当前蛋白身份：P54355
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8H3X Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 282 提交 2022-10-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
9–405（397 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 20 % w/v PEG 3350
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分辨率 1.66 Å R-free 0.216 |
| 8H3Y Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 327 提交 2022-10-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
9–405（397 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 6.6
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.244 |
| 8H3Y Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 327 提交 2022-10-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
9–405（397 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 6.6
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.244 |
| 8H3Y Bacteroide Fragilis Toxin in complex with nanobody 327 提交 2022-10-09 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
9–405（397 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 6.6
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.244 |
| 8WEM Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2023-09-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
9–405（397 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium malonate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, 32 mg mL-1
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分辨率 1.80 Å R-free 0.202 |
| 8WEM Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2023-09-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
9–405（397 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium malonate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, 32 mg mL-1
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.202 |
| 8WEO Bacteroides fragilis toxin in complex with neutralization nanobody 提交 2023-09-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
220–405（186 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25% w/v Polyethylene glycol 4,000
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分辨率 1.50 Å R-free 0.197 |
| 8WEO Bacteroides fragilis toxin in complex with neutralization nanobody 提交 2023-09-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
220–405（186 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25% w/v Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.197 |
| 9XVH Crystal structure of mature Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2025-11-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
220–405（186 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals were grown from a crystallization solution containing 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 21% (w/v) PEG 8000. The protein solution was at a concentration of 20 mg/ml.
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分辨率 1.94 Å R-free 0.266 |
| 9XVH Crystal structure of mature Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2025-11-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
220–405（186 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals were grown from a crystallization solution containing 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 21% (w/v) PEG 8000. The protein solution was at a concentration of 20 mg/ml.
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分辨率 1.94 Å R-free 0.266 |
| 9XVH Crystal structure of mature Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2025-11-26 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
220–405（186 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals were grown from a crystallization solution containing 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 21% (w/v) PEG 8000. The protein solution was at a concentration of 20 mg/ml.
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分辨率 1.94 Å R-free 0.266 |
| 9XVH Crystal structure of mature Bacteroides fragilis toxin 1 提交 2025-11-26 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
220–405（186 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals were grown from a crystallization solution containing 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 21% (w/v) PEG 8000. The protein solution was at a concentration of 20 mg/ml.
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分辨率 1.94 Å R-free 0.266 |