当前蛋白身份：P46100
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2JM1 Structures and chemical shift assignments for the ADD domain of the ATRX protein 提交 2006-09-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
159–296（138 aa）
片段：ADD domain, residues 159-296
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.5；压力 ambient
NMR样品组成
0.7 mM [U-15N] ADD domain 156-296, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 93% H2O, 7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
0.35 mM [U-13C; U-15N] ADD domain 156-296, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 93% H2O, 7% D2O | 93% H2O/7% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LBM Solution structure of the ADD domain of ATRX complexed with histone tail H3 1-15 K9me3 提交 2011-04-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
159–296（138 aa）
片段：UNP residues 159-296
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成
200 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] ATRX ADD domain-1, 200 uM H3 tail 1-15 K9me3-2, 50 mM [U-99% 2H] TRIS-3, 200 mM sodium chloride-4, 150 uM zinc sulfate-5, 1 mM [U-99% 2H] DTT-6, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
200 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] ATRX ADD domain-7, 200 uM H3 tail 1-15 K9me3-8, 50 mM [U-99% 2H] TRIS-9, 200 mM sodium chloride-10, 150 uM zinc sulfate-11, 1 mM [U-99% 2H] DTT-12, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LD1 Structures and chemical shift assignments for the ADD domain of the ATRX protein 提交 2011-05-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
159–296（138 aa）
片段：ADD DOMAIN, RESIDUES 159-296
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.5；压力 ambient
NMR样品组成
0.6-0.8 mM [U-15N] ADD_domain_163-296, 20 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.3-0.4 mM [U-13C; U-15N] ADD_domain_163-296, 20 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 100 uM zinc chloride, 0.5 M sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 3QL9 Monoclinic complex structure of ATRX ADD bound to histone H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
167–289（123 aa）
片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289
|
突变：K251R, F284Y | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2 M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 0.93 Å R-free 0.131 |
| 3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
167–289（123 aa）
片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289
|
突变：K251R, F284Y | ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.179 |
| 3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
167–289（123 aa）
片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289
|
突变：K251R, F284Y | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.179 |
| 3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
167–289（123 aa）
片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289
|
突变：K251R, F284Y | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.241 |
| 3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
167–289（123 aa）
片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289
|
突变：K251R, F284Y | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.241 |
| 3QLN Crystal structure of ATRX ADD domain in free state 提交 2011-02-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
167–289（123 aa）
片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289
|
突变：K251R, F284Y | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25% (v/v) PEG 4000, 100mM HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.158 |
| 3QLN Crystal structure of ATRX ADD domain in free state 提交 2011-02-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
167–289（123 aa）
片段：N-terminal ADD domain, UNP residues 167-289
|
突变：K251R, F284Y | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25% (v/v) PEG 4000, 100mM HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.158 |
| 4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
167–289（123 aa）
片段：UNP residues 167-289
|
突变：K251R, F284Y | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
167–289（123 aa）
片段：UNP residues 167-289
|
突变：K251R, F284Y | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
167–289（123 aa）
片段：UNP residues 167-289
|
突变：K251R, F284Y | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 5GRQ Crystal Structure of DHB domain of Daxx in complex with an ATRX peptide 提交 2016-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1256–1285（30 aa）
片段：DID domain, UNP residues 1256-1285
链 D
1256–1285（30 aa）
片段：DID domain, UNP residues 1256-1285
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 4 ZN ZINC ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；100mM MES 6.0, 100mM zinc acetate, 13% ethanol
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.179 |
| 5Y18 Crystal structure of DAXX helical bundle domain in complex with ATRX 提交 2017-07-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1268–1289（22 aa）
片段：UNP residues 1268-1289
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M sodium citrate, pH6.5, 0.2M ammonium acetate, 30% PEG4000
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分辨率 2.20 Å R-free 0.219 |
| 5Y6O Crystal structure of DAXX N-terminal four-helix bundle domain (4HB) in complex with ATRX 提交 2017-08-13 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1265–1288（24 aa）
片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288
链 B
1265–1288（24 aa）
片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288
链 C
1265–1288（24 aa）
片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor.
All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.297 |
| 5Y6O Crystal structure of DAXX N-terminal four-helix bundle domain (4HB) in complex with ATRX 提交 2017-08-13 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1265–1288（24 aa）
片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288
链 E
1265–1288（24 aa）
片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288
链 F
1265–1288（24 aa）
片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor.
All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.
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分辨率 3.10 Å R-free 0.297 |
| 5Y6O Crystal structure of DAXX N-terminal four-helix bundle domain (4HB) in complex with ATRX 提交 2017-08-13 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1265–1288（24 aa）
片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288
链 H
1265–1288（24 aa）
片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288
链 I
1265–1288（24 aa）
片段：UNP residues 50-144,UNP residues 1265-1288
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；The DAXX 4HB_ATRX DBM fusion protein at 26 mg/ml was crystallized under conditions of 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.8, 1.2 M Ammonium Sulfate and 3% 1, 5- Diaminopentane Dihydrochloride, using sitting-drop vapor-diffusion method at 293K. In this process, o.5 uL of protein was mixed with 0.5 uL of mother liquor.
All the crystals were soaked in a cryoprotectant made from mother liquor supplemented with 25% glycerol before flash freezing in liquid nitrogen.
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分辨率 3.10 Å R-free 0.297 |
| 6G0O Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated ATRX peptide (K1030ac/K1033ac) 提交 2018-03-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1027–1037（11 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20.0 % PEG 6K
10.0 % EtGly
0.1 M HEPES pH 7.0
0.2 M LiCl
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.166 |