当前蛋白身份：P45973
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3FDT Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 5 (CBX5) with H3K9(me)3 peptide 提交 2008-11-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
18–75（58 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；35% PEG 400, 0.2M Na Cl, 0.1M Tris (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.257 |
| 3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
110–173（64 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 2.48 Å R-free 0.303 |
| 3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
110–173（64 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.303 |
| 3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
110–173（64 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.303 |
| 3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
110–173（64 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 2.48 Å R-free 0.303 |
| 8UXQ Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome 提交 2023-11-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–191（190 aa）
链 C
2–191（190 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 6.30 Å |
| 9CDW Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2024-06-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
111–174（64 aa）
链 C
111–174（64 aa）
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未记录 | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 9CDW Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2024-06-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
111–174（64 aa）
链 D
111–174（64 aa）
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未记录 | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 9CEA Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain 提交 2024-06-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
113–175（63 aa）
链 B
113–175（63 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M sodium chloride and 20% w/v PEG6000
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分辨率 2.15 Å R-free 0.277 |
| 9CEA Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain 提交 2024-06-26 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
113–175（63 aa）
链 D
113–175（63 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M sodium chloride and 20% w/v PEG6000
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.277 |
| 9CMT The crystal structure of HP1alpha CSD-Agno complex 提交 2024-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
112–176（65 aa）
链 B
112–176（65 aa）
链 D
112–176（65 aa）
链 E
112–176（65 aa）
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突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S | F6Z 3',6'-DIHYDROXY-3-OXO-3H-SPIRO[2-BENZOFURAN-1,9'-XANTHENE]-5-CARBOXYLIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1 uL protein solution (about 10 mg/ml) and 1 uL reservoir solution containing 0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 20% PEG2000MME (v/v)
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分辨率 3.17 Å R-free 0.286 |