当前蛋白身份:P54098 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

差异标签只比较当前检索结果;所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。

相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly;同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 A 70–1239(1170 aa) 片段:UNP residues 70-1239
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.24 Å R-free 0.303
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 D 70–1239(1170 aa) 片段:UNP residues 70-1239
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.24 Å R-free 0.303
4ZTU Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 30–1239(1210 aa) 片段:UNP residues 30-1239
突变:D198A, E200A MG MAGNESIUM ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;297 K;PEG8000, KCl, CaCl2
分辨率 3.30 Å R-free 0.316
4ZTZ Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 30–1239(1210 aa) 片段:UNP residues 30-1239
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;297 K;PEG8000, KCl, CaCl2
分辨率 3.44 Å R-free 0.320
5C51 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 25–1239(1215 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;300 K;PEG4000, KCl, HEPES
分辨率 3.43 Å R-free 0.345
5C52 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 25–1239(1215 aa)
未记录 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;300 K;PEG4000, KCl, HEPES
分辨率 3.64 Å R-free 0.314
5C53 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 25–1239(1215 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 4Y3 [[(2~{S},5~{R})-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3$l^{4}-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;300 K;PEG4000, KCl, HEPES
分辨率 3.57 Å R-free 0.338
8D33 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GC basepair 提交 2022-05-31 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.46 Å
8D37 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in replication conformer 提交 2022-05-31 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
8D3R Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in intermediate conformer 提交 2022-06-01 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
未记录 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8D42 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in editing conformer (composite) 提交 2022-06-01 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 3 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
8G5I Cryo-EM structure of the Mismatch Sensing Complex (I) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9;10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
8G5J Cryo-EM structure of the Mismatch Uncoupling Complex (II) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9;10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
8G5K Cryo-EM structure of the Wedge Alignment Complex (VIII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9;10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8G5L Cryo-EM structure of the Primer Separation Complex (IX) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9;10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8G5M Cryo-EM structure of the Mismatch Locking Complex (III) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
突变:D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9;10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
8G5N Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (VI) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
突变:D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9;10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.73 Å
8G5O Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (IV) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
突变:D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9;10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
8G5P Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (V) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
突变:D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9;10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.78 Å
8T7E Cryo-EM structure of the Backtracking Initiation Complex (VII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-06-20 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9;10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
8UDK Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma R853A Ternary Complex 提交 2023-09-28 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
突变:D198A, E200A, R853A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293.15 K;100 mM MES (pH 6.0), 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 50 mM BME, 3% PEG 8000, 1-8% sucrose, 2% Jeffamine, 0.8 M NDSB
分辨率 3.43 Å R-free 0.234
8UDL Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma Binary Complex 提交 2023-09-28 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.37 Å
8V54 Engaged conformation of the human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 26–1239(1214 aa)
突变:D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8V55 Human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to a replication fork in an open conformation 提交 2023-11-30 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 26–1239(1214 aa)
突变:D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8V5D Human mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit, PolG, in an APO conformation 提交 2023-11-30 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 26–1239(1214 aa)
突变:D198A, E200A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8V5R Active conformation of DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 26–1239(1214 aa)
突变:D198A, E200A MG MAGNESIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9GGB Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 26–1239(1214 aa)
突变:G848S CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
9GGC Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 26–1239(1214 aa)
突变:G848S CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.39 Å
9GGD Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 26–1239(1214 aa)
突变:A467T CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.67 Å
9GGE Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 26–1239(1214 aa)
突变:A467T CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
9GGF Structure of WT human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 26–1239(1214 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
9IC1 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in replication conformer 提交 2025-02-14 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 26–1239(1214 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.73 Å
9IC3 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in mouse-like error-editing conformer (composite) 提交 2025-02-14 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 A 26–1239(1214 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 3 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
9Y4C Strand displacement state I of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
突变:D198A, E200A CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
9Y4D Strand displacement state II of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
突变:D198A, E200A CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9Y4E Strand displacement state III of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
突变:D198A, E200A CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9Y4F Strand displacement state IV of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物一致
链 A 1–1239(1239 aa)
突变:D198A, E200A CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å