCT domain of Dbf4 提交 2016-08-23 | Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
105–220（116 aa）
片段：UNP P32325 residues 105-220 linked to UNP P22216 residues 22-161 via LINKER residues: VDSGASGGS
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM sodium cacodylate pH 6.5
12% PEG 4000 (v/v)
250 mM MgCl2
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.237 |
| 5T2S Structure of the FHA1 domain of Rad53 bound simultaneously to the BRCT domain of Dbf4 and a phosphopeptide. 提交 2016-08-24 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
105–220（116 aa）
片段：UNP P32325 residues 105-220 linked to UNP P22216 residues 22-162 via LINKER residues VDGS
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；100 mM TRIS pH 8.5
12.5 % PEG 3350 (v/v)
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.229 |
| 5T2S Structure of the FHA1 domain of Rad53 bound simultaneously to the BRCT domain of Dbf4 and a phosphopeptide. 提交 2016-08-24 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
105–220（116 aa）
片段：UNP P32325 residues 105-220 linked to UNP P22216 residues 22-162 via LINKER residues VDGS
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；100 mM TRIS pH 8.5
12.5 % PEG 3350 (v/v)
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.229 |
| 5T2S Structure of the FHA1 domain of Rad53 bound simultaneously to the BRCT domain of Dbf4 and a phosphopeptide. 提交 2016-08-24 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
105–220（116 aa）
片段：UNP P32325 residues 105-220 linked to UNP P22216 residues 22-162 via LINKER residues VDGS
链 C
105–220（116 aa）
片段：UNP P32325 residues 105-220 linked to UNP P22216 residues 22-162 via LINKER residues VDGS
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；100 mM TRIS pH 8.5
12.5 % PEG 3350 (v/v)
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.229 |
| 6MF6 Crystal structure of budding yeast Cdc5 polo-box domain in complex with the Dbf4 polo-interacting region. 提交 2018-09-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
76–96（21 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium potassium tartrate, 10 mM trimethylamine hydrochloride, 20 % PEG 3350.
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.283 |
| 6MF6 Crystal structure of budding yeast Cdc5 polo-box domain in complex with the Dbf4 polo-interacting region. 提交 2018-09-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
76–96（21 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium potassium tartrate, 10 mM trimethylamine hydrochloride, 20 % PEG 3350.
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.283 |
| 7P5Z Structure of a DNA-loaded MCM double hexamer engaged with the Dbf4-dependent kinase 提交 2021-07-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–704（704 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 10 ZN ZINC ION × 11 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 seconds before plunging
|
分辨率 3.30 Å |
| 7PT6 Structure of MCM2-7 DH complexed with Cdc7-Dbf4 in the presence of ATPgS, state III 提交 2021-09-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 9
1–704（704 aa）
链 I
1–704（704 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 12 MG MAGNESIUM ION × 14 ZN ZINC ION × 14 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5 seconds and blot force +2
|
分辨率 3.20 Å |
| 7PT7 Structure of MCM2-7 DH complexed with Cdc7-Dbf4 in the presence of ADP:BeF3, state I 提交 2021-09-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 9
1–704（704 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 13 MG MAGNESIUM ION × 14 ZN ZINC ION × 12 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5 seconds and blot force +2
|
分辨率 3.80 Å |
| 7V3V Cryo-EM structure of MCM double hexamer bound with DDK in State I 提交 2021-08-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 I
1–704（704 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 11 MG MAGNESIUM ION × 12 ZN ZINC ION × 11 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |