当前蛋白身份：P56524
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2H8N Structure of a glutamine-rich domain from histone deacetylase 4 提交 2006-06-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
62–153（92 aa）
片段：N-terminal glutamine-rich Domain, residues 62-129
链 B
62–153（92 aa）
片段：N-terminal glutamine-rich Domain, residues 62-129
链 C
62–153（92 aa）
片段：N-terminal glutamine-rich Domain, residues 62-129
链 D
62–153（92 aa）
片段：N-terminal glutamine-rich Domain, residues 62-129
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；291 K；0.825M LITHIUM SULFATE, 55mM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 7.50
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.307 |
| 2O94 The 97H/F mutant Structure of a glutamine-rich domain from histone deacetylase 4 提交 2006-12-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
62–153（92 aa）
片段：N-terminal glutamine-rich domain, residues 62-129
链 B
62–153（92 aa）
片段：N-terminal glutamine-rich domain, residues 62-129
链 C
62–153（92 aa）
片段：N-terminal glutamine-rich domain, residues 62-129
链 D
62–153（92 aa）
片段：N-terminal glutamine-rich domain, residues 62-129
|
突变：H97F 突变：H97F 突变：H97F 突变：H97F | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.540M LITHIUM SULFATE 55mM HEPES PH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.327 |
| 2VQJ Structure of HDAC4 catalytic domain bound to a trifluoromethylketone inhbitor 提交 2008-03-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
648–1057（410 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057
|
未记录 | DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 K POTASSIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 TFG 2,2,2-TRIFLUORO-1-{5-[(3-PHENYL-5,6-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-7(8H)-YL)CARBONYL]THIOPHEN-2-YL}ETHANE-1,1-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% DIOXANE 1MM DTT
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.276 |
| 2VQM Structure of HDAC4 catalytic domain bound to a hydroxamic acid inhbitor 提交 2008-03-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
648–1057（410 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 2 HA3 N-hydroxy-5-[(3-phenyl-5,6-dihydroimidazo[1,2-a]pyrazin-7(8H)-yl)carbonyl]thiophene-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.4；1.5M AMMONIUM SULPHATE 0.1M MES PH 6.4 10% DIOXANE 1MM DTT
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.256 |
| 2VQO Structure of HDAC4 catalytic domain with a gain-of-function muation bound to a trifluoromethylketone inhbitor 提交 2008-03-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
648–1057（410 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 TFG 2,2,2-TRIFLUORO-1-{5-[(3-PHENYL-5,6-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-7(8H)-YL)CARBONYL]THIOPHEN-2-YL}ETHANE-1,1-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% DIOXANE, 1MM DTT
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.250 |
| 2VQO Structure of HDAC4 catalytic domain with a gain-of-function muation bound to a trifluoromethylketone inhbitor 提交 2008-03-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
648–1057（410 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 TFG 2,2,2-TRIFLUORO-1-{5-[(3-PHENYL-5,6-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-7(8H)-YL)CARBONYL]THIOPHEN-2-YL}ETHANE-1,1-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% DIOXANE, 1MM DTT
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.250 |
| 2VQQ Structure of HDAC4 catalytic domain (a double cysteine-to-alanine mutant) bound to a trifluoromethylketone inhbitor 提交 2008-03-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
648–1057（410 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 TFG 2,2,2-TRIFLUORO-1-{5-[(3-PHENYL-5,6-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-7(8H)-YL)CARBONYL]THIOPHEN-2-YL}ETHANE-1,1-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% DIOXANE 1MM DTT
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.221 |
| 2VQQ Structure of HDAC4 catalytic domain (a double cysteine-to-alanine mutant) bound to a trifluoromethylketone inhbitor 提交 2008-03-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
648–1057（410 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 TFG 2,2,2-TRIFLUORO-1-{5-[(3-PHENYL-5,6-DIHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-7(8H)-YL)CARBONYL]THIOPHEN-2-YL}ETHANE-1,1-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% DIOXANE 1MM DTT
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.221 |
| 2VQV Structure of HDAC4 catalytic domain with a gain-of-function mutation bound to a hydroxamic acid inhibitor 提交 2008-03-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
648–1057（410 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 HA3 N-hydroxy-5-[(3-phenyl-5,6-dihydroimidazo[1,2-a]pyrazin-7(8H)-yl)carbonyl]thiophene-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1M MES PH 6.5, 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 10% DIOXANE 1MM DTT
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.265 |
| 2VQV Structure of HDAC4 catalytic domain with a gain-of-function mutation bound to a hydroxamic acid inhibitor 提交 2008-03-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
648–1057（410 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 HA3 N-hydroxy-5-[(3-phenyl-5,6-dihydroimidazo[1,2-a]pyrazin-7(8H)-yl)carbonyl]thiophene-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1M MES PH 6.5, 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 10% DIOXANE 1MM DTT
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.265 |
| 2VQW Structure of inhibitor-free HDAC4 catalytic domain (with gain-of- function mutation His332Tyr) 提交 2008-03-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
648–1057（410 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1057
|
突变：YES | K POTASSIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1M HEPES PH 7.5, 18% PEG 10000, 1MM DTT
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.261 |
| 3UXG Crystal structure of RFXANK 提交 2011-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
343–359（17 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；25% PEG3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.222 |
| 3UXG Crystal structure of RFXANK 提交 2011-12-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
343–359（17 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；25% PEG3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.222 |
| 3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
343–359（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NO3 NITRATE ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.230 |
| 3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
343–359（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NO3 NITRATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.230 |
| 3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
343–359（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NO3 NITRATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.230 |
| 3V31 Crystal Structure of the Peptide Bound Complex of the Ankyrin Repeat Domains of Human ANKRA2 提交 2011-12-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
343–359（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2M NaCl, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.204 |
| 4CBT Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
648–1033（386 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033
|
未记录 | 9F4 (1R,2R,3R)-2-[4-(5-fluoranylpyrimidin-2-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1 M BISTRIS PH 6.5, 22% PEG MME 5000
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.273 |
| 4CBT Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-16 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
648–1033（386 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033
|
未记录 | 9F4 (1R,2R,3R)-2-[4-(5-fluoranylpyrimidin-2-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1 M BISTRIS PH 6.5, 22% PEG MME 5000
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.273 |
| 4CBT Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-16 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
648–1033（386 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033
|
未记录 | 9F4 (1R,2R,3R)-2-[4-(5-fluoranylpyrimidin-2-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1 M BISTRIS PH 6.5, 22% PEG MME 5000
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.273 |
| 4CBY Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
648–1033（386 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033
|
突变：YES | KEE (1R,2R,3R)-2-[4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；18-24% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NACL AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.246 |
| 4CBY Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
648–1033（386 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033
|
突变：YES | KEE (1R,2R,3R)-2-[4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；18-24% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NACL AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.246 |
| 4CBY Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-17 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
648–1033（386 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033
|
突变：YES | KEE (1R,2R,3R)-2-[4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；18-24% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NACL AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.246 |
| 4CBY Design, synthesis, and biological evaluation of potent and selective Class IIa HDAC inhibitors as a potential therapy for Huntington's disease 提交 2013-10-17 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
648–1033（386 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 648-1033
|
突变：YES | KEE (1R,2R,3R)-2-[4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；18-24% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NACL AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.246 |
| 5A2S Potent, selective and CNS-penetrant tetrasubstituted cyclopropane class IIa histone deacetylase (HDAC) inhibitors 提交 2015-05-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
648–1033（386 aa）
片段：HISTONE DEACETYLASE DOMAIN, RESIDUES 648-1033
|
突变：YES | OTF (1S,2S,3S)-1-fluoranyl-2-[4-(5-fluoranylpyrimidin-2-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
24% W/V PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 10 MM PROLINE
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.256 |
| 5A2S Potent, selective and CNS-penetrant tetrasubstituted cyclopropane class IIa histone deacetylase (HDAC) inhibitors 提交 2015-05-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
648–1033（386 aa）
片段：HISTONE DEACETYLASE DOMAIN, RESIDUES 648-1033
|
突变：YES | OTF (1S,2S,3S)-1-fluoranyl-2-[4-(5-fluoranylpyrimidin-2-yl)phenyl]-N-oxidanyl-3-phenyl-cyclopropane-1-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
24% W/V PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 10 MM PROLINE
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.256 |
| 5ZOO Crystal structure of histone deacetylase 4 (HDAC4) in complex with a SMRT corepressor SP1 fragment 提交 2018-04-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
652–1053（402 aa）
片段：UNP residues 652-1052
|
突变：H976Y | K POTASSIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；295 K；PEG 3350, iso-propanol
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.175 |
| 5ZOP Crystal structure of histone deacetylase 4 (HDAC4) in complex with a SMRT corepressor SP2 fragment 提交 2018-04-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
652–1050（399 aa）
片段：UNP residues 652-1050
|
突变：H976Y | K POTASSIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；295 K；PEG 3350, iso-propanol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.235 |
| 6FYZ Development and characterization of a CNS-penetrant benzhydryl hydroxamic acid class IIa histone deacetylase inhibitor 提交 2018-03-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
648–1033（386 aa）
|
未记录 | EBE (2~{S})-2-(2-fluorophenyl)-2-[4-(2-methylpyrimidin-5-yl)phenyl]-~{N}-oxidanyl-ethanamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M BisTris, 18 to 24% PEG MME 5000
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.228 |
| 6FYZ Development and characterization of a CNS-penetrant benzhydryl hydroxamic acid class IIa histone deacetylase inhibitor 提交 2018-03-13 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
648–1033（386 aa）
|
未记录 | EBE (2~{S})-2-(2-fluorophenyl)-2-[4-(2-methylpyrimidin-5-yl)phenyl]-~{N}-oxidanyl-ethanamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M BisTris, 18 to 24% PEG MME 5000
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.228 |
| 6FYZ Development and characterization of a CNS-penetrant benzhydryl hydroxamic acid class IIa histone deacetylase inhibitor 提交 2018-03-13 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
648–1033（386 aa）
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未记录 | EBE (2~{S})-2-(2-fluorophenyl)-2-[4-(2-methylpyrimidin-5-yl)phenyl]-~{N}-oxidanyl-ethanamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M BisTris, 18 to 24% PEG MME 5000
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分辨率 2.15 Å R-free 0.228 |
| 7XUZ Crystal structure of a HDAC4-MEF2A-DNA ternary complex 提交 2022-05-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
62–192（131 aa）
链 B
62–192（131 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0 mM HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, 3% (v/v) PEG 4000
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分辨率 3.59 Å R-free 0.298 |