当前蛋白身份：P49427
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2OB4 Human Ubiquitin-Conjugating Enzyme CDC34 提交 2006-12-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
7–184（178 aa）
片段：Catalytic Domain: Residues 7-184
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；The protein was dissolved at 42 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 5% glycerol and 2 mM DTT. Crystals were grown in hanging drops by mixing 2 microL protein solution with 2 microL well solution (28% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 1 mM DTT and 7.5 mM glycyl-glycyl-glycine) at 21 deg C. For cryoprotection, the crystals were soaked in the well solution supplemented with 25% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.40 Å R-free 0.284 |
| 3RZ3 Human Cdc34 E2 in complex with CC0651 inhibitor 提交 2011-05-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
7–184（178 aa）
片段：unp residues 7-184
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未记录 | U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.5M NaH2PO4, 1.6M K2HPO4, 0.1 M Imidazole, 0.2 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.30 Å R-free 0.258 |
| 3RZ3 Human Cdc34 E2 in complex with CC0651 inhibitor 提交 2011-05-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
7–184（178 aa）
片段：unp residues 7-184
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未记录 | U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.5M NaH2PO4, 1.6M K2HPO4, 0.1 M Imidazole, 0.2 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.258 |
| 3RZ3 Human Cdc34 E2 in complex with CC0651 inhibitor 提交 2011-05-11 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
7–184（178 aa）
片段：unp residues 7-184
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未记录 | U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.5M NaH2PO4, 1.6M K2HPO4, 0.1 M Imidazole, 0.2 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.30 Å R-free 0.258 |
| 3RZ3 Human Cdc34 E2 in complex with CC0651 inhibitor 提交 2011-05-11 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
7–184（178 aa）
片段：unp residues 7-184
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未记录 | U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.5M NaH2PO4, 1.6M K2HPO4, 0.1 M Imidazole, 0.2 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.258 |
| 4MDK Cdc34-ubiquitin-CC0651 complex 提交 2013-08-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
7–184（178 aa）
片段：E2 domain (UNP residues 7-184)
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未记录 | U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.61 Å R-free 0.259 |
| 4MDK Cdc34-ubiquitin-CC0651 complex 提交 2013-08-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
7–184（178 aa）
片段：E2 domain (UNP residues 7-184)
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未记录 | U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.259 |
| 4MDK Cdc34-ubiquitin-CC0651 complex 提交 2013-08-22 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
7–184（178 aa）
片段：E2 domain (UNP residues 7-184)
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未记录 | U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.259 |
| 4MDK Cdc34-ubiquitin-CC0651 complex 提交 2013-08-22 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
7–184（178 aa）
片段：E2 domain (UNP residues 7-184)
|
未记录 | U94 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.259 |
| 7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
7–184（178 aa）
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未记录 | GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0
29% PEG3350
40 mM DL-Malic acid
5 mM DTT
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分辨率 2.47 Å R-free 0.276 |
| 7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
7–184（178 aa）
|
未记录 | GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0
29% PEG3350
40 mM DL-Malic acid
5 mM DTT
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.276 |
| 7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
7–184（178 aa）
|
未记录 | GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0
29% PEG3350
40 mM DL-Malic acid
5 mM DTT
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.276 |
| 7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
7–184（178 aa）
|
未记录 | GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0
29% PEG3350
40 mM DL-Malic acid
5 mM DTT
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.276 |
| 8RX0 (NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub 提交 2024-02-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 G
1–236（236 aa）
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未记录 | 759 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.70 Å |