当前蛋白身份：P38806
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2MUM Solution structure of the PHD domain of Yeast YNG2 提交 2014-09-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
222–271（50 aa）
片段：PHD-type domain residues 222-271
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 300 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 2 mM potassium phosphate, 10 mM sodium phosphate, 0.05 mM CHAPS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 5J9Q Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 H
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
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分辨率 3.25 Å R-free 0.273 |
| 5J9Q Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.273 |
| 5J9Q Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 K
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.273 |
| 5J9T Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；100mM HEPES (pH 7.5), 6% 1,6-Hexanediol, 7% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 10mM DTT.
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分辨率 2.70 Å R-free 0.219 |
| 5J9T Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；100mM HEPES (pH 7.5), 6% 1,6-Hexanediol, 7% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 10mM DTT.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.219 |
| 5J9T Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；100mM HEPES (pH 7.5), 6% 1,6-Hexanediol, 7% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 10mM DTT.
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分辨率 2.70 Å R-free 0.219 |
| 5J9U Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
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分辨率 2.95 Å R-free 0.246 |
| 5J9U Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.246 |
| 5J9U Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 K
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.246 |
| 5J9W Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
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未记录 | ACO ACETYL COENZYME *A × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 9% PEG 20000, 8% glycerol, 7% 2-Propanol, 10% 1,6-Hexanediol, 10 mM DTT
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分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 5J9W Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 9% PEG 20000, 8% glycerol, 7% 2-Propanol, 10% 1,6-Hexanediol, 10 mM DTT
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 5J9W Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
1–120（120 aa）
片段：UNP residues 1-120
|
未记录 | ACO ACETYL COENZYME *A × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 9% PEG 20000, 8% glycerol, 7% 2-Propanol, 10% 1,6-Hexanediol, 10 mM DTT
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 7VVU NuA4 HAT module bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–282（282 aa）
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未记录 | CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
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分辨率 3.40 Å |
| 7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–282（282 aa）
|
未记录 | CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
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分辨率 8.80 Å |