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Protein Structures and Oligomeric States

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Current Protein Identity：P42166 New Search
10PDB entries
10Biological assembly
66chain/assembly records
Main Difference Dimensions in This Set
Different construct Different mutation/modification Different assembly state Different ligand/ion Different experimental method Different experimental conditions Different structure-quality metrics

Difference tags compare only the current result set; every original PDB and assembly record remains separate.

Related-Structure Differences

Each row represents one biological assembly in one PDB entry; multiple monomers of the same protein are listed separately.

PDB Entry Assembly / Oligomeric State Construct Mutations and Modifications Ligands, Ions and Non-polymers Experimental Method Experimental Conditions Structure Quality
1GJJ N-TERMINAL CONSTANT REGION OF THE NUCLEAR ENVELOPE PROTEIN LAP2 Deposited 2001-06-25 Assembly 1 Protein monomer Monomer；Protein × 1 PDB declaration: monomeric（1） Consistent with protein count
Chain A 1–168（168 aa） Fragment：N-TERMINAL CONSTANT REGION (RESIDUES 1-168)
Not recorded No recorded non-water small molecule SOLUTION NMR
NMR measurement conditions pH 7.2；308 K；Ionic strength (raw mmCIF value) 50 mM SODIUM PHOSPHATE
Resolution not provided
1H9F LEM DOMAIN OF HUMAN INNER NUCLEAR MEMBRANE PROTEIN LAP2 Deposited 2001-03-09 Assembly 1 Protein monomer Monomer；Protein × 1 PDB declaration: monomeric（1） Consistent with protein count
Chain A 103–159（57 aa） Fragment：LEM DOMAIN (103-159)
Not recorded No recorded non-water small molecule SOLUTION NMR
NMR measurement conditions pH 6.3；298 K；Ionic strength (raw mmCIF value) 20；Pressure 1
Resolution not provided
8FN7 Structure of WT HIV-1 intasome bound to Dolutegravir Deposited 2022-12-27 Assembly 1 Insufficient information Homooligomer；Protein × 8 PDB declaration: dodecameric（12） Consistent with all polymers
Chain A 50–100（51 aa）
Chain B 50–100（51 aa）
Chain C 50–100（51 aa）
Chain D 50–100（51 aa）
Chain G 50–100（51 aa）
Chain H 50–100（51 aa）
Chain I 50–100（51 aa）
Chain J 50–100（51 aa）
Not recorded MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 2.80 Å
8FND Structure of E138K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound Deposited 2022-12-27 Assembly 1 Insufficient information Homooligomer；Protein × 8 PDB declaration: dodecameric（12） Consistent with all polymers
Chain A 50–100（51 aa）
Chain B 50–100（51 aa）
Chain C 50–100（51 aa）
Chain D 50–100（51 aa）
Chain G 50–100（51 aa）
Chain H 50–100（51 aa）
Chain I 50–100（51 aa）
Chain J 50–100（51 aa）
Mutation：E138K Mutation：E138K Mutation：E138K Mutation：E138K Mutation：E138K Mutation：E138K Mutation：E138K Mutation：E138K MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.00 Å
8FNG Structure of G140A HIV-1 intasome with Dolutegravir bound Deposited 2022-12-27 Assembly 1 Insufficient information Homooligomer；Protein × 8 PDB declaration: dodecameric（12） Consistent with all polymers
Chain A 50–100（51 aa）
Chain B 50–100（51 aa）
Chain C 50–100（51 aa）
Chain D 50–100（51 aa）
Chain G 50–100（51 aa）
Chain H 50–100（51 aa）
Chain I 50–100（51 aa）
Chain J 50–100（51 aa）
Mutation：G140A Mutation：G140A Mutation：G140A Mutation：G140A Mutation：G140A Mutation：G140A Mutation：G140A Mutation：G140A MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 2.20 Å
8FNH Structure of Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound Deposited 2022-12-27 Assembly 1 Insufficient information Homooligomer；Protein × 8 PDB declaration: dodecameric（12） Consistent with all polymers
Chain A 50–100（51 aa）
Chain B 50–100（51 aa）
Chain C 50–100（51 aa）
Chain D 50–100（51 aa）
Chain G 50–100（51 aa）
Chain H 50–100（51 aa）
Chain I 50–100（51 aa）
Chain J 50–100（51 aa）
Mutation：Q148K Mutation：Q148K Mutation：Q148K Mutation：Q148K Mutation：Q148K Mutation：Q148K Mutation：Q148K Mutation：Q148K MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 2.50 Å
8FNL Structure of E138K/Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound Deposited 2022-12-27 Assembly 1 Insufficient information Homooligomer；Protein × 8 PDB declaration: dodecameric（12） Consistent with all polymers
Chain A 50–100（51 aa）
Chain B 50–100（51 aa）
Chain C 50–100（51 aa）
Chain D 50–100（51 aa）
Chain G 50–100（51 aa）
Chain H 50–100（51 aa）
Chain I 50–100（51 aa）
Chain J 50–100（51 aa）
Mutation：E138K,Q148K Mutation：E138K,Q148K Mutation：E138K,Q148K Mutation：E138K,Q148K Mutation：E138K,Q148K Mutation：E138K,Q148K Mutation：E138K,Q148K Mutation：E138K,Q148K MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 2.80 Å
8FNN Structure of E138K/G140A/Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound Deposited 2022-12-27 Assembly 1 Insufficient information Homooligomer；Protein × 8 PDB declaration: dodecameric（12） Consistent with all polymers
Chain A 50–100（51 aa）
Chain B 50–100（51 aa）
Chain C 50–100（51 aa）
Chain D 50–100（51 aa）
Chain G 50–100（51 aa）
Chain H 50–100（51 aa）
Chain I 50–100（51 aa）
Chain J 50–100（51 aa）
Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 2.70 Å
8FNP Structure of E138K/G140S/Q148H HIV-1 intasome with Dolutegravir bound Deposited 2022-12-28 Assembly 1 Insufficient information Homooligomer；Protein × 8 PDB declaration: dodecameric（12） Consistent with all polymers
Chain A 50–100（51 aa）
Chain B 50–100（51 aa）
Chain C 50–100（51 aa）
Chain D 50–100（51 aa）
Chain G 50–100（51 aa）
Chain H 50–100（51 aa）
Chain I 50–100（51 aa）
Chain J 50–100（51 aa）
Mutation：E138K,G140S,Q148H Mutation：E138K,G140S,Q148H Mutation：E138K,G140S,Q148H Mutation：E138K,G140S,Q148H Mutation：E138K,G140S,Q148H Mutation：E138K,G140S,Q148H Mutation：E138K,G140S,Q148H Mutation：E138K,G140S,Q148H MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 2.20 Å
8FNQ Structure of E138K/G140A/Q148K HIV-1 intasome with 4d bound Deposited 2022-12-28 Assembly 1 Insufficient information Homooligomer；Protein × 8 PDB declaration: dodecameric（12） Consistent with all polymers
Chain A 50–100（51 aa）
Chain B 50–100（51 aa）
Chain C 50–100（51 aa）
Chain D 50–100（51 aa）
Chain G 50–100（51 aa）
Chain H 50–100（51 aa）
Chain I 50–100（51 aa）
Chain J 50–100（51 aa）
Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K Mutation：E138K,G140A,Q148K OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 2.80 Å

This page presents structural evidence recorded in PDB/mmCIF.“No recorded non-water small molecule” does not prove that the experimental sample was ligand-free; experimental conditions belong to the PDB experiment, while ligands and copy counts are shown for each biological assembly.