当前蛋白身份：P54725
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1DV0 Refined NMR solution structure of the C-terminal UBA domain of the human homologue of RAD23A (HHR23A) 提交 2000-01-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
319–363（45 aa）
片段：UBA DOMAIN (C-TERMINAL DOMAIN)
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride；压力 ambient
NMR样品组成
1mM Uba-domain, chemically synthesized; 50mM potassium phosphate pH 6.5; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
2mM Uba-domain, expressed in E.coli, 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
2mM Uba-domain, U-15N, 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
2mM Uba-domain, U-15N,13C, 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 1F4I SOLUTION STRUCTURE OF THE HHR23A UBA(2) MUTANT P333E, DEFICIENT IN BINDING THE HIV-1 ACCESSORY PROTEIN VPR 提交 2000-06-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
319–363（45 aa）
片段：C-TERMINAL UBA DOMAIN
|
突变：P333E | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 150mM sodium chloride；压力 ambient
NMR样品组成
2mM UBA(2) domain mutant P333E; 50mM phosphate buffer, 150mM sodium chloride; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 1IFY Solution Structure of the Internal UBA Domain of HHR23A 提交 2001-04-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
156–204（49 aa）
片段：INTERNAL UBA DOMAIN
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride；压力 ambient
NMR样品组成
2mM UBA1 U-15N,13C | 50mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride
95% H2O, 5% D2O
NMR样品组成
2mM UBA1 U-15N | 50mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride
95% H2O, 5% D2O
NMR样品组成
2mM UBA1 | 50mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride
95% H2O, 5% D2O
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分辨率未提供 |
| 1OQY Structure of the DNA repair protein hHR23a 提交 2003-03-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–363（363 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM 13C,15N,2H hHR23a; 20 mM NaPO4 pH 6.5; 100 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 1P98 High-resolution NMR structure of the Ubl-domain of HHR23A 提交 2003-05-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–78（78 aa）
片段：Ubiquitin-like domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 ambient
NMR样品组成
2mM ubiquitin-like domain of HHR23A U-15N,13C | 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, pH 6.5, 5% D2O
NMR样品组成
2mM ubiquitin-like domain of HHR23A, unlabeled | 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, pH 6.5, 5% D2O
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分辨率未提供 |
| 1P9D High-resolution structure of the complex of HHR23A ubiquitin-like domain and the C-terminal ubiquitin-interacting motif of proteasome subunit S5a 提交 2003-05-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 U
1–78（78 aa）
片段：ubiquitin-like domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 ambient
NMR样品组成
2mM S5a peptide unlabeled, 2mM ubiquitin-like domain of HHR23A U-15N,13C | 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 5% D2O
NMR样品组成
2mM S5a peptide U-15N,13C, 2mM ubiquitin-like domain of HHR23A unlabeled | 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 5% D2O
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分辨率未提供 |
| 1QZE HHR23a protein structure based on residual dipolar coupling data 提交 2003-09-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–363（362 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
0.55 MM 15N, HHR23A; 20MM NAPO4 PH 6.5; 100 MM NACL;7.5 mg/ml Pf1 phage; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 1TP4 Solution structure of the XPC binding domain of hHR23A protein 提交 2004-06-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
223–317（95 aa）
片段：XPC binding domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate, 122mM sodium chloride, 0.05% sodium azide；压力 ambient
NMR样品组成
1mM XPCB U-15N,13C, 20mM sodium phosphate, 122mM sodium chloride, 0.05% sodium azide | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 2WYQ THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE UBIQUITIN-LIKE (UBL) DOMAIN OF HHR23A (HUMAN HOMOLOGUE A OF RAD23) 提交 2009-11-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–82（82 aa）
片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-82
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 2% PEG 400 AND 2.0 M AMMONIUM SULFATE, AT ROOM TEMPERATURE
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.160 |
| 2WYQ THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE UBIQUITIN-LIKE (UBL) DOMAIN OF HHR23A (HUMAN HOMOLOGUE A OF RAD23) 提交 2009-11-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–82（82 aa）
片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-82
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 2% PEG 400 AND 2.0 M AMMONIUM SULFATE, AT ROOM TEMPERATURE
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.160 |
| 5XBO Lanthanoid tagging via an unnatural amino acid for protein structure characterization 提交 2017-03-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
156–204（49 aa）
片段：UNP residues 156-204
|
未记录 | TB TERBIUM(III) ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 760
NMR样品组成
20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 10% D2O, 0.2mM [U-99% 15N] ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 0.1mM [U-99% 15N] HHR23A UBA1 Domain, 0.1 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6W2G Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A in Monoclinic Unit Cell 提交 2020-03-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
155–204（50 aa）
|
突变：Y188G | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2, 40%(v/v) Ethylene glycol
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.153 |
| 6W2G Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A in Monoclinic Unit Cell 提交 2020-03-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
155–204（50 aa）
|
突变：Y188G | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2, 40%(v/v) Ethylene glycol
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.153 |
| 6W2H Crystal Structure of the Internal UBA Domain of HHR23A 提交 2020-03-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
155–204（50 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 8.5, 1.5 M Ammonium sulfate, 12%(v/v) Glycerol
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.205 |
| 6W2I Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A 提交 2020-03-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
155–204（50 aa）
|
突变：Y188G | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0M Ammonium sulfate
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.183 |
| 6XQI Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
319–358（40 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M Tris, pH 7.5, 10% PEG 4000
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.220 |
| 6XQI Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
319–358（40 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M Tris, pH 7.5, 10% PEG 4000
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.220 |
| 6XQJ Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
223–363（141 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
927 uM [U-100% 2H; U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
1100 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
1110 uM [U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
1000 uM [U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
745 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7TGP E176T/Y188G variant of the internal UBA Domain of HHR23A 提交 2022-01-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
155–204（50 aa）
片段：residues 154-204 of the Internal UBA domain
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突变：E176T, Y188G | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；sodium formate
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.175 |
| 8Q06 EF-hand of MINDY3 Deubiquitylase in Complex with UBL of RAD23A 提交 2023-07-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–84（84 aa）
链 D
1–84（84 aa）
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M potassium chloride, 2.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.247 |