当前蛋白身份：P50623
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2EKE Structure of a SUMO-binding-motif mimic bound to Smt3p-Ubc9p: conservation of a noncovalent Ubiquitin-like protein-E2 complex as a platform for selective interactions within a SUMO pathway 提交 2007-03-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–157（157 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；18% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 1.90 Å R-free 0.250 |
| 2EKE Structure of a SUMO-binding-motif mimic bound to Smt3p-Ubc9p: conservation of a noncovalent Ubiquitin-like protein-E2 complex as a platform for selective interactions within a SUMO pathway 提交 2007-03-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–157（157 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；18% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.250 |
| 2GJD Distinct functional domains of Ubc9 dictate cell survival and resistance to genotoxic stress 提交 2006-03-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–157（157 aa）
链 B
1–157（157 aa）
链 C
1–157（157 aa）
链 D
1–157（157 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；18% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.1M NaBr, 5mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 1.75 Å R-free 0.230 |
| 3ONG Crystal structure of UBA2ufd-Ubc9: insights into E1-E2 interactions in Sumo pathways 提交 2010-08-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–157（157 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.30 Å R-free 0.251 |
| 3ONG Crystal structure of UBA2ufd-Ubc9: insights into E1-E2 interactions in Sumo pathways 提交 2010-08-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–157（157 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.251 |
| 5JNE E2-SUMO-Siz1 E3-SUMO-PCNA complex 提交 2016-04-29 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–157（157 aa）
片段：unp residues 20-98
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突变：C5S, A129K, K153R | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 6LN ethane-1,2-dithiol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 5% PEG 10,000, 0.2 M NaCl, 10% glycerol, 3% dioxane
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分辨率 2.85 Å R-free 0.250 |
| 5JNE E2-SUMO-Siz1 E3-SUMO-PCNA complex 提交 2016-04-29 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
1–157（157 aa）
片段：unp residues 20-98
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突变：C5S, A129K, K153R | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 6LN ethane-1,2-dithiol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 5% PEG 10,000, 0.2 M NaCl, 10% glycerol, 3% dioxane
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分辨率 2.85 Å R-free 0.250 |
| 6Q83 Crystal structure of the biportin Pdr6 in complex with UBC9 提交 2018-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2–157（156 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；Sodium cacodylate, magnesium chloride, ethanol
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分辨率 4.53 Å R-free 0.271 |
| 7P47 Structure of the E3 ligase Smc5/Nse2 in complex with Ubc9-SUMO thioester mimetic 提交 2021-07-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–157（157 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；311 K；12% PEG8000, 0.2M dimethyl-2-hydroxyethylammoniumpropane sulfonate (NDSB 211), 8% ethylene glycol, 0.1M MES pH 6.5
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分辨率 3.31 Å R-free 0.293 |