当前蛋白身份：P49790
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2EBQ Solution structure of the second zf-RanBP domain from human Nuclear pore complex protein Nup153 提交 2007-02-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
722–761（40 aa）
片段：zf-RanBP domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.21 mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02%NaN3; 50uM ZnCl2+1mM IDA; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2EBR Solution structure of the fourth zf-RanBP domain from human Nuclear pore complex protein Nup153 提交 2007-02-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
851–890（40 aa）
片段：zf-RanBP domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.16 mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02%NaN3; 50uM ZnCl2+1mM IDA; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2EBV Solution structure of the third zf-RanBP domain from human Nuclear pore complex protein Nup153 提交 2007-02-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
773–822（50 aa）
片段：zf-RanBP domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.07mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02%NaN3; 50uM ZnCl2+1mM IDA, 90%H2O, 10%D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2GQE Molecular characterization of the Ran binding zinc finger domain 提交 2006-04-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
722–750（29 aa）
片段：second zinc finger, residues 722-750
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70mM, 20mM Tris, 50mM NaCl；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.3 mM hZnF2 U-15N, 13C, 20mM D-Tris, pH 7.0, 50mM NaCl, 1mM D-BME, 10 micromolr ZnCl2, 90%H2O, 10%D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4U0C Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P6 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；290 K；30% v/v PEG 400, 0.1 M CHES
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.211 |
| 4U0D Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 M
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
链 O
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
链 P
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.267 |
| 4U0D Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 N
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
链 Q
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
链 R
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.267 |
| 5TSV HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - R3 crystal form 提交 2016-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 D
1365–1387（23 aa）
|
未记录 | FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.2
12% PEG 8000
2% Tacsimate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.251 |
| 5TSX HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - P1 crystal form 提交 2016-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 M
1365–1387（23 aa）
链 P
1365–1387（23 aa）
链 R
1365–1387（23 aa）
|
未记录 | FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 9
12% PEG 8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 5TSX HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - P1 crystal form 提交 2016-10-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 N
1365–1387（23 aa）
链 O
1365–1387（23 aa）
链 T
1365–1387（23 aa）
|
未记录 | FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 9
12% PEG 8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 6AYA Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Nup153 peptide 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
1407–1423（17 aa）
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 8CKY HIV-1 mature capsid hexamer from CA-IP6 CLPs, bound to Nup153 peptide 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8CL0 HIV-1 mature capsid hexamer next to pentamer (type I) from CA-IP6 CLPs bound to Nup153 peptide. 提交 2023-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 G
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
链 H
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
链 I
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
链 J
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
链 K
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
链 L
1407–1423（17 aa）
片段：UNP residues 1407-1423
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 9CNU HIV-2 CA hexamer bound with Nup153 peptide; assembled with liposome templating 提交 2024-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
1411–1425（15 aa）
链 B
1464–1475（12 aa）
|
突变：Delta(1-1410) and Delta(1426-1463) 突变：Delta(1-1410) and Delta(1426-1463) | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；The mixed buffer of storage buffer for the protein and lipid components with IP6 supplemented.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were dual-side blotted with blot force 0 for 5.5 sec before plunge freezing in liquid ethane.
|
分辨率 2.99 Å |
| 9CNU HIV-2 CA hexamer bound with Nup153 peptide; assembled with liposome templating 提交 2024-07-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1411–1425（15 aa）
链 B
1464–1475（12 aa）
|
突变：Delta(1-1410) and Delta(1426-1463) 突变：Delta(1-1410) and Delta(1426-1463) | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；The mixed buffer of storage buffer for the protein and lipid components with IP6 supplemented.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were dual-side blotted with blot force 0 for 5.5 sec before plunge freezing in liquid ethane.
|
分辨率 2.99 Å |