当前蛋白身份：P39730
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3WBI Crystal structure analysis of eukaryotic translation initiation factor 5B structure I 提交 2013-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
401–1002（602 aa）
片段：UNP residues 401-1002
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M Tri-Sodium Citrate, 19% PEG 3350, HEPES pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.268 |
| 3WBJ Crystal structure analysis of eukaryotic translation initiation factor 5B structure II 提交 2013-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
401–855（455 aa）
片段：UNP residues 401-855
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.1M Tris-HCl pH 8.0, 40% PEG 400, 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.256 |
| 3WBK crystal structure analysis of eukaryotic translation initiation factor 5B and 1A complex 提交 2013-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
401–1002（602 aa）
片段：UNP residues 401-1002
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；100mM Tris-HCl pH 8.2, 12.5%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.317 |
| 3WBK crystal structure analysis of eukaryotic translation initiation factor 5B and 1A complex 提交 2013-05-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
401–1002（602 aa）
片段：UNP residues 401-1002
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；100mM Tris-HCl pH 8.2, 12.5%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.317 |
| 4N3S Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (399-852) from Saccharomyces cerevisiae, apo form 提交 2013-10-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
399–852（454 aa）
片段：unp residues 399-852
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；5 % PEG 3350 and 20 mM MgCl2., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.194 |
| 4N3S Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (399-852) from Saccharomyces cerevisiae, apo form 提交 2013-10-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
399–852（454 aa）
片段：unp residues 399-852
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；5 % PEG 3350 and 20 mM MgCl2., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.194 |
| 4NCF Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (399-852) from Saccharomyces cerevisiae in complex with GDP 提交 2013-10-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
399–852（454 aa）
片段：unp residues 399-852
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；8 % PEG 8000
0.37 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.281 |
| 4NCF Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (399-852) from Saccharomyces cerevisiae in complex with GDP 提交 2013-10-24 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
399–852（454 aa）
片段：unp residues 399-852
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；8 % PEG 8000
0.37 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.281 |
| 4V8Y Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex 提交 2013-07-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 CP
401–739（339 aa）
片段：DOMAIN 1 AND 2, RESIDUES 401-739
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 191 OHX osmium (III) hexammine × 197 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT；pH 7.2；3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 4.30 Å |
| 4V8Z Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex 提交 2013-07-20 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 CV
401–739（339 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 226 OHX osmium (III) hexammine × 210 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT；pH 7.2；3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 6.60 Å |
| 6WOO CryoEM structure of yeast 80S ribosome with Met-tRNAiMet, eIF5B, and GDP 提交 2020-04-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 1
401–1000（600 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U6A N-carboxy-L-threonine × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |