当前蛋白身份：P42285
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6C90 Human Mtr4 helicase in complex with ZCCHC8-CTD 提交 2018-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
71–600（530 aa）
链 A
842–1042（201 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 MLI MALONATE ION × 4 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M sodium-potassium (L)-tartrate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.221 |
| 6D6Q Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction 提交 2018-04-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–1042（1042 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
|
分辨率 3.45 Å |
| 6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–1042（1042 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
|
分辨率 3.45 Å |
| 6IEG Crystal structure of human MTR4 提交 2018-09-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
71–1042（972 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；15 mM Tricine pH 8.5, 12% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 3.55 Å R-free 0.305 |
| 6IEG Crystal structure of human MTR4 提交 2018-09-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
71–1042（972 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；15 mM Tricine pH 8.5, 12% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 3.55 Å R-free 0.305 |
| 6IEH Crystal structures of the hMTR4-NRDE2 complex 提交 2018-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
71–1042（972 aa）
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未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；50 mM Glycine pH 9.0, 100 mM NaCl, 33% (w/v) polyethylene glycol 300 (PEG 300)
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.252 |
| 6RO1 X-ray crystal structure of the MTR4 NVL complex 提交 2019-05-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
70–1042（973 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris/HCl pH 8.0, 1.8M Ammonium Sulphate
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.257 |
| 7S7B Human Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to RNA (substrate 1) 提交 2021-09-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1042（1042 aa）
链 E
1–1042（1042 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
|
分辨率 4.06 Å |
| 7S7C Human Nuclear Exosome Targeting (NEXT) complex bound to RNA (substrate 2) 提交 2021-09-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–1042（1042 aa）
链 E
1–1042（1042 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
|
分辨率 3.62 Å |
| 7Z4Y Human NEXT dimer - overall reconstruction of the core complex 提交 2022-03-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–1042（1042 aa）
链 D
1–1042（1042 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
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分辨率 4.50 Å |
| 7Z4Z Human NEXT dimer - focused reconstruction of the dimerization module 提交 2022-03-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–1042（1042 aa）
链 D
1–1042（1042 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
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分辨率 4.00 Å |
| 7Z52 Human NEXT dimer - focused reconstruction of the single MTR4 提交 2022-03-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–1042（1042 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.40 Å |