当前蛋白身份：P39060
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BNL ZINC DEPENDENT DIMERS OBSERVED IN CRYSTALS OF HUMAN ENDOSTATIN 提交 1998-07-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1334–1511（178 aa）
片段：ENDOSTATIN, 20-KDA COLLAGEN XVIII C-TERMINAL GLOBULAR DOMAIN
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；pH 8.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 1BNL ZINC DEPENDENT DIMERS OBSERVED IN CRYSTALS OF HUMAN ENDOSTATIN 提交 1998-07-30 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1334–1511（178 aa）
片段：ENDOSTATIN, 20-KDA COLLAGEN XVIII C-TERMINAL GLOBULAR DOMAIN
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；pH 8.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 1BNL ZINC DEPENDENT DIMERS OBSERVED IN CRYSTALS OF HUMAN ENDOSTATIN 提交 1998-07-30 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1334–1511（178 aa）
片段：ENDOSTATIN, 20-KDA COLLAGEN XVIII C-TERMINAL GLOBULAR DOMAIN
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；pH 8.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 1BNL ZINC DEPENDENT DIMERS OBSERVED IN CRYSTALS OF HUMAN ENDOSTATIN 提交 1998-07-30 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1334–1511（178 aa）
片段：ENDOSTATIN, 20-KDA COLLAGEN XVIII C-TERMINAL GLOBULAR DOMAIN
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；pH 8.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.275 |
| 3HON Crystal Structure of Human Collagen XVIII Trimerization Domain (cubic form) 提交 2009-06-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
|
突变：A1441G | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.25M MgCl2, 0.1M BisTris, 18-22% (w/v) PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.288 |
| 3HSH Crystal structure of human collagen XVIII trimerization domain (Tetragonal crystal form) 提交 2009-06-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
链 B
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
链 C
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
|
突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G | SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；298 K；1.65M ammonium sulfate, 0.1M citric acid, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.224 |
| 3HSH Crystal structure of human collagen XVIII trimerization domain (Tetragonal crystal form) 提交 2009-06-10 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
链 E
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
链 F
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
|
突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；298 K；1.65M ammonium sulfate, 0.1M citric acid, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.224 |
| 3HSH Crystal structure of human collagen XVIII trimerization domain (Tetragonal crystal form) 提交 2009-06-10 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
链 B
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
链 C
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
链 D
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
链 E
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
链 F
1441–1496（56 aa）
片段：UNP residues 1441-1496
|
突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G | SO4 SULFATE ION × 52 GOL GLYCEROL × 36 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；298 K；1.65M ammonium sulfate, 0.1M citric acid, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.224 |
| 9BNB Collagen XVIII trimerization domain with introduced inter-chain disulfide bond, G(-1)C-L5C 提交 2024-05-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1440–1496（57 aa）
链 B
1440–1496（57 aa）
链 C
1440–1496（57 aa）
|
突变：;A(-1)C, L5C (authors' numbering) ; 突变：;A(-1)C, L5C (authors' numbering) ; 突变：;A(-1)C, L5C (authors' numbering) ; | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris HCl, pH 6.5,
25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.233 |
| 9BNC Collagen XVIII trimerization domain with introduced inter-chain disulfide bond, E31C-V37C 提交 2024-05-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1440–1496（57 aa）
片段：trimerization domain
链 B
1440–1496（57 aa）
片段：trimerization domain
链 C
1440–1496（57 aa）
片段：trimerization domain
|
突变：E31C, V37C 突变：E31C, V37C 突变：E31C, V37C | SO4 SULFATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Lithium Sulfate,
0.1 M Tris HCl, pH 8.5,
25% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.196 |
| 9BND SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T0A trimeric antagonist 提交 2024-05-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1442–1496（55 aa）
片段：residues 1442-1496 (Uniprot numbering),Peptidase M2 domain
链 C
1442–1496（55 aa）
片段：residues 1442-1496 (Uniprot numbering),Peptidase M2 domain
链 E
1442–1496（55 aa）
片段：residues 1442-1496 (Uniprot numbering),Peptidase M2 domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1x PBS
137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.19 Å |
| 9BNE SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T3A trimeric antagonist 提交 2024-05-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1442–1496（55 aa）
链 C
1442–1496（55 aa）
链 E
1442–1496（55 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1x PBS
137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 9BNF SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T5A trimeric antagonist 提交 2024-05-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1442–1497（56 aa）
链 C
1442–1497（56 aa）
链 E
1442–1497（56 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1x PBS:
137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 9BNG SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T18A trimeric antagonist 提交 2024-05-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1442–1497（56 aa）
链 C
1442–1497（56 aa）
链 E
1442–1497（56 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；1x PBS
137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |