当前蛋白身份：P41595
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4IB4 Crystal structure of the chimeric protein of 5-HT2B-BRIL in complex with ergotamine 提交 2012-12-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–248（213 aa）
链 A
314–405（92 aa）
|
突变：M144W, M29W, H124I, R128L 突变：M144W, M29W, H124I, R128L | ERM Ergotamine × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 OLB (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3 OLA OLEIC ACID × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Lipid Cubic Phase (LCP)；pH 8；293 K；100 mM Tris/HCl pH 8.0, 100 mM magnesium sulfate and 30% (v/v) PEG400, Lipid Cubic Phase (LCP) , temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.266 |
| 4NC3 Crystal structure of the 5-HT2B receptor solved using serial femtosecond crystallography in lipidic cubic phase. 提交 2013-10-23 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–248（213 aa）
片段：BRIL
链 A
314–405（92 aa）
片段：BRIL
|
突变：M7W 突变：M7W | PLM PALMITIC ACID × 1 ERM Ergotamine × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 OLA OLEIC ACID × 3 DGA DIACYL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Lipidic Cubic Phase (LCP)；pH 8；293 K；100mM Tris/HCl pH8.0, 20-80mM MgCl2 and 30% (v/v) PEG400 , Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.270 |
| 5TUD Structural Insights into the Extracellular Recognition of the Human Serotonin 2B Receptor by an Antibody 提交 2016-11-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
36–248（213 aa）
片段：UNP P41595 residues 36-248 and 314-405 linked by UNP P0ABE7 residues 23-128
链 A
314–405（92 aa）
片段：UNP P41595 residues 36-248 and 314-405 linked by UNP P0ABE7 residues 23-128
|
突变：M144W, M1007W, H1102I, R1106L 突变：M144W, M1007W, H1102I, R1106L | ERM Ergotamine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.7；293 K；Tris/HCL pH 7.7, 60 mM Sodium/Potassium Tartrate, 25% PEG400.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.247 |
| 5TUD Structural Insights into the Extracellular Recognition of the Human Serotonin 2B Receptor by an Antibody 提交 2016-11-05 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
36–248（213 aa）
片段：UNP P41595 residues 36-248 and 314-405 linked by UNP P0ABE7 residues 23-128
链 D
314–405（92 aa）
片段：UNP P41595 residues 36-248 and 314-405 linked by UNP P0ABE7 residues 23-128
|
突变：M144W, M1007W, H1102I, R1106L 突变：M144W, M1007W, H1102I, R1106L | ERM Ergotamine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.7；293 K；Tris/HCL pH 7.7, 60 mM Sodium/Potassium Tartrate, 25% PEG400.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.247 |
| 5TVN Crystal structure of the LSD-bound 5-HT2B receptor 提交 2016-11-09 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–248（208 aa）
链 A
313–400（88 aa）
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突变：M144W, M1007W, H1102I, R1106L 突变：M144W, M1007W, H1102I, R1106L | 7LD (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM Tris/HCl pH 7.5-8.0, 90-130 mM potassium phosphate monobasic, 28-30% PEG400
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.263 |
| 6DRX Structural Determinants of Activation and Biased Agonism at the 5-HT2B Receptor 提交 2018-06-13 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–248（213 aa）
链 A
314–404（91 aa）
|
未记录 | H8G N,N-diethyl-N'-[(8alpha)-6-methyl-9,10-didehydroergolin-8-yl]urea × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM Tris/HCl pH 7.4-7.7, 30-50 mM
Ammonium tartrate dibasic, 30% v/v PEG400
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.286 |
| 6DRY Structural Determinants of Activation and Biased Agonism at the 5-HT2B Receptor 提交 2018-06-13 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–248（213 aa）
链 A
313–404（92 aa）
|
未记录 | H8D (8beta)-N-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 OLA OLEIC ACID × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM Tris/HCl pH 7.2-8.0, 170-190 mM Potassium phosphate monobasic, 30% v/v PEG400
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.272 |
| 6DRZ Structural Determinants of Activation and Biased Agonism at the 5-HT2B Receptor 提交 2018-06-13 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–248（213 aa）
链 A
313–404（92 aa）
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 1 OLA OLEIC ACID × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 H8J (8alpha)-N-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-1,6-dimethyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM Tris/HCl pH 7.3-7.5, 40-100 mM MgCl2, 30% v/v PEG400
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.263 |
| 6DS0 Structural Determinants of Activation and Biased Agonism at the 5-HT2B Receptor 提交 2018-06-13 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–248（213 aa）
链 A
314–404（91 aa）
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 H8M (1S)-1-[(2-chloro-3,4-dimethoxyphenyl)methyl]-6-methyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-beta-carboline × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM Tris/HCl pH 8.0, 100 mM Sodium Formate, 30% v/v PEG400
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.264 |
| 7SRQ 5-HT2B receptor bound to LSD obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM) 提交 2021-11-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 R
36–405（370 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 7LD (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.70 Å |
| 7SRR 5-HT2B receptor bound to LSD in complex with heterotrimeric mini-Gq protein obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM) 提交 2021-11-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
36–405（370 aa）
|
未记录 | 7LD (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.90 Å |
| 9JGK cryo-EM structure of 5-Hydroxytryptamine 2B Receptor in complex with balovaptan 提交 2024-09-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–241（206 aa）
链 A
318–405（88 aa）
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未记录 | A1EB7 Balovaptan × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |