当前蛋白身份：P54578
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2AYN Structure of USP14, a proteasome-associated deubiquitinating enzyme 提交 2005-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
90–493（404 aa）
链 B
90–493（404 aa）
链 C
90–493（404 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；MES, ammonium sulfate, PEG monomethyl ether, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.322 |
| 2AYO Structure of USP14 bound to ubquitin aldehyde 提交 2005-09-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
90–493（404 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；Tris, calsium chloride, PEG1000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.330 |
| 2AYO Structure of USP14 bound to ubquitin aldehyde 提交 2005-09-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
90–493（404 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；Tris, calsium chloride, PEG1000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.330 |
| 5GJQ Structure of the human 26S proteasome bound to USP14-UbAl 提交 2016-07-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric（48） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging
|
分辨率 4.35 Å |
| 6IIK USP14 catalytic domain with IU1 提交 2018-10-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
96–494（399 aa）
链 B
96–494（399 aa）
|
未记录 | IU1 1-[1-(4-fluorophenyl)-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl]-2-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；NH4F. PEG 3350, glycine, Cscl
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.218 |
| 6IIL USP14 catalytic domain bind to IU1-47 提交 2018-10-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
96–494（399 aa）
片段：catalytic domain
链 B
96–494（399 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | A8F 1-[1-(4-chlorophenyl)-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl]-2-(piperidin-1-yl)ethan-1-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, NH4F, glycine, Cscl
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.232 |
| 6IIM USP14 catalytic domain with IU1-206 提交 2018-10-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
96–494（399 aa）
片段：catalytic domain
链 B
96–494（399 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | A8L 1-[1-(4-chlorophenyl)-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl]-2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)ethan-1-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, NH4F, Cscl, glycine
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.247 |
| 6IIN USP14 catalytic domain with IU1-248 提交 2018-10-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
101–485（385 aa）
片段：catalytic domain
链 B
101–485（385 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | A8O 4-{3-[(4-hydroxypiperidin-1-yl)acetyl]-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-1-yl}benzonitrile × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, NH4F, Cscl, glycine
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.264 |
| 6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
92–494（403 aa）
片段：catalytic domain
|
突变：C114S, deletion of 223-231 | GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 7 FMT FORMIC ACID × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.277 |
| 6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
92–494（403 aa）
片段：catalytic domain
|
突变：C114S, deletion of 223-231 | GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 8 FMT FORMIC ACID × 7 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.277 |
| 6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
92–494（403 aa）
片段：catalytic domain
|
突变：C114S, deletion of 223-231 | GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 8 FMT FORMIC ACID × 6 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.277 |
| 6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
92–494（403 aa）
片段：catalytic domain
|
突变：C114S, deletion of 223-231 | GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 5 FMT FORMIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.277 |
| 6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
92–494（403 aa）
片段：catalytic domain
|
突变：C114S, deletion of 223-231 | GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 7 FMT FORMIC ACID × 5 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.277 |
| 6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
92–494（403 aa）
片段：catalytic domain
|
突变：C114S, deletion of 223-231 | NA SODIUM ION × 6 FMT FORMIC ACID × 4 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.277 |
| 7W37 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA1_UBL 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7W38 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA2.0_UBL 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric（48） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7W39 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA2.1_UBL 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7W3A Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED4_USP14 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7W3B Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED5_USP14 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W3C Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED0_USP14 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7W3F Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED1_USP14 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7W3G Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED2.0_USP14 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7W3H Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED2.1_USP14 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7W3I Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SB_USP14 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric（48） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7W3J Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SC_USP14 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric（48） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7W3K Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SD4_USP14 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric（48） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W3M Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SD5_USP14 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric（48） 与蛋白数一致 |
链 x
1–494（494 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9F19 Human USP30 chimera in complex with NK036 inhibitor 提交 2024-04-18 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
248–272（25 aa）
链 A
295–320（26 aa）
链 B
248–272（25 aa）
链 B
295–320（26 aa）
|
未记录 | A1H8X 4-fluoranyl-~{N}-[(2~{S})-1-[[4-[(2-methyl-1-oxidanyl-propan-2-yl)sulfamoyl]phenyl]amino]-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]benzamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；76 mM NaOH, 100 mM Bicine, 10.2% (w/v) PEG 20,000, 1% (v/v) Dioxane, 10 mM L-Proline (Crystal 1)
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；85 mM NaOH, 100 mM Bicine, 10.2% (w/v) PEG 20,000, 1% (v/v) Dioxane, 10 mM L-Proline (Crystal 2)
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；88 mM NaOH, 100 mM Bicine, 11% (w/v) PEG 20,000, 1% (v/v) Dioxane, 10 mM Sarcosine (Crystal 3)
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.266 |
| 9F6G Human USP30 chimera bound to Ubiquitin-PA 提交 2024-05-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
248–272（25 aa）
链 A
295–320（26 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.56 M sodium citrate pH 7.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.211 |