当前蛋白身份：P53667
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3S95 Crystal structure of the human LIMK1 kinase domain in complex with staurosporine 提交 2011-05-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
330–637（308 aa）
片段：kinase domain (residue 330-637)
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未记录 | STU STAUROSPORINE × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293.15 K；24% MPD, 0.1M Tris pH 7.2, 10mM Phenol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.181 |
| 3S95 Crystal structure of the human LIMK1 kinase domain in complex with staurosporine 提交 2011-05-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
330–637（308 aa）
片段：kinase domain (residue 330-637)
|
未记录 | STU STAUROSPORINE × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293.15 K；24% MPD, 0.1M Tris pH 7.2, 10mM Phenol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.181 |
| 5HVJ Crystal structure of LIMK1 D460N mutant in complex with AMP-PNP 提交 2016-01-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
329–638（310 aa）
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突变：D460N | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；18-24% PEG 3350, 0.2 M potassium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.252 |
| 5HVJ Crystal structure of LIMK1 D460N mutant in complex with AMP-PNP 提交 2016-01-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
329–638（310 aa）
|
突变：D460N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；18-24% PEG 3350, 0.2 M potassium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.252 |
| 5HVK Crystal structure of LIMK1 mutant D460N in complex with full-length cofilin-1 提交 2016-01-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
329–638（310 aa）
片段：UNP residues 329-638
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突变：D460N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；1.2-1.4 M tri-Sodium citrate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5.
4 crystals used.
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.310 |
| 5HVK Crystal structure of LIMK1 mutant D460N in complex with full-length cofilin-1 提交 2016-01-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
329–638（310 aa）
片段：UNP residues 329-638
|
突变：D460N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；1.2-1.4 M tri-Sodium citrate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5.
4 crystals used.
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.310 |
| 5L6W Structure Of the LIMK1-ATPgammaS-CFL1 Complex 提交 2016-05-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
330–637（308 aa）
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未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；35% pentaerythritol propoxylate 5/4, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M potassium chloride
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分辨率 2.53 Å R-free 0.284 |
| 5NXC LIM Domain Kinase 1 (LIMK1) In Complex With PF-00477736 提交 2017-05-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
330–637（308 aa）
片段：UNP residues 330-637
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未记录 | 9DB (2~{R})-2-azanyl-2-cyclohexyl-~{N}-[2-(1-methylpyrazol-4-yl)-9-oxidanylidene-3,10,11-triazatricyclo[6.4.1.0^{4,13}]trideca-1,4,6,8(13),11-pentaen-6-yl]ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES pH 7.0
0.2 M MgCl2
10% PEG8K
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分辨率 2.25 Å R-free 0.298 |
| 6WLY PAK4 kinase domain in complex with LIMK1 Thr508 substrate peptide 提交 2020-04-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
503–512（10 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M Tris-HCl, 2M Na acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, 2mM peptide
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分辨率 1.90 Å R-free 0.205 |
| 7ATS The LIMK1 Kinase Domain Bound To LIJTF500127 提交 2020-10-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
330–637（308 aa）
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未记录 | RXQ N-[3-[5-(4-Chlorophenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine-3-carbonyl]-2,4-difluorophenyl]benzenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350
0.1 M bis-tris-propane pH 7.5
0.2 M potassium thiocyanate
10% ethylene glycol
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分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 7ATU The LIMK1 Kinase Domain Bound To LIJTF500025 提交 2020-10-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomer（1） 与蛋白数一致 |
链 A
330–637（308 aa）
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未记录 | RXN (S)-2-benzyl-6-(8-chloro-5-methyl-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydrobenzo[b][1,4]oxazepin-3-yl)-7-oxo-4,5,6,7-tetrahydro-2H-pyrazolo[3,4-c]pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M citrate pH 5.9
0.2 M NaCl
8% jeffamine M-600
0.005 M iron chloride
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分辨率 2.80 Å R-free 0.316 |
| 7ATU The LIMK1 Kinase Domain Bound To LIJTF500025 提交 2020-10-30 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomer（1） 与蛋白数一致 |
链 B
330–637（308 aa）
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未记录 | RXN (S)-2-benzyl-6-(8-chloro-5-methyl-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydrobenzo[b][1,4]oxazepin-3-yl)-7-oxo-4,5,6,7-tetrahydro-2H-pyrazolo[3,4-c]pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M citrate pH 5.9
0.2 M NaCl
8% jeffamine M-600
0.005 M iron chloride
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.316 |
| 7ATU The LIMK1 Kinase Domain Bound To LIJTF500025 提交 2020-10-30 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomer（1） 与蛋白数一致 |
链 C
330–637（308 aa）
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未记录 | RXN (S)-2-benzyl-6-(8-chloro-5-methyl-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydrobenzo[b][1,4]oxazepin-3-yl)-7-oxo-4,5,6,7-tetrahydro-2H-pyrazolo[3,4-c]pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M citrate pH 5.9
0.2 M NaCl
8% jeffamine M-600
0.005 M iron chloride
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.316 |
| 7ATU The LIMK1 Kinase Domain Bound To LIJTF500025 提交 2020-10-30 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomer（1） 与蛋白数一致 |
链 D
330–637（308 aa）
|
未记录 | RXN (S)-2-benzyl-6-(8-chloro-5-methyl-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydrobenzo[b][1,4]oxazepin-3-yl)-7-oxo-4,5,6,7-tetrahydro-2H-pyrazolo[3,4-c]pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M citrate pH 5.9
0.2 M NaCl
8% jeffamine M-600
0.005 M iron chloride
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.316 |
| 7B8W Structure of LIMK1 Kinase domain with allosteric inhibitor TH-470 提交 2020-12-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
330–637（308 aa）
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未记录 | T3B 2-(2-methylpropanoylamino)-~{N}-[2-[(phenylmethyl)-[4-(phenylsulfamoyl)phenyl]carbonyl-amino]ethyl]-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M Ammonium Citrate dibasic, 20% w/v PEG 3350
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分辨率 2.80 Å R-free 0.286 |
| 7B8W Structure of LIMK1 Kinase domain with allosteric inhibitor TH-470 提交 2020-12-13 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
330–637（308 aa）
|
未记录 | T3B 2-(2-methylpropanoylamino)-~{N}-[2-[(phenylmethyl)-[4-(phenylsulfamoyl)phenyl]carbonyl-amino]ethyl]-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M Ammonium Citrate dibasic, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.286 |
| 7B8W Structure of LIMK1 Kinase domain with allosteric inhibitor TH-470 提交 2020-12-13 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
330–637（308 aa）
|
未记录 | T3B 2-(2-methylpropanoylamino)-~{N}-[2-[(phenylmethyl)-[4-(phenylsulfamoyl)phenyl]carbonyl-amino]ethyl]-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M Ammonium Citrate dibasic, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.286 |
| 7B8W Structure of LIMK1 Kinase domain with allosteric inhibitor TH-470 提交 2020-12-13 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
330–637（308 aa）
|
未记录 | T3B 2-(2-methylpropanoylamino)-~{N}-[2-[(phenylmethyl)-[4-(phenylsulfamoyl)phenyl]carbonyl-amino]ethyl]-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M Ammonium Citrate dibasic, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.286 |
| 8AAU LIM Domain Kinase 1 (LIMK1) bound to LIMKi3 提交 2022-07-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
330–637（308 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 LH0 ~{N}-[5-[2-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-5-[bis(fluoranyl)methyl]pyrazol-3-yl]-1,3-thiazol-2-yl]-2-methyl-propanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；0.1 M acetate pH 4.5, 0.2 M lithium sulfate, 12% PEG8K
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.240 |