当前蛋白身份：P55854
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1U4A Solution structure of human SUMO-3 C47S 提交 2004-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
14–92（79 aa）
片段：ubiquitin-like domain
|
突变：C47S | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.25；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25mM phosphate buffer, 75mM Nacl；压力 1
NMR样品组成
0.8mM 15N-labeled protein | 25mM phosphate buffer, 75mM Nacl 90% H2O, 10% D2O
NMR样品组成
0.6mM 13C,15N-labeled protein | 25mM phosphate buffer, 75mM Nacl 90% H2O, 10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2IO1 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-3 提交 2006-10-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
14–103（90 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.230 |
| 2IO1 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-3 提交 2006-10-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
14–103（90 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.230 |
| 2IO1 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-3 提交 2006-10-09 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
14–103（90 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.230 |
| 2MP2 Solution structure of SUMO dimer in complex with SIM2-3 from RNF4 提交 2014-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
12–92（81 aa）
片段：UNP residues 12-92
链 B
2–90（89 aa）
片段：UNP residues 2-90
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SUMO 1, 0.3 mM SUMO 2, 1.0 mM RNF4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3 mM SUMO 1, 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SUMO 2, 1.0 mM RNF4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SUMO 1, 0.3 mM SUMO 2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3 mM SUMO 1, 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SUMO 2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 6K5R Complex of SUMO2 with Phosphorylated viral SIM IE2 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
15–91（77 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）162.7；压力 1
NMR样品组成
0.3 mM [U-15N] SUMO2, 3 mM Phosphorylated SIM from viral protein IE2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N] SUMO2, 1.5 mM Phosphorylated SIM from viral protein IE2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
3 mM Phosphorylated SIM from viral protein IE2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 6NNQ Non-covalent structure of SENP1 in complex with SUMO2 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
15–92（78 aa）
片段：residues 15-92
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；20% PEG 6000, 0.1M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.277 |
| 7R2E Structure of human Senp7 with SUMO2 提交 2022-02-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
16–91（76 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Sodium HEPES 7.0, 15 % w/v PEG 20,000
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.230 |
| 7R2E Structure of human Senp7 with SUMO2 提交 2022-02-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
16–91（76 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Sodium HEPES 7.0, 15 % w/v PEG 20,000
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.230 |
| 7ZJU Structure of human USPL1 in covalent complex with SUMO3-2Br probe 提交 2022-04-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2–91（90 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 OXU 2-bromanylethanamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；100 mM Tris pH 8.8, 19% PEG6000, 200 mM CaCl2
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.238 |
| 7ZJU Structure of human USPL1 in covalent complex with SUMO3-2Br probe 提交 2022-04-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
2–91（90 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 OXU 2-bromanylethanamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；100 mM Tris pH 8.8, 19% PEG6000, 200 mM CaCl2
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.238 |
| 9GNN Structure of SENP5 in complex with SUMO2 提交 2024-09-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
14–91（78 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, Phosphate/citrate 4.2, 20 % w/v PEG 8000
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.283 |
| 9GNN Structure of SENP5 in complex with SUMO2 提交 2024-09-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
14–91（78 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, Phosphate/citrate 4.2, 20 % w/v PEG 8000
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.283 |